在“山雨欲来风满楼”的形势下，洪秀全觉得武装大起义的主客观条件都已经成熟，于是他不失时机地把武装起义提到议事日程上来了。1850年2月，道光皇帝死，咸丰皇帝即位。6月,秀全派江隆昌等往广东接眷属来广西。他还假借上帝之口说：“在道光三十年(1850年)我将遣大灾降世，凡信仰坚定不移者将得救，其不信者将有瘟疫,过了8月之后，有田不能耕，有人没处住，因此之故，当召汝之家人及亲戚至此。”这说明秀全这时已决定进行武装起义了。就在这时，秀全写了一首诗,以表达自己的志向。这首诗说：
近世烟氛大不同，知天有意启英雄。
福州被陷从难陷，上帝当崇毕竟崇。
明主敲诗曾咏菊，汉皇置枪歌大风。
古来事业有人做，黑雾收残一鉴中。
透过宗教的语言，这首诗清楚地告诉我们：洪秀全决心效法朱元璋、刘邦等举行起义，以实现自己拯救中国的大业了。
为了武装起义，洪秀全一方面令杨秀清在紫荆山区设立营盘，训练拜上帝教信徒，又命韦昌辉在金田村开炉督造兵器。
另一方面，他与冯云山则到平南花洲山人村胡以晃家隐居，制造武器，积极准备起义。
1850年7月，洪秀全在花洲发布武装起义的动员令——“团营”，要求各地拜上帝教徒到金田集中。在洪秀全号召下,各地教徒闻风而起,纷纷向金田村集中。为了适应武装斗争的需要，秀全创立了圣(公)库制度。教徒“将田产屋宇变卖,易为现金,而将一切所有交纳于公库,全体衣食俱由公款开支,一律平均。”因有此均产制度，人数愈为增加。
在发布“团营”令的同时，秀全等还按照《周礼》，把信徒组织起来，按“五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军”编组入兵册。一军共官兵13125人。军帅之上有监军、总制、将军、指挥、检点、丞相等职衔。
到9月底，参加金田“团营”的拜上帝教徒除紫荆山区杨秀清、金田村韦昌辉率领的三千余人外，还有贵县石达开、秦日纲统率的龙山矿工一千余人，平
南胡以晃领导的二千余人，赖九率领的陆川队伍千余人，黄文金统率的博白队伍二千余人，以及武宣、象州等地的起义队伍，合计为万余人。这支新的队伍，已经成为当时广西最有组织和影响的一支农民武装力量了。
当时天地会农民起义队伍纷纷要求参加这支新的农民武装。为了保持这支农民武装队伍的纯洁性和战斗力，洪秀全在接受天地会起义队伍时，重申拜上帝教的组织纪律，宣布要承认拜上帝教和遵守纪律才能加入。他说：“我虽未尝加入三合会，但常闻其宗旨在‘反清复明’。此种主张,在康熙年间该会初创时果然不错的；
但如今已过去二百年,我们可以仍说反清，但不可再说复明了，无论如何，如我们可以恢复汉族山河，当开创新朝。如现在仍以恢复明室为号召，又如何能号召人心呢?何况,入尔等会者须拜魔鬼邪神及发三十六誓，又以刀加其颈而迫其献财为会用，彼等原有之真宗旨今已变为下流卑污无价值的了。”
这说明，洪秀全虽然批判了三合会不合时代潮流的落后因素，但是他继承了它反清等合理的因素。天地会领袖罗大纲,因赞成洪秀全“军纪之严及其治军之教理”，留了下来，成为后来太平天国著名的将领。而大头羊(张剑)、大鲤鱼(田芳)等天地会多数领导人，因洪军纪律太严，对拜上帝教又接受不了，便率众离开，后
来投降清军，转攻秀全的起义军了。在与天地会的关系上，洪秀全严格军纪是必要的，然而要求友军都信仰拜上帝教，似乎不近情理，从而使相当一部分可以争取的友军，转而成为敌军了。这在策略上显然是一个失误。
值此总动员的时候，还有一件事也需要提及，那就是在各地教徒纷纷到金田集中准备起义之际，拜上帝教领导内部发生了杨秀清称病不出的事件。杨秀清一向热心拜上帝教传教事业，具有非凡的组织能力，是紫荆山区三千上帝信徒的领袖，深得秀全与云山的倚重。他突然装病不出，使金田起义计划几乎陷于流产。
秀全、云山知道秀清称