在这一背景下，一九六六年八月，北京的一些中学红卫兵集会，成立了首都红卫兵西城纠察队（以后被大家称为“西纠”）。不久又成立了东城纠察队、海滨纠察队等。纠察谁呢？主要是对当时红卫兵的一些错误行为纠察，想以这种方式来自己教育自己、自己纠察自己。实际上，这标志着一部分青年学生对当时“文化大革命”的一种重新认识，是对“文化大革命”的一种反思。
西城纠察队成立以后，即发出了一系列通令，强调要“文斗，不要武斗”，要求对红卫兵中违反政策、随便打人者，要进行严肃的批评教育，并规定了“严禁打人，严禁体罚和变相体罚，严禁侮辱人，严禁逼、供、信”的纪律。这些通令曾在全国流传一时，产生了一些积极作用。除此之外，“西纠”还保护过宋庆龄、何香凝、郭沫若、张治中、李宗仁等一些著名人士的安全。
不久，随着“文化大革命”斗争的更加扩大化，许许多多的老干部，包括相当一部分中国最高阶层的领导人被打倒、被靠边站的时候，这些青年学生在政治上就更加清醒了。到了十一月，北京的三个红卫兵纠察队在北大附中成立了“联合行动委员会”，并且喊出了“踢开中央文革闹革命”、“江青不要太猖狂”等口号。这一下惊动了毛泽东、江青和中央文革。为了应付这一局面，江青与中央文革一起，专门研究了“联动”的问题，亲自将“联动”定为“反动组织”。于是，“联动”被强行解散，“联动”在各地的联络站全部被摧毁，负责人也几乎都被逮捕。一直到一九六七年四月，这些被逮捕的“联动”负责人，才由毛泽东亲自下令予以释放。
随着“联动”的被解散，在一片批评声中，北京乃至全国的中学红卫兵运动也就走向了末路。不少以前“闹革命”十分积极的青年学生，这时变成了“逍遥派”，他们从此不再关心“文化大革命运动”，各自找自己的出路，不少干部子弟就在这个时候参了军。
与北京的中学红卫兵相对应的，是以大学生为主体的“首都红卫兵司令部”，他们的领袖是五个人，即北京大学的聂元梓、清华大学的蒯大富、北京航空学院的韩爱晶、北京师范大学的谭厚兰和北京地质学院的王大宾。这五个人，当时被人们称为造反派的“五大领袖”。当时，他们五个人受到了毛泽东和中央文革的全力支持，他们对中央文革真可以说得上是有令即行，有禁就止。当时在北京乃至全国，都可说得上是风云一时的人物。
不过，这些“司令部”存在的时间也不长。随着红卫兵使用价值的终结，这些“司令部”以及当年威风八面的“五大司令”，也就很快随之烟消云散了。“五大司令”之首的聂元梓，一九六九年底被发配到江西的一个农场劳动，一九七一年初被隔离审查，一九七八年四月被正式逮捕，一九八三年被判处有期徒刑十七年。
与聂元梓一样，其他几大“司令”的命运也差不太多。一九六六年因打倒刘少奇的需要，而在一夜之间大红大紫的“学生领袖”
蒯大富，一九六八年底就被毛泽东抛弃，流放到宁夏，一九七O年被隔离审查，一九七八年被正式逮捕，一九八三年被判处有期徒刑十七年。谭厚兰一九七O年被隔离审查，一九七八年被逮捕，一九八二年因患宫颈癌在保外就医中死于湖南湘潭老家。韩爱晶一九七一年被隔离审查，一九七九年被正式逮捕，一九八三年被判处有期徒刑十五年。王大宾一九七一年被隔离审查，一九七八年以反革命罪被捕，关押在武汉第一看守所，一九八三年得以获释。
这就是当年叱咤风云的“五大司令”的结局。
九、军队院校的“文革”
在军队怎样搞“文化大革命”的这个问题上，林彪与中央文革以至毛泽东之间，曾经有过不少的矛盾和冲突。
从总的方面看来，毛泽东是中国历史上的杰出人物，林彪长期在他的直接领导下工作，对他一直都十分崇敬。对毛泽东亲自发动和领导的这场“文化大革命”，不管林彪是否衷心拥护，但同周恩来一样，他都全力去执行毛泽东的部署和计划，这是毫无疑问的。至于对江青，最初因爱屋及乌，林彪对江青也是很尊敬，对江青提出的问题，也很重视。
但是，作为主管军队工作