“方舟”小组在洛斯阿拉莫斯外围秘密基地的融入，并非一帆风顺。他们被冠以“东风项目”的代号，置于格罗夫斯将军的直接管辖之下，但同时也处于严密的隔离与监视之中。美国同行们对这些突然出现的、带着神秘技术和古老符号的东方科学家，充满了好奇、怀疑，甚至是一丝不易察觉的优越感。
苏沐清、林婉君、赵守诚和秦怀古被分配到了不同的研究小组，但他们的工作都围绕着同一个核心——验证和挖掘他们所带来的“黑石”能量与“源铁”材料的潜力，并评估其对“曼哈顿计划”可能的助益。
苏沐清被安排与一些顶尖的理论物理学家合作。他小心翼翼地避开了“神骸”碎片和“共鸣”符号等最核心的机密，而是从“黑石”能量表现出的某些与放射性衰变截然不同的特性入手，提出了一些关于“晶格内禀能量场”和“非电磁力耦合”的大胆假说。这些想法在当时的物理学界显得过于超前甚至离经叛道，但也确实为一些困扰“曼哈顿计划”的难题（如材料在极端条件下的行为、能量转换效率极限等）提供了全新的思考角度，引起了少数富有远见的科学家的兴趣。
林婉君则加入了通讯与计算部门。她带来的“龙吟”通讯理念，尤其是其基于能量共振而非电磁波传播的核心思想，让负责雷达和早期计算机研发的工程师们大开眼界。虽然受限于条件和保密，她无法复制“龙吟”系统，但她提出的抗干扰编码方法和简易逻辑电路设计思路，对当时正在发展的电子管计算机技术提供了有益的启发。
赵守诚的工作最为“实在”。他带来的“源铁”样本经过美方实验室的严格测试，其数据震惊了所有材料专家。其强度、韧性、耐腐蚀和耐高温性能，远超当时已知的任何合金，尤其是在中子辐照环境下表现出的惊人稳定性，立刻被列为最高机密，并紧急应用于某些关键核反应堆部件和同位素分离设备的研制中。赵守诚在美方专家的协助下，开始尝试利用美国强大的工业基础，复现和改进“催化电弧精炼法”，虽然进展缓慢，但每一次微小的突破都意义重大。
秦怀古的处境最为特殊。他带来的古老符号和“能量笔触”概念，在崇尚实证科学的“曼哈顿”环境中显得有些格格不入，甚至被部分人视为“神秘学”而遭到排斥。但他并未气馁，而是利用营地内相对完善的科研条件，系统地整理和分析那些符号，并尝试用现代科学仪器（如高精度光谱仪、早期电子显微镜）来观测描摹符号时产生的微观能量变化，试图为其找到物理学上的合理解释。他的坚韧和严谨，逐渐赢得了一些对跨学科研究感兴趣的学者的尊重。
周大勇作为护卫和联络员，无法参与核心研究，但他凭借着丰富的战斗经验和敏锐的观察力，负责小组的内部安全，并设法通过极其有限的、由美方控制的渠道，向国内发送一些加密的、表明“安全”和“研究进展顺利”的简短信号。
就在“方舟”小组在异国他乡的严密环境中艰难深耕、播撒火种的同时，远在太行山“薪火”溶洞的“烛龙”主体，也并未因核心骨干的离开而停滞。相反，失去了一批顶尖专家后，陈明远更加注重对剩余科研人员的培养和内部潜力的挖掘，一场旨在优化结构、激发内生动力的“蜕变”悄然发生。
陈明远打破了以往严格按专业分组的研究模式，推行“项目制”和“交叉研究”。他鼓励年轻的研究人员大胆提出想法，并组建跨学科团队进行攻关。例如，他将能量组和信息组的年轻骨干组合起来，成立“微型能源与通讯”项目组，目标不再是复刻“龙心”，而是基于现有理解，设计一种为“蜂巢”单元供能的、更安全可靠的微型化方案。
同时，他更加注重理论与实践的结合。应用组的地位被提升，他们不仅负责装备的生产和维护，更参与到前端的设计和改进中。许多年轻的技术工人和战士，因为在实践中展现了出色的动手能力和解决问题的智慧，被吸纳进研究团队，带来了宝贵的基层视角和经验。
“共鸣”项目在秦怀古离开后，由一位对古代史和物理学均有涉猎的年轻研究员接手。他们不再执着于立刻破解所有符号的含义，而是采用更系统的方法，对溶洞内所有已发现的符号进行测绘、分类，建立数据库，并尝试寻找其与已知物理常数或数学模型的潜在关联。进展虽然缓慢，但基础更加扎实。
更重要的是，陈明远开始有意识地将“烛龙”的研究成果，进行“模块化”和“技术包”封装。他将一些相对成熟、保密等级稍低的技术，如改进后的“长明石”制备工艺、特种钢材热处理技巧、简易无线电抗干扰模块等，整理成详细的教程和手册，通过“星火”渠道，更系统、更安全地向其他根据地输送。这使得“星火”计划从单纯的技术扩