但在当时，林彪的愿望是很难实现的。首先，他不希望在军队里搞“文化大革命”的这一想法，在军队院校里就行不通。当时军队的院校很多，单是空军就有四十多所，其中包括十八个飞行学校和空军学院、空军技术学院、空军工程学院、空军政治学校、空军地勤学校，以及雷达、高炮、导弹、通讯、后勤等学校。至于全军的学校，那就更多了。
一开始，当一九六六年五、六月全国各地的地方院校“停课闹革命”、红卫兵运动风起云涌之时，出于林彪不在军队中搞“文化大革命”的想法，军委及时对军队院校如何进行“文化大革命”作出了几条规定，明确规定军队院校只进行正面教育，只在本单位内搞“四大”，不准搞串联。但是，自八月十八日毛泽东在北京第一次接见红卫兵以后，一种狂热的政治气氛逐渐影响了全国。与全国的形势相比，军队院校就显得跟不上形势了。于是，军队院校的不少人就涌向北京，到中央文革那里去闹，要求和地方院校一样，同样给予他们在全国进行大串联的权利，并要求允许他们进北京接受毛泽东的接见。
于是，在毛泽东第三次接见红卫兵以后，中央文革和江青就把军队院校师生的意见，端到了军委，端到了林彪那里，说：“地方的学生能串联，军队的学生为什么不能串联？应当让他们进北京来接受毛主席的检阅。”
鉴于江青与中央文革的特殊身份，林彪不能不对此加以认真对待。经过考虑，他要军委副主席兼秘书长叶剑英召开军委扩大会议，同各总部，各军、兵种的负责人一起讨论一下，看看究竟怎么办。在会上，大家提出，军队的院校师生进北京来见毛泽东是完全可以的，但是接见以后，必须立即返回原单位，不能同地方的学生搞串联，不能干预地方的“文化大革命”。
林彪接受了大家的意见，对军队院校师生进京接受毛泽东的接见作了三条规定：第一、军队院校的师生可以分期分批地来北京，接受毛泽东的检阅，但是接见以后，必须马上返回原单位。第二、来北京以后，一定要模范地执行“三大纪律、八项注意”，一切行动听指挥，要有组织地来，并且一定要有领导带队。第三、来京以后，由军队负责接待，不准到外面去串联。
之后，林彪又于一九六六年十月上旬授意全军文革草拟了一个《关于军队院校无产阶级文化大革命的紧急指示》。这个文件由林彪当面请示毛泽东同意之后，于十月五日经军委和总政治部联合签署下发执行。《紧急指示》虽然也说：“军队院校的文化大革命运动，必须把那些束缚群众运动的框框统统取消，和地方院校一样，完全按照十六条的规定办，要充分发扬民主，要大鸣、大放、大字报、大辩论，在这方面，军队院校要作出好的榜样。”但同时又明确规定：“为了搞好军队院校的斗、批、改，应当允许进行革命串联和调查，但军队院校不要干涉、介入地方的文化大革命。”
《紧急通知》一发出，大批的军队院校师生涌入北京。结果怎么样呢？他们也跟地方学生一样，来了就不肯回去。只有空军的飞行学员，因为要进行飞行训练，间隔时间不能太长。我一动员，他们就立即回去了。这些飞行学员算是听指挥的，在毛主席接见以后就回去了，可其余的根本就不肯走，有的回去了，但是第二次又来了。这些滞留在北京的军队院校学员，很快就在中央文革的支持下，与地方院校的学生串联在一起，开始在北京“闹革命”。
这些军队院校的学员在北京首先冲击的是国防部。当时，国防部在北京北海公园一带，与总参、总政、国防科委等单位在一起。十一月上旬的一天凌晨三点，军队院校学员们突然包围了这几个军事机关，吵吵闹闹地叫嚷着要揪出副总参谋长李天佑。他们认为李天佑不久前去张家口检查工作时，执行了“资产阶级反动路线”。那天，学员们在殴打了警卫战士之后，冲进大院，赖在里面不走，非要把李天佑揪出来不可。
面对着这种局面，总政治部主任萧华、副主任刘志坚在请示军委叶剑英秘书长以后，向林彪提出，这个问题是严重的，必须进行严肃、果断的处理，否则会对统帅机关的安全和战备工作，造成难以设想的后果。为此，他们建议：命令冲进国防部大院的学员立即撤出大院，否则以违反军令论处。同时，抓一、两个带头闹事的头头。对冲进大院的学员，要他们写出书面检讨，保证今后不再重犯。
林彪没有接受这个建议，相反来了一个“四不政策”，即