基因告诉我们，距今五六千年前，中国江浙一带的古代人群有成规模地向华南以及东南亚的迁徙趋势。为什么会在那个时间、那个地点发生那样的迁徙？
在那个时期，北方的汉人族群还没有展开南迁之旅，因此南岛语系族群的祖先并不是在外族压迫下远走的。可能的解释是，当时正处于农业社会初现兴盛的时代，北方的粟、黍以及南方的水稻都基本完成了驯化过程，可以给中华大地的农民们提供更多的粮食。于是，很多适宜农耕的区域都出现了人口的较快增长，比如江浙地区就是水稻重要的早期驯化地之一，也是南方地区远古文化较为发达的区域。所以，这次孕育了南岛语系族群的大迁徙可能是人口增长驱动的事件。
这个猜测得到了来自水牛的支持。前面章节我们介绍了黄牛起源于西亚和印度，在距今4500年前，黄河流域已经广泛分布有黄牛了。水牛则是中国南方地区的重要家畜，是耕种水田的主要畜力，在稻作文化的发展中起到了关键性的作用。
水牛可以分成沼泽型水牛和江河型水牛两大类，前者现在主要分布在中国南方和东南亚，后者主要分布在南亚和地中海地区。所以，对中国人来说，日常生活中接触到的基本上都是沼泽型水牛。
沼泽型水牛和江河型水牛野生种类分化的时间要追溯到几十万年前，至少在现代智人走出非洲之前。具体到沼泽型水牛的驯化时间，基因显示在距今7000—3000年前，最初的驯化可能是在中国长江中下游地区。然后，驯化水牛沿着两条路线扩散，一条是逆长江向上游走，另一条是向南走。在迁徙的过程中，4100年前在长江上游，3300年前在中国西南地区到东南亚北部一带，发生了若干次驯化过程，而且在3300年前，沼泽型水牛出现了大规模扩张现象。
从沼泽型水牛的驯化地点、时间以及扩散路线看，与水稻在中国南方地区的驯化以及扩散路线比较吻合，都是在长江下游得到驯化，然后向南方扩张。所以，在迁徙的路上，南岛语系族群的祖先们带着水稻种子、赶着水牛，从江南走向了华南、西南，走向了南洋。
当然，南岛语系族群南下的过程，并不是向荒无人烟的处女地的殖民，而是在外漂泊几万年的游子的“寻根之旅”，追溯南岛语系族群的祖先的祖先，他们是几万年前来自东南亚的“海岸暴走族”。因此，南岛语系族群回到东南亚，遇到的是一批长期居留在东南亚的“亲戚”，“海岸暴走族”的另一些后代。寻根的游子们可谓是“衣锦还乡”，他们给东南亚带来了珍贵的农作物—驯化水稻，以及身强力壮的好帮手—水牛，很可能还有好吃的家畜朋友们—猪、狗，说不定还有家禽之一—鸡。
关于鸡的起源，在此我们要多介绍几句。西方人在圣诞节吃的火鸡起源于美洲大陆，我们姑且不论。普通家鸡是从自然界的红原鸡驯化而来的，对其起源地仍存在争论。考古发现，在距今3300年前的殷墟里就出土了鸡骨头，通过形态分析，证明属于家鸡。殷墟甲骨文中“鸡”和“雉”两个字的写法已经区分开，前者应该是指家鸡，用来食用和祭祀；后者应该是指捕获的野鸡。中国境内最早的可靠家鸡骨骼则出土于内蒙古，年代在距今3600年前。也有学者分析了大量家鸡的线粒体DNA样本，从中找出了中国北方家鸡共有的基因型，发现这种基因型在中原地区的多样性最高，说明该基因型可能在中原产生，然后扩散到北方地区，时间在距今2500年前。有趣的是，《左传》中记载，昭公二十五年（公元前517年），季氏、郈氏斗鸡，这个时间和家鸡在北方地区扩散的时间很接近。
但是，相对于很多家畜家禽的驯化，这几个时间显然都太晚了，不太可能是家鸡最早的驯化时间。自然界的红原鸡主要生活在亚洲的东南部区域，北回归线以南的热带地区，所以它的最早驯化可能与猪类似，先是在南亚印度河流域驯化，然后扩散到东南亚，被现代智人从大陆上带到东亚，在这个过程中随着定居农业的发展又多次被驯化，品种最终定型。所以，当南岛语系族群衣锦还乡时，家鸡也衣锦还乡了。
从分布上看，南岛语系族群似乎更善于航海而不善于在内陆扎根，在东南亚的大陆区域，南岛语系族群分布十分有限，从语言和基因上看，主要融入了占族人群中。占族人群分布在越南的中南部，在历史上曾经建立过占婆王国，是东南亚地区古老文明的缔造者之一。占族人群的线粒体DNA表明，他们的母系是由南岛语系族群与东南亚本地人群—孟高棉人群融合形成的；从Y染色体分析看，他们的父系来源复杂，有来自马来群岛、中南半岛甚至南亚的基因。历史上的占婆王国信奉印度教，与南亚联系紧密，有些宗教和贸易人员来自南亚。
南岛语系族群没能深入东南亚内陆地区，他们的扩张脚步也许是被本地孟高棉人群的强大实力阻拦住了。
日本人祖先的大陆故乡
“海内存知己，天涯若比邻”，就在南岛语系族群把南海变成自家后院池塘的时候，中