德王府的庄田便是典型。
德王朱常洁在充州府境内的庄田，帐面只有1万顷，可清田队实际丈量时发现，仅兖州府东部的一片庄田，实际面积就超过了2万顷。
当清田官员要求德王府庄头配合重新丈量时，庄头竟拿出德王的手谕，嚣张地说：“王府田产，岂容尔等小吏置喙？若敢胡来，定让尔等脑袋搬家！”
朱承宗得知后，直接带着缇骑包围了德王府庄田。
庄头仗着德王的权势，仍拒不配合，甚至调动王府护卫阻拦。
朱承宗当即下令：“防碍清丈者，以谋逆论处！”
缇骑们蜂拥而上，将闹事的护卫全部拿下，庄头被当场斩首。。
此事震惊了山东所有藩王。
鲁王、衡王、泾王见状，不敢再公然抵制，却暗中耍起了小聪明。
有的故意拖延，不提供完整的庄田帐目。
有的将部分田产暂时转到亲信名下，企图蒙混过关。
朱承宗早有防备，他下令清田司与锦衣卫联手，一方面查阅朝廷存盘的藩王赐田文书，另一方面走访周边百姓，逐一核实庄田边界。
凡是查出隐匿田产的，不仅要将田产全部登记造册，还要追缴历年所欠赋税。
最终，四府藩王共被清查出隐匿田产8万顷，朱承宗直接上书朝廷，请求严惩。
朱由校虽念及宗室之情，未对藩王处以重刑，却下旨严厉训斥，削减了四府的岁禄，并将相关庄头、管事全部斩首，震慑了全国宗室。
藩王的阻力尚且如此，官绅豪强的抵制更是花样百出。
万历后期至天启朝，党争激烈，许多官绅借着党派势力，大规模隐匿土地，形成了“士绅基本上都不交税”的怪象。
地方官员与豪强相互勾结，除了“诡寄”“飞洒”，还采用“虚悬”（将田产登记在已去世或不存在的人名下）、“影射”（将田产与官府公田混肴）等手段，逃避赋税。
青州府知府李三才，便是其中的典型。
他借着自己是东林党人的身份，在青州府隐匿田产2万馀顷，将大部分田产诡寄于手下官员和秀才名下，每年仅缴纳象征性的几两赋税。
朱承宗的清田队在清查时，发现李三才名下的田产与实际生活水平严重不符，随即展开深入调查。
李三才仗着有乡党撑腰，不仅拒不配合，还暗中向京城送信，企图让朝中同僚施压。
可朱承宗根本不吃这一套，他直接下令将李三才革职拿问，从其家中搜出了详细的田产帐册和受贿记录。
最终，李三才因“隐匿田产、贪赃枉法”被斩首示众，其隐匿的万馀顷田产全部被登记造册，追缴历年欠税10万两白银。
在清丈过程中，民变并非个例。
有的豪强为了保住既得利益，故意煽动不明真相的百姓闹事，声称“清田是为了增加赋税，压榨百姓”。
充州府、东昌府等地都曾爆发过规模不等的民变。
但朱承宗的铁血，并非不分青红皂白的镇压。
他每次镇压前，都会先派人查清民变的起因和为首者，将煽动闹事的豪强、
恶霸斩首，而对于被胁迫参与的百姓，一律既往不咎，还会当场宣布清丈后的利好。
隐匿的田产被查出后，赋税负担会更加公平，流离失所的百姓也能分到部分抛荒土地。
东昌府的民变平息后，朱承宗在城外设下高台，当着数万百姓的面，将煽动闹事的豪强赵三麻子斩首，随后宣布：“凡无地、少地的百姓，均可向官府申请开垦抛荒土地，三年免征赋税。
之前被豪强强占的土地，一律归还原主。”
百姓们亲眼看到作恶的豪强被惩处，又得知自己能分到土地，对清丈的抵触情绪瞬间消散，反而纷纷主动配合清田队，揭发身边隐匿田产的行为。
除了藩王、官绅隐匿的田产，朱承宗的清丈团队还重点清查了抛荒与逃亡地、屯田流失与军地混肴的土地。
经过旱灾和起义，山东有大量土地因百姓逃亡而抛荒，这些土地有的被豪强趁机侵占，有的则无人管理。
而军屯田则因管理混乱，大量被军官、豪强私吞，与民田混肴不清。
清田队深入偏远乡村，逐一核实抛荒土地的归属，将被侵占的抛荒地收归官府，再分配给流民耕种。
对于军屯田，则严格按照朝廷存盘的军籍文书，重新划分边界，将被私吞的军屯田收回，交由当地卫所管理，要求卫所士兵重新屯田，恢复军粮自给。
经过两年多的努力，这些原本“消失”的土地，共清查出7万顷，重新纳入朝廷的赋税体系。
在整个清丈过程