【叮!恭喜宿主完成经验任务:发表一区期刊论文(AI领域顶会ICML,对标一区期刊)。】
【任务判定中……】
【会议:ICML,计算机领域顶级会议。】
【论文原创性:高(开创性新架构)。】
【学术影响力:极高(引发全球产业界跟进,预计将重塑AI格局)。】
【任务奖励发
【恭喜宿主!!
一股庞大的信息流涌入徐辰的脑海。。”。
第一条路,是继续深挖AI,搞定那个D-LTMN模块。
第二条路,是转向生物信息学。
徐辰仔细思考了一下,还是准备优先做生物信息学的研究。
一来,SLRM已经足够产业界消化一阵子了。现在的各家科技企业应该正忙着搞LPU芯片、改编译器,短时间根本折腾不完。
二来,也是最关键的——系统的主线任务【多维度的学者】要求他在三门不同学科发表SCI论文。
目前,信息学已经有了ICML的对标一区论文的成果,物理学有一篇共同一作,虽然是二区,但好歹也有论文产出。。
“所以,还是先把生化学的论文搞定吧。”
……
对于绝大多数人来说,“生物信息学”是一个充满赛博朋克色彩却又模糊不清的概念。
在传统生物学家的眼里,生命是培养皿里的菌落,是显微镜下的细胞,是离心机里分离出的蛋白。但在徐辰这样的数学家眼里,生命本质上是一套极其复杂的“作业系统”。
DNA是底层的源码——计算机世界里的0和1,在这里变成了A、T、C、G四种硷基;蛋白质是执行具体功能的应用程序;而代谢网络则是维持系统运行的电流和数据总线。
所谓的生物信息学,就是试图用数学语言去反编译这套系统。
常规的生物信息学都在做什么?
简单来说,它们大多停留在“查字典”和“看快照”的阶段。
最经典的操作是串行比对。这就象是拿着一段未知的代码,去浩如烟海的数据库里进行字符串匹配,比如利用着名的BLAST算法。如果发现这段代码和“贪吃蛇”的相似度,科研人员就会推测:“恩,这段基因的功能大概率也是个游戏。”
进阶一点的,是组学分析。这就象是给计算机屏幕截了一张图,统计这一瞬间有哪些软件(蛋白质或RNA)是打开的,哪些是关闭的。通过对比“健康计算机”和“中毒计算机”的截图差异,来查找病毒的踪迹。
“但这还不够。”
徐辰看着手中的教材,轻轻摇了摇头。
“这些方法本质上是基于统计学的相关性分析。它们能告诉你‘谁和谁长得象’,或者‘谁和谁同时出现’,但无法告诉你‘谁控制了谁’。”
……
徐辰桌子上摆着陈志华教授推荐的两本“圣经”——Palsson的《系统生物学:重构网络的属性》与Uri Alon的《细胞系统的调控》。
这两本书,代表了当前系统生物学的两座高峰,却也代表了两种截然不同的世界观。
徐辰翻看着书页,手指无意识地敲击着桌面,脑海中浮现出两幅完全不同的图景。
“Palsson代表的是‘结构派’,学术上称为基于约束的模型。他们的研究成果就象是一张‘城市道路规划图’。”
“在他们眼里,细胞就是一个复杂的渠道网络。他们不关心渠道里的水流得有多快,只关心渠道有多粗,怎么连接。利用化学计量矩阵——也就是S矩阵,他们能算出这个工厂理论上最大能生产多少产品。这在工业发酵上很有用,但它是个‘死’的模型,它假设细胞永远处于完美的稳态,完全忽略了细胞内部复杂的信号调控。”
徐辰的目光转向另一本书。
“而Alon代表的是‘动力学派’,其内核是网络模体理论。他们的研究成果更象是‘精密电路图’。”
“他们把细胞拆解成一个个微小的逻辑电路——比如‘负反馈回路’或者‘前馈环’。他们用微分方程精确描述每一个酶的反应速度,研究细胞如何像计算机一样处理信号,例如产生开关效应、震荡或脉冲。这很精妙,但太微观了。一旦把这些小电路拼成一个包含几千个基因的大网络,计算量就会指数级爆炸,根本算不动。”
……
徐辰敏锐地发现了当前学术界认识论的割裂:
“搞通量平衡分析的结构派,手里拿着一
“搞动力学建模的动力学派,盯着每一个红绿灯的秒数,研究每一辆车的加减速,却在复杂的