提起日本这个邻邦，中国人最常用的词汇就是“一衣带水”，意思是两个国家中间只有一条衣带那么窄的水相隔。从地理上讲，中国海岸线与日本海岸线之间隔着黄海、东海，大海并不狭窄，造成历史上两国民众往来多有不便。“一衣带水”更多地表达的是两国之间文化与思想上的亲近感。
当我们谈到古代两国之间的族群和基因交流时，“一衣带水”的比喻是非常贴切的。面对大海，古人的航海能力有限，好在他们能够“以时间换空间”，他们有数千年、数万年的时光，可以慢慢探索，把宽阔的黄海、东海化作一衣带水。
古代日本列岛上的族群，几乎必然来自今日中国的版图。这是因为首先，日本列岛的东方和南方，是浩瀚无垠的太平洋，而西北方向的朝鲜半岛和东方的山东半岛距离日本近得多，朝鲜半岛的北方正是今日中国的东北地区；其次是现代智人走出非洲的旅程是自西向东、自南向北挺进的，先要经过中国境内，然后再跨海奔向日本列岛。
一谈到日本人的祖先起源，中国人往往会想到“徐福东渡”的传说。秦始皇派遣徐福带着童男童女入海，寻求长生不老药。刚好日本在公元前3—前2世纪在族群上发生了一次巨变，于是人们把这两件事联系在一起，认为徐福东渡给日本带去了中国的文化甚至中国的族群，改变了当时原始状态的日本。
不过，从现代智人的扩散角度看，中国与日本的族群联系远比秦始皇的时代久远。
几万年前，那些从东南亚来到中国东南沿海的“海岸暴走族”并没有停下扩散的脚步，而是一路向北。在今天朝鲜半岛和日本九州岛之间，有一条宽40多千米的对马海峡，海深只有数十米，在大冰期中，海平面比现在下降了很多，海底大片裸露，海峡变窄，当时的对马海峡对具有一定航海能力的古人类来说根本不是阻碍。“海岸暴走族”很可能抵达了朝鲜半岛和日本列岛。他们应该算是远古时代从中国到日本的第一批人群吧。
从出土的石器看，日本列岛上距今3万年前就已经有人类生活了。石器的类型主要是一些用于狩猎的工具。那个时期，正是山顶洞人在周口店龙骨山活动的日子。我们可以猜测一下，这些日本早期古人类可能是在冰河时代迁移过来的“草原狩猎族”，他们与山顶洞人的基因关系可能是比较近的，可惜科学家没能发现这些古人类的遗骸，无法使用基因手段来判断。
日本境内最早的古人类遗骸发现于琉球群岛，该人群生活的年代距今有1.8万年了，可惜这一人群同样没有基因分析，只能从骨骼形态上进行比较。考虑到琉球群岛地处亚热带，孤悬在日本本州岛以南至少300千米的大海中，在冰河时代琉球群岛与九州岛应该没有陆桥联系，地理阻隔严重，这批最早的古琉球人可能是“海岸暴走族”的后裔，他们是从东南亚经中国东南沿海而来的。
大概在距今16000年前，地球还处于末次冰期的时代，日本列岛上迎来了一拨新的古代人群。这拨古代人群以狩猎、捕鱼、采集为生，并能够制造草绳样花纹的陶器，因此被称为绳纹人，他们的文化则被称为绳纹文化。
这些绳纹人是从哪里来的呢？
绳纹文化从距今16000年前一直延续到距今约2300年前，时间跨度长达万年以上，从古人类的狩猎采集时代过渡到了农耕时代。按理说，在这段漫长的时光中，日本列岛与邻近大陆的人群交流可能不止发生过一次。但是，观察绳纹人的生活方式，他们似乎一直没有获得农耕技术和合适的农作物，虽然看起来他们也曾经尝试着驯化野生植物，但是没有什么实质性的进展。
可以想见，绳纹人迁入日本列岛后不久，末次冰期结束，春回大地、万物复苏，连接日本列岛与朝鲜半岛的陆桥消失了。气候变暖的有利之处在于，日本列岛变得更加生机勃勃，适宜生存；不利之处在于，绳纹人所处的岛屿与大陆分离了，变成了大号的塔岛，绳纹人面临着塔岛技术悲剧的威胁，没有外来基因融入，也没有外来技术输入。
他们的命运会越来越糟糕吗？
还是让我们来看看绳纹人的基因吧。日本科学家曾经在北海道发现一具绳纹时代女性的遗骸。根据碳十四测年，她在距今3960—3550年前这个时间段去世，最有可能属于3800年前的人类。科学家从她的臼齿中提取了DNA进行分析，发现她拥有一种特殊的基因，这种基因能够帮助消化高脂肪的食物。今天北极地区人群中有70%的人拥有这种基因。这并不是说这位北海道女性来自北极人群，而是说她与今天的北极人群有共同祖先。至少从这种基因来看，这位绳纹时代的女性应该来自亚洲的北部地区，她与今天生活在俄罗斯东部的原住民人群血缘相近。
这位女性的基因还表明，以她为代表的绳纹人群的祖先在距今3.8万—1.8万年前与亚洲其他人群分道扬镳，独立进化了。所以，很可能就是在那个分离的时期，这批绳纹人群的祖先通过朝鲜半