遵照林彪的指示，总政文化部长谢镗忠、宣传部长李曼村、青年部长辛国治等几个全军文革的成员，先后出来讲话，想动员学员们离去，但都是讲不了几句，就被学员们齐声高呼口号声给压了下去。最后，还是张春桥和戚本禹拿着陈伯达的一张便条到了现场，向学生们宣读说：“我听说你们冲进了国防部，心里很不安。国防部是毛主席和他的亲密战友林副主席亲自领导的地方，你们冲了不好。你们的革命热情是很好的，但是你们的小道理要服从大道理。我希望你们很快撤离国防部。”听了陈伯达的这几句话，学员们虽感到很意外，并且也很不满意，但是无人敢提出异议。不久，冲进国防部大院的军队院校学员们陆续散去。
但这仅仅是军队院校学员冲击驻京的军事机关的一个开头。从一九六六冬开始，军队院校的师生在中央文革支持下，在北京横冲直撞，到处串联，无法无天，不但冲击国防部，冲击总参、总政、总后，还冲击空军、海军、工程兵、铁道兵、炮兵、装甲兵、通讯兵和北京军区，几乎所有的军事机关都被他们冲遍了。他们每冲一个军事领导机关，都是先进住领导机关的办公大楼，然后再白天黑夜地揪斗这个机关的领导干部。另外，在这些军事机关里贴大字报、炮轰、火烧、并且抢档案，肆无忌惮地随意折腾，几乎把所有的军事领导机关都搞瘫痪了。当时，全军文革组长刘志坚以及全军文革的全体成员，全都忙于处理各种问题，日夜应接不暇，忙得不可开交。现在想起来，对我们这些军委各总部和各军、兵种的负责人来说，一九六六年冬到一九六七年初这一段时间是我们最难过的日子。
别的单位情况我不完全清楚，单单从我们空军来说，当时从各地来北京串联的空军院校和空军工厂的造反派，到处冲击北京的空军机关，把我们空军闹得乌烟瘴气。当时进驻空军大院的军队院校学员，就大约有三千多人，住在空军其它机构的学员还没有计算在内。这些造反派一冲进大院，就将所有的办公室、礼堂、饭厅统统占领，使空军领导机关陷入瘫痪状态。
那个时候，造反派都是以揪“走资派”为荣，谁揪出的“走资派”越大，谁的功劳也就越大。所以，空军院校和工厂的造反派到了北京以后，最主要的矛头就是对着我，想揪出我这个“空军最大的走资派”。为显示这个决心，他们还在我家门口前面的马路上，写了好几米见方一个字的大标语，“打倒吴法宪”。除了揪我以外，他们也揪余立金和成钧等。闹得最凶的，是西安空军通讯学校、空军技术学院，以及太原空军机务学校的学员。除了院校的学员，空军下属一些工厂的工人也来了不少，他们和学员们会合在一起，天天要你接见，要你交代问题，要你参加批斗大会。
在这种情况下，我们根本无法正常工作。空军每天都有那么多的飞机在天上飞，搞得不好就会摔飞机、出事故。更令人担心的是，万一形势动乱，失去控制，飞机跑到台湾或国外其它地方，我这个当空军司令的，怎么向全国人民交待！不得已，我向代总长杨成武作了汇报。他当时也面临着造反派的冲击，为避开学员们的揪斗，已经离开了总参谋部的所在地和自己的家，住在总参管理局的第五招待所里。他听了我的情况后，要我直接请示叶剑英，是否也像他一样，住到第五招待所去。于是，我又把自己的情况报告了叶剑英，叶帅要我先上他家里去住几天。他还把这一情况报告了周恩来，周恩来对此表示同意，并说：“暂时不要叫吴法宪回去了。”
可是老住在叶帅家里也不行啊！这样不仅对他干扰太多，而且空军的机关乱成这样，我也放心不下。因此，我在叶剑英家里只住了三天就出来了。
哪知道，我刚刚回到空军大院，造反派就要来揪斗我。他们用痰盂做成了高帽子准备给我带，准备了墨汁要涂我的脸，还准备了剃刀和剪子要剃我的阴阳头。这一切准备好了以后，就通知我去“营建大队礼堂”。那时我们在党中央、国务院不准建楼、堂、馆、所的三令五申下，整个空军大院都没有建什么像样的礼堂，更没有后来那样的体育馆，只是把建设大院时施工部队留下的一个简易饭堂，修改成为一个简易礼堂。这个简易礼堂，就被人们称为“营建大队礼堂”。周围的同志都告诫我不能去，说是一旦去了，很可能就回不来。他们说，在这种批斗会上，万一局势失去控制，后果就会很严重。
不得已，我把这些情况告诉了叶剑英。叶帅叫我不要参加大会，并立即离开大院，以免被造反派揪住不放。执照叶帅的指示，我带了一个秘书、一个警卫员，时而在空军的指挥所，时而在西郊机场，时而在北京军区空军司令部，每天以电话和空军指挥所及各军区空军的指挥所密切联系，时刻关注空军各部队的动