年,陈独秀在杭州求是书院读书时,即因反清言论而为当地警察所追捕,使他不得不离开求是书院而逃往南京。不久,他又返回家乡安庆,创办“藏书楼”,公开提倡科学,反对迷信,宣传反清思想。为此,年藏书楼被查封,陈独秀被通缉,乃逃亡日本,入东京高等师范学校。在日本,他又同张继、冯自由等组织反清爱国团体“中国青年会”。
不久,因参与剪掉清政府驻日学监姚昱辫子的活动,被遣送回国。从1903年到1912年10年间,陈独秀在安庆、上海、芜湖等地,先后倡导、创办了“安徽爱国会”、《爱国新报》、《国民日报》、《安徽俗话报》以及岳王会等革命团体和报刊,并以主笔的身份,在这些报刊上发表了大量激进文章,积极投入了辛亥革命前的反帝反封建斗争。辛亥革命后,陈独秀被安徽都督柏文蔚慕名委任为都督府秘书长。
1913年7月12日,李烈钧等人在江西宣布独立,兴兵讨袁,标志着“二次革命”爆发。曾于同年6月底被袁世凯免职的柏文蔚立即由上海返回安庆,再次出任安徽都督,陈独秀继续担任都督府秘书长。随即柏文蔚于7月17日宣布安徽独立,响应讨袁。
不久,柏文蔚部下的一个旅长胡万泰叛变,倒向袁世凯,率兵攻打都督府,柏文蔚被迫离皖,逃到南京,8月7日,安徽宣布取消独立。陈独秀逃亡到了芜湖,与原柏文蔚部下的一个师长袁家声一起,声讨当地驻军龚振鹏没有率部救应,指责龚“按兵不动,是何居心?”龚振鹏恼羞成怒,急命部下将陈、袁一起绑了,“拟即枪决”。①陈独秀临危不惧,并“很从容地催促道:‘要枪决,就快点罢!’
②由于陈独秀在皖已很有名气,范鸿偃劝告龚振鹏,陈独秀不能杀,但龚不听。时任皖军副司令的旅长张子刚,闻讯后,急忙率领手枪卫士赶到龚振鹏司令部,准备实行兵谏,才使龚未敢立即下手。在南京的柏文蔚获悉后,也火速赶往芜湖,亲临解救,陈独秀才幸免于难。陈独秀获救后,急偕高君曼避往上海。次年,他再次东渡日本,继续投入了反帝爱国斗争。