十几天的牢狱生活，侯君集显得瘦多了，脸也小了一圈，往日英武的脸庞也变得胡子拉碴，不像个人样，望着老部下成了这等模样，太宗也觉辛酸，挥手令人给他除了刑具，而后问道：“我不欲刀笔吏辱公，故亲来鞫验。公曾教承乾反乎？”
侯君集望了望太宗，眼又躲着太宗，脸色苍白，低头不语，半晌才应道：
“陛下天恩，臣视若如父，追随陛下数十年，风霜刀箭都过来了，如今刚享受了几年富贵，臣哪里会想到谋反之事？”
太宗见侯君集嘴硬，招手道：“提贺兰楚石。”
贺兰楚石早已被押在殿外等着，为急于立功，贺兰不待太宗发问，即一五一十，把太子如何交代自己引侯君集，侯君集数至东宫，时间地点，谁谁见证，说了什么话，当着太宗和大臣的面交待的一清二楚。太宗听着爱将和爱子一块反对自己，心酸不已，扶着御案，颤声问阶下的侯君集：“女婿作证，公还有什么话可说？”
侯君集无言可对，面如死灰，自投于地，一动不动。太宗眼泪“哗”一下下来了，他用龙袖沾沾眼角，对群臣道：
“谋反之人，死罪一条。但往昔国家未安，君集实展其力，不忍置之于法，我将为其乞性命，公卿能许我吗？”
侯君集生性好矫饰，喜自夸，依仗是秦府旧人，国家功臣，常傲视同僚，因而人缘也不怎么好，如今又犯了十恶不赦的谋反大罪，群臣谁也无心与他求情。大家你望望我，我望望你，一齐拱手奏道：
“君集之罪，天地不容，请诛之，以明大法。”太宗听了，更加伤心，走下御座，来到伏地不起的侯君集身旁，抚着他的背流着泪说：
“数十年相处，今与君永诀矣！”
听太宗说了这句话，侯君集知道已无活路，就地叩了两个头，而后站起来与太宗诀别道：
“君集不才，徒惹陛下伤心，愿来生再为陛下效力！”
说完，侯君集在行刑手的押送下，大踏步走下殿去，太宗犹痛惜不已，道：
“尔今尔后但见君遗像耳！”
侯君集常常挂在嘴上一句话：男儿不当老死卧内，而应为国战死沙场。刀枪血雨中冲过来的侯君集一点也不怕死，临刑前容色不变，对监刑将军说：
“君集岂反叛之人！蹉跎至此，复有何言！但君集曾为将，破吐谷浑、高昌二国，颇有微功，请代言陛下，乞令一子守祭祀！”有侯君集的名头压着，监刑将军不敢怠慢，火速派人将侯君集遗言奏明皇上，太宗当即恩准，宥其妻及一子，流徙岭南。侯君集死后，籍没其家，搜查时，在他家找到二个美人，容貌娇嫩，人世罕见，言自幼饮人乳不食。
在查清全部案情后，赵节、杜荷、李安俨等人皆伏诛，谈到如何处理汉王李元昌时，太宗不忍加诛，意欲免死，朝上征求群臣的意见时，高士廉、李祐抗疏道：
“王者以四海为家，以万姓为子，公行天下，情无独亲。李元昌包藏凶恶，图谋逆乱，观其指趣，察其心府，罪深燕旦，衅甚楚英。天地之所不容，人臣之所切齿，五刑不足申其罚，九死无以当其愆。而陛下情屈至公，恩加枭獍，欲开疏网，漏此鲸鲵，臣等有司，不敢奉敕，伏愿敦师宪典，诛此凶慝。顺群臣之愿，夺鹰鸇之心，则吴、楚七君，不幽叹于往汉；管、蔡二叔，不沉恨于有周。”
群臣也跟着纷纷附和，言李元昌之罪实难免死。太宗只得下诏道：“赐李元昌自尽其家，宽宥其母亲、妻子、子女，国除。”
下面轮到如何处理太子李承乾的问题。太宗语速放缓，和蔼地探问诸大臣：
“东宫事，按问已完，将何以处置李承乾？”
这还用问吗？反叛之罪，依律当死！有人张口张嘴，却不敢应声，这李承乾可是皇帝的嫡子啊，一旦谁一句话送了他的性命，日后皇帝想他的儿子，还不得拿谁开刀？文武百官，面面相觑，都未说话。太宗见无人答话，皱了皱眉头。圣心有忧，做臣子的哪能不帮忙啊，只见班中闪出一人，乃通事舍人来济，来先生乃隋左翊大将军来护之子，年龄不大，胸有文采，口善言谈，尤通时务，他深知圣上此刻的心情，拱手奏道：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣。”
太宗听了来济所奏，正中下怀，遂长叹一声，颁旨道：
“废太子李承乾为庶人，幽囚于右领军府。其宫官左庶子