在对普通民众的控制和迫害方面，阎锡山也设计出了一套办法。他制定所谓《动员戡乱复兴工作纲领》，提出要建立“铁村”，完成“铁政”，展开了乱打乱杀的“三自传训”运动。“三自”包括“自清”、“自卫”、“自治”。所谓“自清”，就是让老百姓自己动手肃清“伪装分子”，即对阎锡山的统治不满，同情和倾向共产党的民众；“自卫”，就是让老百姓自己武装起来，反对共产党；“自治”，就是要达到处处、村村都加强他的反动统治的目的。晋绥军有一名团长名叫赵俊义，按照“三自”，制定了一套所谓“肃伪办法”。把驻区内的民众集中起来，先进行“自清”，让人们坦白或相互揭发是否共产党，是否给八路军办过事。“彻底坦白”的人算是“转生”，对“不自白”或“嫌疑大”的人，就分别进行斗争直到随意杀死。“自清”之后，将青壮年编成自卫队，经过训练，发给枪支，实行“自卫”；“自卫”之下，“秩序”和“治安”较好的村庄就实行“兵农合一”，让群众领取份地进行生产，就算是实现了“自治”。赵俊义按此方法，恣意迫害、残杀革命群众和无辜百姓，仅在寿阳一个十余万人口的小县，便杀了600余人。或乱棍打死，或刀砍、枪毙、草刀铡，或活埋、水淹，惨绝人寰，令人发指。而阎锡山却认为这是对付共产党的有效办法，并亲自命名为“俊义奋斗法”，将赵俊义擢升为副师长，以示表彰。“三自传训”的办法推广开后，强迫县、区、村的干部进行“自白转生”，“自白自己和共产党有什么关系”，自白之后，如被揭发为“不彻底”，就被大会斗争，当场乱棍打死。在阎锡山统治所及的地区，特别是太原附近的晋中地区，到处发生乱棍打死所谓“伪装分子”的惨剧。根据阎锡山的省政府1947年底的不完全统计，推行“三自传训”短短的两个多月时间里，在晋中各县遭受毒打和被杀害的民众，达到八、九万人之多。其中，被乱棍打死和杀害的就有三千余人。平遥县一夜打死700余人，介休县打死180余人，太谷县200余人，榆次县打死540余人，阳曲县300余人，清源县300余人，文水县200余人，晋源县打死100余人，祁县110余人，交城县86人，徐沟县68人，孝义县62人，汾阳县总共打死400余人，而一天之内，就乱棍打死180余人。太原城内一个澡塘里的青年工人李某，受不了被迫进行军训的劳苦，说了句“共产党进来怕什么”，便立即被捆起来用乱棍活活打死。在阎锡山直接指使下，阎军和特务机关犯下的这种骇人听闻、惨绝人寰的暴行，甚至比日本侵略者有过之而无不及。阎锡山同样将这些残害民众的办法赞美为“大慈大悲”，说什么：“处理人越是惨无人道，越残忍，就越能解救人。因大家看见害怕，便不敢再去接近共产党，那就是把更多的人救下来了。” 1947年1月12日，得到叛徒的告密，驻文水县的晋绥军和当地反动武装，包围了云周西村。年仅16岁的中国共产党党员刘胡兰和地下交通员石三槐等人，不幸被捕。阎军头目强迫他们“自白”，刘胡兰大义凛然，坚贞不屈，坦然躺在铡刀下，光荣牺牲。她的大无畏英雄气慨和为革命抛头颅、洒热血在所不辞的崇高气节，使一切反动派胆战心惊。毛泽东亲笔题词赞颂：“生的伟大，死的光荣”。
在政治上强化控制的同时，阎锡山还搞了不少名堂，从经济上加强控制和搜括，以满足他扩大军队的需要，巩固其政治统治的基础。一是强化“兵农合一”政策，强行组织所谓“兵农小组”，以六人为一组，其中一人当常备兵，五人领份地耕种当国民兵。国民兵出优待粮、棉，一部分供给常备兵，一部分优待其家属。在营的士兵不发饷，把扩军的负担完全转稼到民众头上。仅1946年上半年，通过这种“编组”办法，就拼凑起常备兵二万多人。阎对这套做法，很是自我欣赏，洋洋自得，他直言不讳地承认：“今天的兵农合一，就是现代的井田。”二是实行“平民经济”，为发展官僚资本，恣意抢掠民众财产，将国计民生紧紧控制在手中。日本投降后，国民党政权进入城市，借机大发接收财，投机商推波助澜，造成物价飞涨的严重局面。到1946年底，全国通货膨胀，物价比战前增加2900多倍。上海物价涨至8000多倍，而山西更厉害，太原物价高于上海，达到了全国的最高峰。阎锡山看到这种局面，也甚为惊慌，认为：“自乱因素不除，本身就有瓦解危险。”于是提出“简化生活，保护生活，分配工作，配给产物”的四项原则，管制物价，特别是管制生活必需品。随即严厉实行粮食、面粉、布匹、食盐等四种生活必需品的经营管制，禁止“非商人”插手买卖，禁止囤积居奇，禁止滥抬物价，禁止买卖空盘。之后又成立了“平民经济”办事处，管制物资的输出输入，实行统一采购，统一定价，统一批发，将大利都揽到了他的“公营”商号中。在“限制过分利得”的招牌下，对发放高利贷得利的