白色的是一般件；黄色的是快件；红色的为速件；紫色的是极机密件。这些不同颜色的标示，都有经办时间的确定含义，如有延误，必加追究，乃至以军法制裁。这样一来，相关的办事人员，都得拿出十分顶真的工作态度才行，否则，情报的运转就会出现障碍。
当科长、处长的，责任更重，几乎天天都得加班加点，不把一大堆公文批示处理完毕，不敢歇息。然而，更为新妙的地方，还在于进一步地敛权。按照毛人凤的设计，情报运行的起点收发股与终点档案股，都由秘书室直接领导。
那些上档次的要件，如红色卷宗、紫色卷宗，基本上也由收发股直接送秘书室办理后，再转发有关处、科存案。于是，原先与各处、室平级的秘书室，无形中高出了一层，事实上成为提挈整个军统内部情报工作的“中枢”。
文件处理的规章制度出台后，首先遭到了一批老牌特工的非议，他们放纵惯了，不乐意束手束脚地受限制，动不动就要请示汇报，失去了“当机独断”的权力。为此大放厥词，说什么机关公开化后，反不如“秘密时代”有效率，最后闹得去了委员长侍从室的唐纵也跑来找毛人风交换意见。
毛人民静静地听完，淡淡一笑道，让科员拟办公文，固然难免缺乏创造性的弊病，但总可以应付日常，绝对不会出差错。一番搪塞，丝毫不露改动的意思，因为这一套制度客观上有利于戴笠的统治，并且受到了戴笠的赞赏。
第二个方面是健全和完善待工系统的监察制度。早在特务处时期，戴笠就很欣赏毛人凤在武汉行营和西北“剿总”工作时不断向他汇报上司周伟龙和马志超等人动态的作法，并由此制定了用特工侦控特工的督察制度。制度规定：所有的外勤单位，部设专职人员，对一切活动予以监控。凡有违背规矩的，可随时过问传讯，并直接时机关本部督察室负责。
为了体现这一规定的力度，凡担任外勤单位督察职务的人，一般都是老资格的特工，否则难以让人臣服。但也有不利的一面，即老牌特工们忠诚不够，弄不好就与老资格的监控对象勾结起来，沆瀣一气，共同欺蒙戴笠。因此，制度行之数年，效果不显。到了特务处升格为军统局以后，机构扩大了几十倍，人马上升到一千多，落实督察制度困难更大，戴笠煞是苦恼，希望毛人风能寻出一个妥善的办法。接着，毛人凤就发明了“秘密督察”的监察制度。
听谓“秘密督察”，可分为内外两种：对外的办法是安排一批江山籍的“子弟兵”，分插到各外勤单位，挂一个不显眼的职。平时，他们除了执行主管单位交代的工作外，都有暗中侦控本单位一切活动和一切人员的秘密任务，直接向“老板”负责。如果一个单位里有几个这样的角色，碰在一起交流情况时，都用江山话交谈，以免隔墙有耳。
同时，为了保证这种“秘密督察”使命能有效贯彻，军统局最机要的译电部门，统统换上江山籍子弟。这样一来，军统局本部给所有外勤单位的指示，以及除重庆外各外勤单位给军统局本部的情报，基本上都从江山人手上过，一旦碰上有举报的内容，索性采用“江山型”的密码，以求万无一失地送到戴笠手里。为此，戴笠曾多次举办江山籍青年的译电训练班，用以充实译电岗位和提高“业务”能力。
对内的一套办法叫“周督察制度”，即在军统局本部机关内，以科室为单位，每个人轮流担任一周的秘密督察，以监视和举报本单位的“违法”行为，附带着也关照其他的部门，随时密报督察室。“秘密督察”的项目五花八门，小到迟到早退，大到失职泄密，“反动言行”等等。有一回，某传令兵趁守卫不备，从值班室里偷了一条裤子，自以为神不知鬼不觉，想不到未等失主报窃，已经有“义务秘密督察员”去总督察那里举报了。总之，“周督察制度”的要求是“明察秋毫”。如果当“义务秘密督察”的知情不报，或者有隐瞒要害、泄露秘密的行为，通常都要受到严厉制裁。
军统内部常常出现这样的情况，某人突然被送到禁闭室，甚至去上“小学”、读“中学”①了，连他的主管上司都莫名其妙，弄不清他是被别人检举“违法”呢，还是没检举别人“违法”？一时里，内部气氛变得骤然紧张起来，人人自危，谁都怕被别人检举，又都不敢不检举别人。
①军统称重庆望龙门看守所为“小学”，称白公馆为“中学”，称贵州息烽监狱为“大学”。上“小学”，读”中学”、“大学”，暗指去上述地方坐牢。
第三个方面是从“关心职员生活”着手，建立好的“家风”。如