首先，从思想上对属下的数万特工加以控制是第一要务。过去，戴记特工系统以《家风》为主要读物，书报费用的支出预算很少。这一回，毛人凤决定来个突破，动用卡车运输，买下大批的《中国之命运》，基本做到了全体内外勤人员人手一册。与此同时，还在《家风》上，在“总理纪念周”的训话中，广造声势，务求大家加深体会，明确“反共优先”的道理。
其次，在组织与人事方面作了相应的调整与安排。那位屡闹绯闻、名声不佳的叶翔之，从党政科长的位置上拔擢为局本部第二处的副处长，外兼何应钦参谋总长办公室的秘书长，集中负责搜集中共的军事情报。与此同时，毛人凤还一改局本部不直接指挥基层的惯例，专门成立了两个直辖小组，一个设在重庆水巷子1号，由少将倪超凡任侦察组长，主要任务是对付诸如八路军办事处、《新华日报》社之类的中共组织；另一个是名义上附属于重庆稽查处的外事侦察组，专门对付苏联驻重庆的大使馆、商务代表团和塔斯社。
在毛人凤的亲自部署下，中共驻重庆的所有机关，几乎都受到了监视，所有以公开名义活动的中共及八路军的领导干部，全都被暗中跟踪。毛处事精细，深恐会出现百密一疏的不慎，又特地从第四处抽调出许多业务尖子，在各中共机关的住所附近架设侦收台，抄录密电码，并成立了专门的破译机构。
当时，有些职员对这种兴师动众的作法不理解，认为会大大削弱对日伪方面的工作。意见传到毛人凤耳朵里，这位从不在“总理纪念周”上公开训话的“毛座”，竞破天荒地亮了一次相，指责这些人是“头脑糊涂”，没有领会“领袖”著作的真义，不懂得与“奸党”、“奸军”的斗争甚至比抗日更重要！或许是偶尔为之，毛人凤的“精神训话”给特工们留下了深刻的印象。
由于反共职能的突出，军统局控制的各个机构对中共方面的斗争也逐步从欲盖弥彰的秘密方式转向公开化。以交通检查处为例，过去的重点是检查“资敌（日伪）”，现在转向“通共”。比如去西北的公路上设立青木关检查所，就是专门针对延安的。举凡有投奔进步的青年去延安，他们就竭力阻挠；举凡有从延安出来办事的，他们就百般刁难，制造摩擦，甚至弄点恶作剧也好。有一次，延安方面几个十八集团军的将领通过青木关，适逢大雨，小特务们硬要对方下车接受检查，几位将领被淋得周身湿透。类似这种“小儿科”的下作行为，传到戴笠、毛人凤那里，竟被当作笑料，在他们的怂恿下，特务们愈发猖狂。
不过，大手笔还是落在一个“反”字上，其中往解放区派遣大批特务，从事侦伺和破坏工作，毛人凤就干得十分积极。他利用交通检查处的网络，把许多带有介绍信和证件去延安的人扣下来，让特务冒名顶替混进去。同时，再把扣下来的青年人，分批送进特训班，经过毒化教育后，挑选表现“好”的，派往延安卧底。
有时，一些经受不起艰苦生活考验的青年人，从延安跑出来，军统的交检关卡截住后，千方百计地从他们的口中了解边区的情况，强迫他们说出进入边区的方法。此外，还利用通商、通邮、宗教等渠道，渗入边区，手法之多真称得上是费尽心机，无孔不入。
当时，毛泽东在一份电文中曾有力地抨击过国民党特务机关的这种卑劣行径，他说：“谋我者处心积虑，百计并施。点线工作布于内，武装摧残发于外。造作谣言，则有千百件之情报；实行破坏，则有无数队之特工”，这个“处心积虑，百计并施”，按在毛人风头上，毫不为过。
暗杀，历来是军统机关实施特殊任务的手段之一，也是戴笠被外界视为魔头的重要原因。从1943年开始，毛人凤襄助戴笠，成为军统局全面工作的实际执行人，于暗杀的勾当染指日深，且主要对象大多是中共方面的领导人。
沈醉有段回忆，可资佐证——“我有次在无意中看到过个文件，足以说明军统处心积虑想暗杀中共领袖。我在军统局担任总务工作，找我的人很多，中午得不到休息。有次我躲到毛人凤办公室对面小房间去午睡。这是军统秘书室秘书袁寄滨的宿舍兼办公室，袁和我是湘潭小同乡，又是同岁，私交极好。我要他到外面大的办公室去工作，我在他房间休息。当时，他极为毛人凤所信任。许多极为机密的文件都由他保管，不过他们对我还是不避讳的。我睡了一会儿后还不想出来，便顺手在他的床头文件柜内拿出一份文件来看。很出乎我意外，这个文件竟是一