一代太子朱标于洪武二十五年（1392年）因“疾薨”病逝，享年三十八岁。
关于徐达之死。徐达于洪武十八年（1385年）病逝，享年五十四岁，朱元璋追封他为“中山王”，谥“武宁”，配享太庙，位列开国六王之首。曰其“病背疽，帝赐膳，食之即卒”，民间有“皇帝赐毒蒸鹅致死”之说，谓朱元璋借机毒死了他，后世学者普遍认为这个说法属误会编排，徐达实则善终，未遭屠戮，与其他功臣命运迥异。朱元璋还安排徐达的女儿嫁给了燕王朱棣，徐氏后来成为永乐贤后——徐皇后。
关于汤和之死。汤和于洪武二十八年（1395年）八月三十去世，享年七十岁。他是朱元璋发小，比朱元璋大两岁，是最早加入郭子兴红巾军的小时玩伴。他是开国武将，一直谨慎低调，不露锋芒，虽立下汗马功劳，却从不炫耀。他深知朱元璋疑心病重，怕兔死狗烹，因此从不张扬，忠诚征战沙场，深得朱元璋信任。他六十岁时以“身体抱恙”为由，主动请求告老还乡，离开勾心斗角的权势之争。朱元璋允其返乡，并赐予他大量财物。汤和告老还乡十年后，老死家乡，得以善报。
洪武三十一年（1398年），朱元璋病逝于南京皇宫，享年七十一岁，在位三十一年。其晚年患重疾，症状为“痰壅胸膈，气息艰难”，最终于闰五月初十日驾崩。死前召见大臣，遗诏命皇太孙朱允炆嗣位，丧事从简，勿扰百姓。朱元璋一生勤政，每日批阅奏章百余件，他不放心别人，事必躬亲，终因忙于工作、思念太子、积劳成疾、夜夜噩梦而驾崩。
明太祖朱元璋驾崩后，朱允炆继承帝位，改年号为“建文”，以次年（1399年）正月初一起为建文元年，史称“明惠宗”。
朱允炆生于洪武十年（1377年），是朱元璋的第三孙，是懿文太子朱标的第二个儿子，生母为后娶吕氏。太祖驾崩后，皇太孙朱允炆二十一岁即位。
朱标原配常氏（常遇春长女）因生第三胎难产死后，朱标后又娶吕氏为妻，结果与吕氏所生之长子又遇早逝……朱允炆作为在世的朱标与吕氏所生的次子，从而成为朱元璋的嫡长孙，朱允炆生母吕氏也由偏转正。朱允炆从小聪明好学，极其孝顺，十四岁时，他父亲（朱标）生病，朱允炆小心侍候，昼夜不离开一步。洪武二十五年（1392年）朱标病死，朱允炆守孝时因过度哀伤而消瘦，朱元璋安慰他说：“而诚纯孝，顾不念我乎”。同年九月，朱允炆被立为皇太孙，视为储君。太子朱标性格生来仁厚，对刑狱的判决多以减省为主，朱允炆继位后，也延续了他父亲的宽大政策。
洪武二十九年（1396年），年仅十九岁的朱允炆向皇爷爷朱元璋请求修改《大明律》，得以允许。他参考《礼经》及历朝刑法，修改了《大明律》中七十三条过分严苛的条文，深得百姓人心。
第四节朱棣起兵
洪武三十一年（1398年）闰五月初十，明太祖朱元璋驾崩。
皇太孙朱允炆即位，年号“建文”。
建文元年（1399年）正月，朱允炆大祀天地于南郊，奉太祖配，修《明太祖实录》；二月，追尊其父朱标为“孝康皇帝”，庙号“兴宗”，自己不配享太庙，其庙号“惠宗”为永乐后期追封，可见其对父亲朱标之敬仰和孝心。庶母常氏为孝康皇后，尊其嫡生母吕氏为皇太后，册妃马氏为皇后，封其弟朱允熥为吴王，朱允熞为衡王，朱允熙为徐王，立皇长子朱文奎为皇太子。朱允炆还诏告天下，求贤访能，推行一系列有利于民生的措施，赐给年老的百姓米肉絮帛等物资，令官府收养鳏寡孤独废疾者，同时重农桑、兴学校、考察官吏、赈罹灾贫、减免赋税等，又令侍郎暴昭、夏原吉等二十四人充采访使，分巡天下；六月，朱允炆把三位文臣引为心腹，他命兵部侍郎齐泰为兵部尚书，翰林院修撰黄子澄为太常卿，共同参与国事；七月，朱允炆召汉中府教授方孝孺为翰林院侍讲，同时下诏行宽仁之政，赦免有罪之人，减免百姓拖欠的赋税。
明太祖朱元璋即位后不久，分别将自己的九个儿子分封藩王，包括秦王、晋王、燕王、代王、谷王、辽王、宁王、