顺近藩朝鲜和琉球都开始顶不住的双屿港，已经不可能再瞒过明朝中央政府的眼睛。

    嘉靖二十六年（1547年）朱紈任右副都御史，巡抚浙江兼管福建海道，提督军务，掌管浙江、福建两省军务。

    嘉靖二十七年（1548年），四月六日。朱紈命都指挥卢鏜、指挥张汉等统领福清兵船三十艘、士兵一千余人，浙江巡视海道副使沈翰指挥从丽水等地抽调的浙江乡兵一千余人，进攻双屿港贼巢。

    双屿的海寇虽然在嘉靖十九年之后，过的是风生水起，极为囂张。

    就在朱紈到任之后仍然丝毫没有收敛。葡萄牙的走私船，在售完完货物之后直接停靠在双屿港口维修，犹如自家后花园一般。

    但是这是建立在明朝地方官员的不作为之上的。

    当朱紈派出的正规水军舰队到达双屿港之外时，双屿港內的葡萄牙人、大明的海盗商人、扶桑人联合起来，意图对抗明朝军队。李光头自持勇悍，率领著船队与明军在双屿外海交战。

    然而，这次的明军不是以前睁只眼闭只眼的寧波守军，而是朱紈专门针对葡萄牙人的火力水平，並为之准备经年的精锐之师，士兵是精兵悍卒，將是宿將名帅，武器是轻重火炮加上火绳枪。

    大海盗李光头自然不是对手，他自己被明军俘虏不说，跟隨其出战的日本倭寇连旗舰都明军被缴获。其他敢於出港作战的双屿各国海盗或死或擒。

    最后，正在海盗们一筹莫展之时，当晚寧波海域颳风下雨，天色昏暗。明军战船船只能避开多暗礁激流的双屿南北港口附近，退至外海，使得的封锁线变得不是那么紧密。凌晨三四点的时候，双屿港內各国船只一起涌出双屿港，四散逃命。

    海盗们的战术很简单，只要能跑得比同伙快，还是有一线生机的。而明军兵力本就不算太多，朱紈也只能一面命令指挥张汉，县丞廖日恆等率领一部分军队追击，命令著剩下士兵隨的定海卫千户王守元等人进港，搜寻可能的双屿残党。

    至此，双屿港的番人与贼徒基本被大明荡平。