11月14日，刘国、江竹筠、陈以文等32人，在中美所岚垭被秘密枪杀。具体过程是：先由二处二课课长雷天元、渣滓洞看守所长李磊等将上述32人以转移关押地点为名，从监牢内骗出，逐一捆绑送上刑车押至岚垭。据一些幸存的同监难友回忆，烈士们被传唤时，已意识到牺牲在即，非常镇定，一一与同志们告别，“刑车转过山头，望不见了，马达刺耳的声音也逐渐消失，在那夕阳西下的傍晚，远远地突然响起了连续不断的枪声”。另外，据一些参与者交代，这次屠杀，充当刽子手的有行动组组长熊祥、看守所长李磊，以及曾当过戴笠勤务兵的徐贵林等，屠杀的方式是用美式卡宾枪扫射，事后对每具尸体都拍了照片送核，再埋入先前挖好的长方形土坑内。
即便如此，毛人凤仍嫌杀人太少，杀的速度太慢。于是又有了更大规模的屠杀。据当时任西南特区侦防处科长张界的回忆，这一轮屠杀分三批进行。
第一批是11月25日晚上进行的白公馆看守所大屠杀。由看守所长陆景清、副所长谢旭东、看守长杨进兴等人主持，被杀害者30余人，大多为长期囚禁的进步人士，还有3名迷路误入中美所的重庆国立六中学生。较出名的还有参加“西安事变”的东北军副军长黄显声将军，同济大学校长周均时，他是因为公开批评老蒋的倒行逆施被抓进来的。屠杀的经过是：先将黄显声、李英毅二人骗出来，声称周养浩要找他们谈话。黄走至离白公馆半里路左右的步云桥附近时，“行动员”从脑后射击，子弹洞穿将军的头颅，倒地而亡。
接着，又将何仲甫、奇丕璋、张碧天等，一个个骗到白公馆左侧的山拗里杀害。当时，有位叫黎洁霜的女士，被骗到刑场时，看到满地的尸体，指着怀中一岁的孩子，要求杨进兴免其一死。杨进兴毫不理会，拦腰就是一刀，先杀了孩子，然后，朝着黎洁霜也是一刀，黎女士倒在血泊中，凭着母性的本能，挣扎着爬到孩子身边，抚摸着，直至断气。有几个心肠不算太硬的警戒人员，不忍目睹，倒吸着凉气，别过脸去。
据说，毛人凤在召集徐远举等人会商屠杀事宜时，曾有下属提出，渣滓洞、白公馆各有一个婴儿（渣滓洞的那个，为中共川东工委书记、重庆市委书记石果的妻子所生，白公馆的为黎洁霜所生），怎么处理？是不是要留下来？毛人凤严厉斥责道：“留下来谁抚养呀！养大了叫他们来报仇吗？”杨进兴不折不扣地执行了毛人凤的指示。
后来，刽子手们嫌刀戮太慢，干脆把剩下来的人集中到一个房间，用机关枪扫射，前前后后共杀36人，用时近4个钟头。
第二批是10月27日的渣滓洞大屠杀。由看守所长李磊伙同看守长徐贵林等主持。从晚上7点开始行动，起初采取绳索勒毙的方法，如不顺利再以枪击。后来也是嫌速度太慢，改用机关枪扫射。刽子手们把原先羁押在楼上的“人犯”，全部赶到楼下的监房，然后抱起汤姆生机枪，从窗洞内塞入，横扫一通，直打得监房壁上弹痕累累，溅满了烈士的鲜血。扫射完毕，徐贵林步入各监房进行清点，受伤未死的，当即补上一枪。清点完毕，刽子手们再在监房和尸体上浇入汽油，划着火柴，顿时漫成一片火海。徐贵林隔着火墙一段距离，慢慢地往后退，脚步所到之处，一步一个血印。
渣滓洞的屠杀一直进行到28日凌晨，共杀害了140多人，他们大多是中共干部、党团员，战场上被俘的解放军官兵以及方方面面的进步人士。
第三批是11月29日的新世界看守所大屠杀。由稽查处行动组长廖雄主持执行，杨进兴临时增派加入。他们事先在中美所的松林坡挖好深坑，行动的当天上午9时，廖雄把32名志士从新世界看守所提出，用大卡车、吉普车押至松林坡。先押10人上山枪杀，半小时后，又杀了其余的22人。烈士们就义时，高呼口号，声震山谷。
大屠杀以后，毛人凤表示满意，给所有参加行动的人员派发了奖金。但残酷凄烈的场面仍令刽子手们毛骨耸然，纷纷提出去台湾的要求，理由非常简单：“我们这样杀人，共产党会饶恕我们吗？”
欲杀难休
重庆血流成河，昆明却有令难行。毛人凤离开时，曾迁就卢汉的意见，同意让西南军政长官公署和云南绥署派员会审“九·九整肃”中的被捕人员。
结果审来审去，非但死刑犯没有审定，一些毛人凤再三关照不能释放的人，倒分批交保出了狱。这些情况，沈醉如实报来，毛人风又气又急，命令沈醉