避难武昌时，陈独秀就开始构思未来的学术研究方向，但限于条件并未着手实施。来到上海隐居后，他就开始整天埋头研究中国文字拼音化和音韵学等方面的问题，有时甚至到了痴迷的地步。
由于受到国民党的通缉，陈独秀的住处和行踪十分保密，除了当时在上海的中共中央领导人像瞿秋白、李维汉以及王若飞、郑超麟、黄文容、陈乔年、汪孟邹、汪原放等一些人外，知道他住处的人不是很多，因此来看他的人可说是寥寥无几。当时只要有人到他家去，寒暄几句后，他就提起中国文字拼音化这个问题。遇见来访者是湖南人，他就问这几个字湖南话是怎么遇见是湖北人，他又问湖北话该怎样读；遇见广东人，他又问广东话是怎样读，诸如此类，不一而足。对于陈独秀的做法，当时就招来了很多人的议论。有人认为他是在故意回避政治现实，造成一种不在其位不谋其政的假象；
有人认为他是从此要退隐山林，一心一意到纯学问中去寻找精神的寄托。不管别人怎么议论，陈独秀仍然是特立独行，我行我素，这是他多年以来一贯的风格。如果一听到别人议论什么就立刻改弦更张，那就不是他陈独秀了。
１９２９年３月，经过一年多的努力研究，陈独秀终于写成《中国拼音文字草案》一稿。全文共分自序及说明、北京话、汉口话、上海话和广州话五个部分。为了使《中国拼音文字草案》具有权威性和说服力，陈独秀分别请天津出生的邓颖超校核北京话，湖北出生的项英校核汉口话，浙江出生的茅盾（沈雁冰）及陆缀文校核上海话，广东出生的杨殷和罗绮园校核广州话。
在《自序》中，陈独秀开宗明义地讲述了他研究中国文字拼音化问题的起源。他认为，用常用的衍音象形字，不能够使大多数中国人识字写字，重新造新字又很难，而且长期以来书面文字仅仅是被官僚文人用来作八股文，当作升官发财的敲门砖。所以，一旦到了要使用的文字，代表现在言，叙述现在的生活，就自然而然地遇到了很多的困难。
中国的许多语言只能说出，不能写出来，有很大的缺陷。他还指出，现在有很多的人在开展所谓的平民识字运动，而那些平民千字课丝毫没有注意到平民日常生活的需要，９０％的日常所需的文字都没有，教育平民识字而不会写字又有什么意义呢。因此，他认为必须要推行中国的拼音文字，使更多的人不仅能说，而且会写。正是基于这样的想法，他制定了《中国拼音文字草案》一书。
中国的文字源远流长，博大精深。汉字是一种象形的方块字，长期以来只有读音而无拼音。辛亥革命后，一些文字学家做了一些注音字母的工作，但遇到了很大的阻力，因而并未推广应用。陈独秀深知其弊，想推动中国文字朝拼音化方向发展。他认为，当时的注音字母还不如日本的假名好，注音字母不能通行的重要原因就是自身缺点太多，尤其是制造注音字母的那些人都没有要把汉字做成拼音文字的决心，却偏偏要用拼音文字的方法，以至于弄得不伦不类，自然也就难以推广起来了。
为此，陈独秀决心率先向旧的传统宣战，为后继者扫除前进的障碍。他甚至嘲笑那些说他想做仓颉（传说中的汉字发明者）第二的人，指出：“想做仓颉第二并不是什么可以被人讥笑的事。中国文字当然不是什么仓颉一人所造，是从远古一直到现在无数仓颉造成的，今后需要许多仓颉来制造新的文字”。他也意识到，自己写这本书是十分冒险的，他只是起着抛砖引玉的作用，期望更多有志做仓颉的人们来加以讨论、纠正，并通过实际的行动，使中国尽快有一种拼音文字出现。
在《说明》中，陈独秀分析了当时的国语不流行，而普遍采用四种地方话做标准语的原因。他认为，主要是中国还未曾达到国语成立的时期，“现在的所谓国语，或所谓的普通话，人为的性质太过分，离开实际语言太远了，他不能够叫做国语。”他指出，一种国语必须有一个地方语作为标准，在真正国语未确定以前，应该以有最大影响的地方语作为标准语来过渡。因此，他主张采用北京、上海、汉口、广州四个地方语，并认为上述四个地方都是中国产业中心或政治中心的最大都市，这四种地方语能够代表全中国大多数