阎锡山对共产主义是下过一番研究功夫的，对共产主义的反对，有着自己的政治理念。他承认，“共产主义是世界上最具备‘一以贯之’的中心思想的思想体系”，“共产党是世界上最富国际精神、奋斗精神、群众精神的著名政党”，并承认人类社会“露有一个私有的大空隙”，让共产主义“至少可以煽动世界百分之七十以上的人民，向十分之三以下的人民进攻”。他的立场，天然地是站在十分之三以下的那一边，因此，对十分之七以上的人民群起而攻之充满着畏惧和仇恨。经历了抗战的酸甜苦辣，经历了“在三个鸡蛋上跳舞”的惊险和难堪，阎锡山就越来越认清了自己真正的目标。他说：“我竭尽全力反共，乃因为我指挥共产党的军队八年，又与之斗争五年，前后有十三年之久，深知共产党的做法。”联共抗战的经历，让他切身体会到了共产党在人民群众中的号召力，看到了共产党为贫苦百姓谋利益的决心和力量，也看到了在共产党的发动和组织下，穷苦人民站起来时爆发出的仇恨和怒火的可怕。不管他在理论上如何大谈“物产证券”、“按劳分配”的合理，也不管他提出过什么样的治理国家的良方，只要共产党存在，发展，他阎锡山就没有好日子过，更不用说继续当山西的太上皇。自当都督以来，他的财产天文数字般飞速上升。其父、岳、继母、妻、子、亲戚等，都先后挂上了董事长、经理、名誉董事之类的职衔，在名目众多的“公营”和私营企事业中大发其财。别的不论，仅在五台河边一带，阎家集地不下20万亩，已经是山西最大的地主了。政治理念与经济利益，都与共产党的主张和路线水火难容。一定条件下可以利用共产党为自己服务，但条件已变，就不能允许共产党在自己眼皮底下生存发展。
和平和复兴都等于消灭共产党，但消灭共产党又谈何容易。“共产党能笼络人心”，自己的作为又恰恰不得人心，为了维护和保持在山西的统治，除了军队之外，只有依靠特务组织。因此，返回太原后，他大力发展和强化特务机构，迅速组成了三大特务系统：特警处，政卫处和参训队。“特警处”全称是“特种警宪指挥处”，拥有大小70多个单位，1400多名专职特工人员，720名武装特务和900多名派出人员。其骨干分子是第二战区政治部阎的亲信梁化之手下的特工和共产党、八路军的一些败类。它规模庞大，权力无限，生杀予夺，为所欲为。可以随意扣捕山西境内任何军政人员和民众，任意审讯、残酷毒打并处死。在太原市的行政、军事、经济、教育各机关以及工厂、学校、商号、饭店、旅店等地方，都有秘密发展的“细胞”，随时监视着人们的一举一动。人们稍有不慎，言论中透露出对阎锡山的不满，就会被特警处抓捕、审讯、禁闭，以至杀死。日军投降后的山西大地，成为特务统治下的黑暗世界。“政卫处”仅次于特警处，是阎锡山掌握军队内部动向，搜集共产党、牺盟会和决死队情报的耳目。“参训队”全称是“太原绥靖公署谍报参谋训练队”，是训练军事谍报参谋和进行军事情报活动的特务机关。这些特务机关，与军队一起，成为阎锡山存在的支柱。依靠这些力量，阎锡山千方百计制造名堂，对军队和民众进行空前的残酷统治。
上党战役中，近三万官兵被俘，其他地区，也有许多当过八路军俘虏的兵士。八路军优待俘虏，采取宽大政策，对愿返回者，都发给路费，开给路条，予以释放。这些被放回来的官兵，特别是干部，成为阎锡山心中的一块病。一方面，他惧怕这些人受了共产党的教育，变成了他的敌人；另一方面，更怕他们回来宣传，瓦解和动摇军心。于是就成立了“晋绥军返部干部集训团”，简称“返干团”，他亲自担任团长，将被俘释放的干部都集中于内，实际上就是变相的集中营，以“警戒严密，追查彻底，宁枉勿漏，断绝归路”为原则，由“特警处”等特务组织进行残酷迫害。释放干部进团编队后，三个月内不准外出、不准窜队、不准和家属亲友见面，严密拘禁，强迫写自白书，并揭发别人。对所谓“有问题”者，分别开班斗争、队斗争、团斗争大会，采取车轮战、围攻、棒打等办法，反复予以肉体和精神的折磨。1947年6月之后，竟然仿照封建时代给囚犯刺字的做法，采用灭绝人性的“刺字刑”，给释放官兵臂部针刺上反共反人民的字样。他以为用这样卑劣的办法，就能够断绝向共产党向人民归顺的道路，迫使这些人永远受他的驱使，为他卖命终生。有一个上士班长，在额部明显位置刺了“誓死剿灭共匪”六字，受到阎锡山的特别嘉奖，奖给法币300万元，并赐予“忠贞先锋”称号；而在上党战役中被俘的一个中将炮兵司令，在大臂上刺了“雪耻”二字，受到严厉责难，迫不得已又在小臂上刺了“灭共”二字，才被释放出团。一个炮兵团长，被人密报在被俘期间说过“阎锡山已成瓮中之鳖”的话，立即被“特警处”拷打审讯后秘密活埋；还有的被刺刀刺死，被注射毒针毒死。阎锡山居然将这些罪行称作是“大慈大悲的教育，抹上红红擦红红的政治教育”