起义军成立后，首先攻打曹州城。曹州刺史见起义军人多势众，吓得紧闭城门，不敢出战。黄巢让人在城外搭建云梯，准备攻城，可城墙太高，起义军几次攻城都失败了。这时，尚让想出了一个主意：“刺史的儿子在城外的庄园里，我们可以把他抓来，逼迫刺史投降。” 黄巢觉得这个主意不错，就派尚让带着一队人马，连夜偷袭庄园，把刺史的儿子抓了回来。黄巢让人把刺史的儿子带到城下，对城上的刺史说：“你若开城投降，我就放了你儿子；你若执意抵抗，我就当场杀了他！” 刺史看着儿子在城下哭着求饶，心里又疼又怕，只好下令开城投降。起义军进入曹州城后，黄巢下令 “不许伤害百姓，不许抢夺财物”，还把官府粮仓里的粮食分给百姓，百姓们都欢呼雀跃，纷纷加入起义军。随后，起义军又接连攻克了濮州、郓州等地，队伍迅速壮大到五万人。唐僖宗得知消息后，吓得惊慌失措，连忙任命平卢节度使宋威为 “诸道行营招讨使”，率领大军前来镇压。可宋威深知起义军的厉害，又怕打输了丢官，所以一路上拖拖拉拉，根本不敢与起义军正面交锋。起义军趁机发展势力，很快就控制了河南、山东一带的大部分地区。
起义军的势力越来越大，朝廷开始慌了，他们想出了 “招安” 的办法，想拉拢王仙芝，瓦解起义军。唐僖宗乾符三年（876 年）九月，朝廷派宦官薛常侍前往起义军大营，给王仙芝送去了 “左神策军押牙” 的任命状，还带来了大量的金银财宝。左神策军押牙是个京官，虽然官阶不高，却能进入朝廷核心，王仙芝见朝廷如此 “重视” 自己，心里不禁动了心。薛常侍对王仙芝说：“王将军，你起义也是为了能有个出路，现在朝廷给你这么好的机会，你若接受招安，不仅能当官，还能光宗耀祖，何乐而不为呢？” 王仙芝看着任命状和金银财宝，又想起自己起义以来的辛苦，心里犹豫起来。他对薛常侍说：“容我考虑几天，再给你答复。” 薛常侍走后，王仙芝把自己的亲信召集起来，说：“朝廷愿意招安我，给我官做，你们觉得我该不该接受？” 有的亲信说：“将军，我们起义就是为了推翻朝廷，现在怎么能接受招安呢？” 也有的亲信说：“将军，我们起义以来，打了这么多仗，死伤了不少兄弟，若能接受招安，也是个不错的归宿。” 王仙芝听着众人的议论，心里更加犹豫了。
这件事很快就传到了黄巢的耳朵里。当时黄巢正在攻打蕲州，得知消息后，他连夜骑马赶回起义军大营。一进大营，他就直奔王仙芝的营帐，看到王仙芝正拿着任命状发呆，黄巢气得一把夺过任命状，撕得粉碎，说：“王大哥，我们当初起义的时候，是怎么说的？我们要救百姓于水火，要推翻腐朽的朝廷！现在朝廷给你一个小小的官职，你就忘了当初的誓言，忘了那些死去的兄弟吗？” 王仙芝被黄巢说得满脸通红，他辩解道：“我不是想背叛大家，我是觉得，接受招安后，我们可以在朝廷里为百姓谋福利，这样不是更好吗？” 黄巢冷笑一声：“朝廷里全是贪官污吏，你以为你进去后，能改变什么？他们只会利用你，等他们平定了其他起义军，再反过来收拾你！你忘了李虎的下场吗？那些贪官，根本不会真心对待百姓！” 两人越吵越凶，王仙芝见黄巢不理解自己，也来了脾气：“我是起义军的大将军，我想怎么做，还用不着你管！” 黄巢听了，更是生气，他当着众将的面，一拳将王仙芝打翻在地，怒斥：“你这个懦夫！你这个叛徒！你对得起那些跟着我们出生入死的兄弟吗？对得起那些信任我们的百姓吗？” 就在这时，帐外突然刮起了大风，营帐的柱子被吹得摇晃起来，油灯的火苗也忽明忽暗。众将见状，都吓得跪倒在地，纷纷说：“黄将军说得对，我们不能接受招安，我们要跟着黄将军，继续起义！” 王仙芝躺在地上，看着众将的态度，又想起自己当初起义的初心，心里后悔起来。他爬起来，对黄巢说：“贤弟，是我错了，我不该动摇，我以后再也不提招安的事了。”
虽然王仙芝打消了招安的念头，但他和黄巢之间的裂痕，却再也无法弥补。此后，两人在作战策略上也时常发生分歧：王仙芝主张 “稳扎稳打，逐步扩大势力”，