追随蒋介石 限共反共屡遭挫
由其阶级立场和切身利益所决定，阎锡山在凄惶地回顾自己只剩下了两、三万人马时，他感到了一种新的危机，他的算盘也就开始了另外的算计。尽管眼下还需要八路军、决死队和牺盟会对付日本人，维持山西的大局，但考虑到八路军、决死队将来绝不可能成为自己的军队，以后要控制山西，统治山西，就不能允许这几股力量过于强大。尤其是新军决死队，这时已由原来的四个总队（相当于四个团）迅速发展成为四个纵队（相当于12个团）。名义上还是他的队伍，但却是在共产党的控制之下，与八路军关系密切。这越来越成为他最大的一块心病。
因此，1938年6月，在吉县古贤村召开秘密军事会议时，阎锡山就有感而发地向着他的部下发了一通议论说：“这次会议，是给你们开追悼会的。但是如果你们懂得了道理，也可以说是庆生会。”接着，他算了一笔账：自抗战以来，某友军人员增加了四倍，我军某军却减少了一半。按此比例，再过10个月，友军的一变成了十六，我军某军的一却变成四分之一，这就成了六十四比一的结果。一膨胀一缩小，可怕不可怕？说的明白一点，就是晋绥军抗光了，八路军不但没减少，反而增加；再加上牺盟会、决死队与共产党、八路军合作，今后还有我们晋绥军的立足之地吗？
出于私利，在阎锡山的算盘上，民族大义开始被推到了无足轻重的位置。他念念不忘的是晋绥军也就是自己的“存在”，在八路军和决死队手里的地盘，虽然是还是中国人的地盘，但不能算作自己的地盘。
接着，他又在古贤村召开了“抗敌行政工作检讨会议”。会上抛出了《抗敌行政机能十大纲领》、《抗战人员必戒二十条》、《抗战必要条件六项》等文件。特别是《抗战人员必戒二十条》，是他召开这次会议的中心内容。表面上是对所有抗战人员提出的基本要求，而实际上，是针对着革命势力，为加强对牺盟会、决死队的控制而提出的。如“军队妨碍行政者必戒”，“言论足以挑动阶级斗争者必戒”，“滥委人员，成立游击队，强迫人民供应者必戒”，“越权处罚汉奸者必戒”等等，都对积极主动抗日的牺盟会和决死队暗藏着杀机。阎锡山在讲话中，更露骨地表示，“二的利害成不了一的团结，二的认识成不了一的行为”，对于不合他的要求的势力和做法，要“恕而消之以处善，缩而灭之以惩恶”。两次古贤会议，其目的十分明显，完全是有针对性地限制和阻止共产党领导下的革命力量的发展，为从军事到政治破坏抗日救亡运动做准备。
1939年1月，国民党的五届五中全会在重庆召开。武汉失守后，日本帝国主义改变了对国民党政府以军事打击为主的方针，逐渐将其主要兵力向敌后根据地转移。与此相应，国民党也逐渐将其政策的重点，向着反共反人民蜕变。会议以“整理党务”和研究“如何与共产党作积极之斗争”为主要议题，蒋介石发表讲话，要“唤醒党魂”，确定国民党的政策重点由对外转向对内，制定了一系列“溶共”、“防共”、“限共”、“反共”的政策。这些论调和做法，反映了历史在这一阶段出现的新特点，也与阎锡山的想法一拍即合，于是，他紧紧追随蒋介石，把自己的政策也由联共转向防共、反共。而且，对于蒋介石的种种做法，他还感到不满足，他标谤说：“共产党太左，国民党太右。在土地问题上，共产党让贫农分房分地，驱赶地主扫地出门，不公道；国民党对土地这个大问题，一袭旧制，让老百姓交了粮银便了事。我主张土地公有，实现耕者有其田，不赞成搞阶级斗争。……蒋先生重视军事反共，我则重视思想防共。思想防共，才是釜底抽薪的办法。”
1939年3月，阎锡山在陕西宜川秋林镇召开了“第二战区军政民高级干部会议”，标志着从此将防共反共放在了抗日之上。
会上，阎锡山在分析形势时说：“我们现在已处于抗日的最前线，陷入日军攻击与八路军包围之中，蒋介石不足畏，毛泽东……倒是个可怕人物。现在的形势是，蒋要抛弃异己，看来是想借日军之手消灭我们。处在这样的环境里，只抗日第二，防共第一才能立足。”他认为，抗战的前途是“中日不议而和，国共不宣而战”。他提出了“抗战走上最高峰”和“无条件存在”的口号。就是说，抗战已经到顶了，今后的任务是不择手段地谋求存在，因此，“抗战只是手段，复兴才是目的”。在阎锡山这些论调的操纵下，他手下的军政要员们对牺盟会群起而攻之，各地的地主豪绅还组织代表团，向阎锡山哭诉牺盟会、决死队和各抗日团体的所谓“暴行”。会议决定，取消新军决死队的政治委员制度，文官不得兼任军职。阎锡山还声称，这是蒋委员长的命令，山西不能不执行。薄一波