此前东宫早已将房、杜二人视作铲除秦王势力的首要目标。李建成曾私下对李元吉直言：“如今秦王府一众僚属之中，真正深谋远虑、能筹大局、足以让我兄弟忌惮畏惧的，唯有房玄龄、杜如晦二人而已。此二人一日在秦王身侧，我等便一日难以制衡李世民。”
为斩断秦王羽翼、隔绝其智囊辅佐，李建成与李元吉屡次在李渊面前罗织谗言、刻意构陷，百般诋毁房、杜二人挑拨皇家兄弟、离间骨肉亲情、煽动工党之争。
而李渊本就根深蒂固地认为，三子手足失和、储位纷争不休，根源皆是各方幕僚谋士从中撺掇挑唆、搬弄是非。为隔绝诸子私党、平衡各方势力，杜绝藩王私结近臣、朋比为奸，李渊特意下严诏：严禁东宫、秦府、齐王府属臣私相交通、私谒诸王，将房玄龄、杜如晦正式调离秦王府幕府，外放迁职，彻底将两大谋主与李世民隔离开来，不许二人再侍奉秦王左右、参与秦府事务。
彼时李世勣因领兵驻守并州、驱逐突厥残部，身在边关未归；房玄龄、杜如晦又被朝廷严旨调离、禁止私交。一时间，秦王府顶级智囊尽数在外，仅剩武将与至亲心腹留守，这也是此前李世民屡屡孤掌难鸣、迟疑不决的重要缘由。
正因有高祖明令禁制在前，当长孙无忌携秦王密令、悄悄前来征召二人归府时，房玄龄、杜如晦皆心怀顾忌、不敢奉命。
二人深知东宫耳目遍布长安坊市，朝野侦伺严密。如今圣旨在案、禁令昭昭，若是公然私返秦府、私见秦王，一旦被李建成、李元吉的密探察觉、抓住把柄，便可直接坐实“私结藩王、干预朝政、挑拨皇家骨肉”的罪名。届时不仅自身性命难保，更会连累李世民，授人以柄，让秦王坐实蓄党作乱、违抗君命的罪责，令其处境雪上加霜。
于是二人故作惶恐，郑重推辞道：“陛下明诏敕令早已颁下，严禁我等再侍奉秦王、私相往来。今日若是我等私自来谒见大王，便是明知故犯、违抗圣命，必定获罪致死，是以我等万万不敢私自接受大王教令！”
此言看似是畏祸避罪、不敢赴命，实则暗藏深意。房、杜皆是天下顶级智者，早已看清大势必反、祸在朝夕，此举实则是暗中试探李世民的最终决心——他们要确认秦王是否真正斩断迟疑、定死起事之心，是否甘愿赌上身家社稷、放手一搏，而非一时冲动、摇摆不定。若是秦王心志不坚，二人贸然归府，只会白白送命、徒劳无功。
长孙无忌返府复命，将房杜推辞之言如实禀报。李世民听罢，瞬间勃然动怒，心生疑虑，沉声道：“事到如今，生死存亡悬于一线，房玄龄、杜如晦莫非是要背弃我、不肯共济危难？”
盛怒之下，李世民摘下腰间随身佩刀，亲手交付尉迟恭，冷声道：“你即刻前往，与长孙无忌同去探视实情。若二人真心推诿、全无归来共举大事之意，你便直接将二人斩杀，携其首级归来复命！”
此言看似决绝狠厉，实则是李世民彻底斩断退路、表露必死起事决心的姿态，亦是回应房杜二人的试探。
尉迟恭领命，即刻与长孙无忌再度隐秘前往，当面坦诚交底，不再遮掩：“大王已然彻底决断，起事大计已定、再无更改，绝非一时冲动！诸位公皆是社稷栋梁、大王腹心，当即刻入府，共议兵变细节、安定天下大局！”
为规避坊市耳目、避开东宫侦伺、严守绝密，四人商定分头潜行、绝不结伴同行，以免引人注意、泄露风声。
随后，房玄龄、杜如晦为掩人耳目，换上一身清净道袍，乔装成修道隐士，随长孙无忌隐秘穿行街巷，绕道潜入秦王府；尉迟恭则独自另择偏僻小路，分道而行，随后入府汇合。至此，秦王府文武核心全员归位，谋臣武将齐聚一堂，变局中枢彻底成型。
就在秦府日夜筹谋、密定兵变的同时，上天天象异动，接连示警，为这场惊天变局落下天命征兆。
武德九年六月初一丁巳日，白日晴空之上，太白金星骤然现世，高悬南天午位。古朝天象学认为，金星白昼现于正南，乃是乾坤易位、政权更迭、大变将起的凶兆，预示天下格局即将倾覆、皇权秩序即将变更。
时隔两日，武德九年六月初三己未日，太白金星再度于白昼重现正南午位，天象异变得以印证，绝非偶然。
时任太史令傅奕深谙星象占候之学，见金星连续昼现、对应秦地分野，深知天象所指，随即连夜密呈一道秘奏，直达御前：“太白伏秦之分野，此乃秦王当有天下、天命归秦之兆！”
李渊得此密奏，心中惊疑不定，却并未直接降罪猜忌李世民，反而特意将这道绝密奏章传示