朱文奎流落南洋五十八年，张无忌利用多次下西洋之机，不仅传授文武之道，更以儒家仁政理念熏陶其志。每逢讲史，必强调“民为邦本，本固邦宁”；习剑之时，则告诫“刃不出鞘，方为上乘”。
朱文奎成年后，虽未能复位，却在张无忌庇护下平安度世，在文莱定居，后半生致力于编修遗史，留下大量关于建文朝实录的手稿，使真相不致湮灭。
张无忌亦曾助朱棣保藩，并让其许诺“不称帝、不滥杀、不暴政”，然朱棣得势，忘其承诺，让他寒心。
朱棣登基后，虽也知张无忌在暗中救护建文父子，却亦敬他为人光明磊落、善良仁厚，胸怀天下，不会谋逆，故也知而不问。
郑和下西洋，肩负宣威海外、通好诸国之重任，朱棣诏安张无忌随行护航，他终于应允，每次与赵敏同行，率数十名武馆弟子和仁济医师加入船队。途中屡遭疾疫风暴海盗之患。舰队到达旧港临马六甲海峡时遭遇南洋巨寇陈祖义伏击，百艘宝船陷入围困。张无忌一人夜袭，将敌船点火，使其互相残杀，将陈祖义擒拿又恩威并施带回国内，由朱棣亲自处决。此后凡遇海啸风浪，他皆登高观测星象水流，指导船队避险航行。每至一国，便访查疫病流行情况，施药救人。
在爪哇、苏门答腊等地，瘴疠横行，土人束手无策。张无忌结合中原医理与当地草药，创制“清瘟散”“解瘴丸”等多种方剂，疗效显著。他还将多年积累的诊疗经验整理成册，著成《仁济医录》三十六卷，涵盖内科杂症、外科创伤、妇孺调理、防疫养生等内容，堪称明代民间医学集大成之作。此书后来传入东南亚各国，至今仍被奉为医家经典，“仁济方”之名流传甚广，许多村落设有“仁济亭”，供行人免费取药饮水。
初下西洋同年，朝廷启动《永乐大典》编纂工程，征召天下饱学之士。张无忌虽不通八股词章，但因其阅历丰富、见识广博，尤精医药、水利、农耕、器械诸务，被特聘为“实务顾问”。因下西洋，他派遣张思汉、张思蒙、戴若兰、陈昭、沈兰等人参与搜集、整理、校勘古籍万余卷，又安排周芷若搜集武学、佛理、养生等绝学，家人们补录失传农书《齐民要术》残篇，修订嘉靖年间李时珍著《本草纲目》之前篇《证类本草》中的谬误，还建议增设“民生技艺”“武学技艺”类目，收录民间发明创造、武学百家精华。正是在他的推动下，原本偏重经史文学的大典，首次系统收录了大量实用技术文献和独家传承，为中国医学史、民艺史、武学史保存了珍贵资料。
永乐、洪熙、宣德三朝年间，朝中大臣多次奏请授予其高位，或封爵赐田，或入阁辅政，均被婉拒……张无忌总说：“吾本江湖闲散，岂恋紫袍玉带？昔年练武，只为自救；今日行医，却可救人。若能以己之力减一分民瘼，胜过万钟俸禄。”言罢拂袖而去，唯留清风满殿。
他历经明朝五帝，功勋无数，却没有拿走朝廷分文和任何赏赐。
晚年归隐浙江太湖畔，修建“归云小筑”，内设三院：一为“武学院”，传授太极、八卦、五行拳法，强调“止戈为武”；二为“惠民堂”，专收贫病孤寡，教其技艺，施诊赠药；三为“耕读园”，招募贫流民读书垦荒、灌溉蚕桑之术，以劳动换幸福。他制定门规：“武医教堂，来者不论出身贵贱，但观其心是否向善；习艺不限资质高下，惟愿其志在于利人。”
他对赵敏深情不渝，夫妻携手七十余载。赵敏聪慧果决，一生为夫为家，七十多年不离不弃，无怨无悔，协助管理内外事务，创办女子学堂，提倡女子读书习武，独立自强。赵敏曾伴张无忌六下西洋。
张无忌四名子女，皆承家风：长子张思明镇守蒙边，六战朱棣，力主言和，战功赫赫，子女世袭；次子张思汉继承父志，投身武医教堂，在全国兴办光明教堂、光明武馆、仁济医堂近万所，努力维护朝廷正统，秉持江湖道义，救国救民于无形；小女张思蒙一家三口，一生从医，赈灾济困，治病救疫，翻山越岭，从不言苦；长女张念芷更是人之翘楚，武之脊梁，成为武林第一，荣膺武当第四代掌门。
张家后裔，或嫁爱国华侨，或娶贤淑女子，或幕后辅君仁政护其正统，从不居功自傲；或执教堂，或执武馆，或执医堂，或执善堂……皆以“低调务实、为民服务”著称。
张家一门，不求显赫，惟愿仁德。
旧日明教故人，他也一一安置。
成立光明新教后又派人护送小昭十二名波斯使者安全返回国内，并带回中原丝绸、茶叶、瓷器作为回礼；当得知周芷若从终南山古墓回到峨眉后，他曾匿名寄去《金刚经》与养生