朱允炆又曾在东角门问翰林院修撰黄子澄：“诸王地位尊贵，又都拥有重兵，多行不法，怎么办呢？”黄子澄说：“诸王的护卫兵，只足以自守，倘若有变，令九藩出征，谁又能抵抗外敌呢？汉朝叛乱的七国并非不强，还是灭亡了。势力的大小强弱不同，而顺逆之理也不同。”朱允炆很赞同他说的话，又问兵部侍郎齐泰，齐泰说：“应当先削诸王中势力最大的燕王朱棣”，而黄子澄则说：“周、齐、湘、代、岷诸王在洪武时期已有不法行为，削之有名。要削燕王，应先夺周王，周王与燕王同母，削周王相当于剪燕王的手足。”朱允炆采纳了其建议。
洪武三十一年（1398年）五月，朱允炆实际已即位。八月，他责周王朱橚有罪，周王无言以对，被废为庶人，流放云南；十一月，命工部侍郎张昺为北平布政使，谢贵、张信掌北平都指挥使司，并暗中监察燕王朱棣的府中事；建文元年（1399年）二月，下诏诸王不能节制王府文武官吏的俸禄；三月，为防备封地北平的燕王朱棣势力坐大，朱允炆先削弱其兵力，令都督宋忠、徐凯、耿瓛率兵驻扎在北平周围的开平、临清、山海关，又将北平、永清二卫的军马调至彰德和顺德；四月，湘王朱柏自知罪恶滔天，无以自明，自焚而死；齐王朱榑、代王朱桂因罪亦被废为庶人；六月，又判岷王朱楩有罪，废为庶人，流放漳州。
七月，金陵城头云卷云舒。朱允炆登基未久，锐意革新，推行宽政，废苛法、减赋税、赦天下。一时间，江湖草莽、武林豪杰皆感其仁德。昔日因抗拒洪武帝严刑峻法而遭囚禁的武林高手，亦得重见天日——少林方丈空闻大师之弟空智大师、武当冲虚道长、华山掌门鲜于通、明教光明右使范遥、殷野王等，数万武林人士，皆被赦免归山或还俗安居。
朱允炆年轻有为，做事果断，智勇双全，优容文雅，崇尚儒学。继位后，他立志改革祖父过于严苛的统治方式。
在位期间，他轻量刑罚、大赦天下、减民赋税、裁撤冗官、打击腐败，推行“宽政”，史称“建文新政”。
建文元年（1399年），朝廷先后削除周王、湘王、齐王、代王、岷王五藩爵位，或贬或囚。湘王不堪受辱，举家自焚。其中除代王是九大藩王之一外，此举激起其余八位藩王和其他地方藩王的强烈不满，其中当属燕王朱棣最甚，他是朱元璋第四子，二哥、三哥都比他逊色太多，唯一比自己厉害的大哥朱标又死了。朱棣封地北平，节制九边军马，屡次出征蒙古，在众藩王中威望极高，一呼百应。朱允炆深知他是大老虎，遂放至最后收拾，暗中安排朝廷密探监视。
朱棣见势危急，若再不反抗，将藩王不保，日后或还有性命之忧。
北平的冬日，寒风凛冽，枯枝在风中簌簌作响，仿佛天地间都在低语着一场风暴的来临。燕王府内，灯火通明，却掩不住那一层沉甸甸的肃杀之气。
朱棣当年被封为燕王时，尚不过是个十几岁的孩子，年少懵懂，对权谋与天下大势毫无概念。那时他只知父亲朱元璋威严如天，一声令下，万民俯首。
他接过北平这块边塞之地，一开始心中满是不解：为何诸兄弟皆封于富庶之地，唯独自己远走塞外与风沙为伴？后来他当了皇帝，才明白父皇这样安排是在“磨练自己”。
就在此时，一名侍卫匆匆奔入花园，脸色发白：“王爷，朝廷使者到了！说是奉皇上口谕而来。”声音微颤，显见来者不善。
朱棣正立于梅树之下，指尖轻抚一枝寒梅，闻言缓缓抬头，眉宇间冷意骤生。
“带他进来。”他声音低沉，如铁石相击，不带一丝温度。
片刻，一名身着锦袍、头戴乌纱的使者步入园中，跪地叩首：
“臣奉建文帝旨意，特来传圣谕——请燕王殿下交出兵权，裁减藩兵，以安社稷……”话音未落，园中空气，似被冻结。
徐辉祖立于朱棣身侧，眉头紧锁，赶紧上前一步道：“敢问大人，此圣谕可是遍施九大藩王？抑或专为