后来，郑介民局长一职被持，厅长一职被免，当上了国防部次长，二厅厅长之缺，便由副厅长侯腾补上。此人是郑介民陆大时的同学，跟军统没有“亲缘”，当然谈不上感情，一上台，便开始排斥老军统分子，陆陆续续地把各地军政长官公署和绥靖公署的第二处处长、各部队的第二处处长，都换成了陆大的同学，事实上独树一帜，根本不受保密局的控制。对此，毛人凤十分不满，脾气发向了“冒脑根”：“郑先生怎么搞的，在第二厅用侯腾，把我们的同志都排斥了，郑先生简直把戴先生的事业都败光啦！”与此同时，改革后的外勤体制不利于提高工作效率的问题也有所突出。
早先，为构建毛氏王朝，外放一批特训班的亲信站长，取代桀骜不驯的前朝元者，势在必行。毛氏王朝草成之后，提高工作效率，完成反共任务渐成主题。由于相对应的公开单位，出任二处处长、警察局长、稽查处长之类的老军统分子，大都不买保密局外勤站那些后辈小生的帐，倒过来常有颐指气使的理由。这样一闹，“秘密控制公开”的原则在某些地方落了空，变了味，有的竟还是“公开领导秘密”了。
怎么办呢？“领袖”关于“同共产党作斗争，要多研究一些办法，多出一些主意”的话，给毛人凤以极大的启示。立即决定在人事上作出变动，把部分老特工外放出去，担任站长。为此，专门在南京办了一个站长讲习班，参加的有即将赴任的新站长和继续留任的老站长，总共几十人，训练了一个月。讲习班结束时，老蒋亲自接见，以资鼓励，还当场授以名义特权，即省站站长均可用国防部专员的名义，亲自从事高一级的情报活动，并享有批捕之权。在这次人事变动中，沈醉外放云南站站长，余万选外放贵州站站长，顾齐外放重庆站站长，以此推行“秘密控制公开”的原则。
同时，秉承戴笠提倡的“团体即家庭，同志如兄弟”的老军统精神，创立了“公组制度”。所谓“公组制度”，就是让那些同在一个单位、一个部门、或一个地区的老军统分子聚合成秘密的小团体组织，其中职务最高者为组长，不管他是不是保密局的编制。毛人凤创立“公组制度”，目的是为了弥补“公秘会报”、“公秘合作”的缺漏，以利跟独树一帜的国防部二厅，以及居位自傲的警察总署争夺对整个特工系统的控制权。
“公组制度”推行后，各地方警察局、军警宪督察处、保安司令部二处、警务处、交通部运输局各分支，乃至省市民政厅、民政局、税务局等单位，都出现了一个一个由老军统分子结成的秘密“公组”（按规定：三人以上即可成立“公组”）。“公组”把“根”意识作为凝聚的纽带，很符合中国人以亲缘论亲疏的传统，再加上保密局在活动经费上的资助，自然而然地就把羽翼扩充开去，以隐晦的方式，曲折地落实了“秘密控制公开”的原则。不妨举个例子说明一下。
1948年初夏，保密局浙江站在杭州抓获了一个中共人员。根据他的交代，毛人凤密令湖北站站长余克剑偕行动组长郑世勋去长沙进行侦捕。本来隔省行动就有逾权之嫌，更何况警宪备立门户，怎会把嘴边的大鱼拱手相让？
于是，“公组”之道开始发挥作用。余克剑一到长沙便与费康永接头，通过“公组”网络，避开了公秘间的种种尴尬，顺利地得到了警、宪等单位的配合，分别在祁阳、长沙、郴县密捕了一批中共地下党员，并且全让余克剑押往武汉。这件事颇让毛人凤得意，连称湖南的“公组”有基础、有效果。
综上所述，不难看出，这个时期的毛人凤，已把完善机制、健全组织、充实力量的重心，从内部的争权夺利转移到了提高与共产党斗争的效率方面。他之所以这样做，至少有两个原因：其一，野心不大，不想走戴笠无节制扩张权力的老路；其二，决心在反共方面做出成绩，取得老蒋的信任和赏识。于是，为了避免分散精力，他决定结束“三有公司”的经营活动，把一些纠缠在经济事务中的干才，诸如沈醉、郭旭、邓葆光等人，都收敛到保密局的重要任务上来。他的这番举动果然得到了蒋介石的赞赏，不仅同意“三有公司”的产业全部出售，而且在外勤人员编制的扩充上大开绿灯，仅1948年春夏，一次性同意扩编就达3000余人，不少军统“三家分晋”时的裁汰人员，重操旧业。
潜伏渗透无孔不入
在1946年至1948两年的时间里，加紧对解放区的渗透与潜伏，也是毛人凤开展反共斗争的一个重要层面。遗憾的是，投入甚多，收获甚少，充满了失败的记录。
1947年3月，胡宗南攻占延安以后，保密局