一、最高元凶（指挥链顶端）
1. 松井石根（陆军大将）
- 职务：华中方面军司令官（兼上海派遣军司令官），南京战役最高总指挥 。
- 暴行责任：1937.12.13南京沦陷后，纵容部下“解散军纪三天”，对30万以上军民惨死负总责 。
- 后期驻扎/去向：- 1938.3调回日本，任内阁参议；
- 未再回中国前线。
- 结局：甲级战犯，1948.12.23东京巢鸭监狱绞死 。
2. 朝香宫鸠彦王（陆军中将→大将，皇族）
- 职务：上海派遣军司令官（1937.12.2接任，前线实际总指挥） 。
- 暴行责任：签署密令“杀掉全部俘虏”，直接推动集体屠杀 。
- 后期驻扎/去向：- 1938年初回日本，任大本营参议官、贵族院议员；
- 1939晋升大将，未再回中国。
- 结局：因皇族身份免予起诉，战后被剥夺皇籍，改名朝香鸠彦，1981年死于热海，终年93岁 。
3. 柳川平助（陆军中将）
- 职务：第十军司令官（指挥第6、18、114师团及国崎支队，南路攻南京主力） 。
- 暴行责任：所部（尤其第6师团）最先入城、暴行最烈 。
- 后期驻扎/去向：- 1938.11回日本，任兴正院总务次官、近卫内阁司法大臣；
- 未再回中国。
- 结局：1945.1日本投降前心脏病死，逃脱审判 。
二、直接屠城部队（师团级主官+后期中国驻扎地）
1. 第6师团（熊本师团，甲种）
- 师团长：谷寿夫（陆军中将）——南京大屠杀最直接主犯 。
- 入城时间：1937.12.12晚破中华门，13日入城，驻扎中华门—雨花台一带 。
- 暴行：纵兵屠杀、强奸、焚城，集体屠杀核心执行者 。
- 后期在中国驻扎/转战：- 1938.2离南京，参加徐州会战、武汉会战、三次长沙会战；
- 长期驻扎华中（湖北、湖南、江西），隶属第11军；
- 1942.11调往太平洋（布干维尔岛），1945投降 。
- 谷寿夫结局：乙级战犯，1947.4.26南京雨花台枪决 。
2. 第16师团（京都师团，甲种）
- 师团长：中岛今朝吾（陆军中将）。
- 入城时间：1937.12.13从中山门入城，驻扎南京城东北部（玄武湖、下关） 。
- 暴行：下关长江边集体屠杀数万放下武器的士兵和平民 。
- 后期在中国驻扎/转战：- 1938年后驻华北（河北、山西），隶属华北方面军；
- 1941调往太平洋，1945在菲律宾投降。
- 中岛今朝吾结局：1945.10在日本病死，逃脱审判。
3. 第9师团（金泽师团，甲种）
- 师团长：吉住良辅（陆军中将）。
- 入城时间：1937.12.13攻光华门、通济门，驻扎南京城东南部 。
- 暴行：参与城内扫荡、屠杀与强奸。
- 后期在中国驻扎/转战：- 1938年后驻华中（苏州、无锡、常州），警备京沪线；
- 1940调往东北，1945在东北向苏军投降。
- 吉住良辅结局：战后未被追责，1963年死于日本。
4. 第114师团（宇都宫师团，特设甲种）
- 师团长：末松茂治（陆军中将）。
- 入城时间：1937.12.13配合第6师团攻中华门，驻扎城南 。
- 暴行：参与集体屠杀与纵火。
- 后期在中国驻扎/转战：- 1938年后驻华北（山东），隶属第12军；
- 1940解散，兵员编入华北警备部队。
- 末松茂治结局：战后未被追责，1957年死于日本。