所谓“保密防谍”，其实是“剿共”的延续与变怀。从当时的形势看，蒋氏政权龟缩一隅，国际上陷于孤立，军事上濒临绝境。4月份海南岛丢失，5月份舟山易手，中国人民解放军的进攻锋芒直逼孤岛，台湾上下一片惊惶，于是从困守片土，争取国际支持的战略需要出发，必须把反共的政策贯彻到底，方式当然不同于大陆时期的“剿灭”，而是以防谍、破共、肃清为主要手段。因此，作为一以贯之的反共政策，“保密防谍”是整个过程中的一个阶段（即延续）；就达到目的的方式而言，“肃清”也是“剿灭”的一个变体。
所谓整军，主要以清算军事上的错误，整肃失职高级军政人员为主要内容。由于军事上是大失败，带来的必然是追究中的大株连，几乎人人都成罪臣，遭殃最重的莫过于当年宠誉最多的“黄马褂”们，后来由于美国人的插手与蒋经国的崛起，曾经代表一个时代的“黄埔系”，就此被逐出主流，不再“辉煌”。
所谓整党，也就是老蒋倡言的改造党务。为此，国民党中央常务委员会通过《党务改造案》，此后，老蒋指定陈诚、蒋经国、张其昀、谷正纲、郑彦棻等16人为“国民党中央改造委员会”委员，自任主席。改造的宗旨是：
重振精神，改正作风，清除不坚定分子。内容有：“党员归队”，“党员整肃”，“刷新党政关系”等等。
整肃运动一经开展，蒋介石实行决心之坚，推动力度之大是前所未有的。
在这个过程中，蒋经国作为“新兴”力量的代表，已经初成气候。先是3月间，老蒋撤销了“政治行动委员会”，以“总统府资料室”取而代之，资料室主任由蒋经国担任，总揽国防部保密局、内政部调查局（中统）、国防部二厅、国防部特种军事情报室、宪兵司令部等单位的情报工作。7月里，国民党组建“中央、改造委员会”，蒋经国担任中改委委员。此后，他又挂职“国防部总政治部”，担任主任，真可谓：身居要职，横跨党、军、特（工）三界。
保密防谍
在全部“整肃”过程中，毛人凤的“建树”主要表现在“保密防谍”上。
当时，岛内的特工部门有个粗疏的分工，保密局侧重于侦察，主要负责对大陆的情报和行动；内政部调查局主要负责岛内的情报工作，应对“保密防谍”多负一点责任。但在具体的执行过程中，无论是侦破力量，还是实际效率，保密局都大大地胜过调查局一筹，成为蒋记特工组织中内外贯通、一枝独秀的部门。
对付中共地下人员，毛人凤有十多年的经验，算得上是岛内数一数二的老道高手。眼下，为配合“保密防谍”，他指使保密局的“法棍子”，拟了两个法令，经者蒋批准后颁行。一个是《戡乱时期检肃匪谍条例》，全部15条，规定对所谓“叛乱者”、“匪谍”、“知情不报者”给予严厉处罚，从罚金、有期徒刑、无期徒刑到死刑。条例还规定：台湾的部队、机关、学校、社会团体等各个单位，都要实行联保，共同防范大陆势力入侵，如发现有中共地下人员，任何人都必须检举告密。另一个是《叛乱惩治条例》，一共13条，规定：凡在国民党军队中的起义和地方发生的罢工、罢市、罢课等，均属于“叛乱”行为，可视其危害的程度，对参加者分别处以死刑、无期徒刑或7年以上的有期徒刑。
其实，挟大陆疯狂屠杀之余兴，台岛内的清共活动仍然是腥风血雨。台北市郊植物园附近的马场町，成了大肆屠杀中共地下人员与民主进步人士的刑场，每天都有枪声从那里传出，《中央日报》也连篇累牍地发表类似“匪谍”某某等数犯昨日伏法的报道。后来，外部形势日益吃紧，特工组织为造成心理上的威慑气氛，时常在台北市中心区行刑，有的根本不经过“司法程序”，使用原始残酷的手段予以处死，包括装在麻袋里沉入海中。
当然，毛人凤颇感得意的还是亲自主持破获的几起中共地下组织案。收获大的有——对中共台湾省工委的破获，时为1950年春，保密局逮捕了中共台湾省工委书记蔡前，蔡经不起拷讯，自首变节，出卖了大批同志；此后，保密局又发现“共谍”线索，毛人凤亲自布置，抓获了在苗栗县山区坚持斗争的新台湾省委书记陈福星，由此被捕的中共地下人员不下400，大多惨遭杀害。蒋介石认为这两起大案，是到台湾后对中共力量最严重的打击，赞之为“成绩”超