这一年，阎锡山入日本陆军士官学校第六期学习。在陆军学校，接受日本军国主义教育后，他很欣赏和崇拜日本人的尚武精神，赞同“弱肉强食”“强权公理”等一套理论。他认识到，军国主义就是“政府之政策则为军国政策，人民之教育则为军国教育，社会之组织则为军国社会”。军国主义与封建思想相结合，对他形成“中国自立之道，非厉行军国主义，不足以图强”的思想有十分重要的影响。同时，他也在日本学生中广交朋友，与土肥原贤二、樱井隆治、坂垣征四郎等时有往来，为日后与日本长期来往，三十多年后同侵华日军相勾结埋下了种子。
夺得标统 参加起义 当选大都督
阎锡山和战友们积极活动，把目标首先对准两个标统。一标标统齐允，是旗籍贵族出身，沾染了八旗纨绔子弟的恶习，吸食鸦片，贪脏枉法，且又懦弱无能。同盟会组织人采取各种手段揭露他的种种劣行，大造舆论，频频攻击。不久，齐允因此去职，阎锡山的把兄弟黄国梁便升任一标标统。阎锡山此时兼了陆军小学的日文教官，经过苦心培植，学生张培梅、周玳等日后都成了他手下的干将。与此同时，阎和他的战友们又将夺取二标标统作为重要目标，但二标标统夏学津，既有靠山，人也能干，一时不好入手。
恰在此时，山西发生了“交文禁烟惨案”，给革命党人一个极好的机会。
1909年（宣统元年），清廷曾下命令，要求六年之内在全国禁绝鸦片烟。本来是装模作样欺哄百姓的举动，却也有贪心者欲从中取利。山西巡抚丁宝铨就是这么个聪明过份的人。次年，他就给清廷打假报告，宣称：“山西全省已完全禁种，吸食者不久也可绝迹。”清廷也假戏真做，就派钦差到山西实地查勘。这一下，可让丁宝铨急如热锅蚂蚁。原来，山西交城、文水一带，百多年来相沿成习，种植鸦片已经成为当地不少百姓一种重要的谋生方式，此时的情况根本没有一点改变。丁宝铨本来是想以假话制造政绩，邀功请赏的，如在钦差面前露了馅，岂不是欺君之罪？于是，立即派一标标统夏学津带兵，星夜赶往交城、文水等地，勒令当地官员迅速将地里长着的鸦片烟苗一律铲除。地方官员不敢怠慢，层层下令，纠集人员赶快动手。种烟农民以此为生，铲除烟苗无疑于断了他们的生路，加上此时正值烟苗开花结实季节，他们怎舍得让人毁掉？男女老幼始则成群结队苦苦哀求，继则挥舞锄头聚众抗拒。夏学津大怒，令士兵开枪恐吓。一开枪，场面更加不可收拾，混乱中烟民被打死打伤数十人。丁宝铨见出了大乱子，再扯弥天大谎，竟向清廷报告，诬烟民抗拒铲烟为土匪聚众作乱。流血事件引起山西各界的极大愤怒，同盟会员们抓住时机，通过太原的《晋阳日报》，连续登载揭露丁宝铨、夏学津镇压民众，造成流血惨案的真相，并写了成百上千的黑名帖四处散发。太原城搞得满城风雨，北京的《国风日报》和上海的《申报》也予以转载。一时间，全国上下，舆论哗然。在京的同盟会员又多方活动，经御史胡思敬奏参，清廷只得将巡抚丁宝铨撤职调离，将标统夏学津撤职查办。挤走了夏学津，阎锡山顺理成章成为二标标统。这样，革命党人把山西的军权控制到了自己手中。
阎锡山掌了军权之后，并没有满足陶醉，他处心积虑地寻求更多的支持，为下一步攀升打基础。此时立宪运动闹腾得正凶，各省成立咨议局，立宪党人也成为一派“代表民意”的势力。阎锡山看到这一派势力在社会上颇有影响，就用出自己善于谦恭阿谀的手段，以晚辈后学的身份拜访山西咨议局的议长、立宪党人梁善济等人，并与梁善济的秘书拉上关系，以拜把子的老办法结为“金兰之交”，从而取得立宪派的信任和重视。但同时，他又与革命党人中的同志合谋，凭借自己的“铁血丈夫团”的身份，发起成立“山西军人俱乐部”。通过这个组织，把新军里的革命党人团结起来，成为混成协内同盟会的秘密领导核心。
在立宪派和革命派之间，阎锡山就这样立于“左右逢源”的境地。阎锡山参加同盟会并进入铁血丈夫团，进行了一系列革命活动，显现了他追随革命、反对清政府的志向；但他在进行革命活动的时候，又不时暴露出力图圆滑处事，企求左右逢源的狡黠。应当说，这是善于投机的商人习性的表现。
1911年秋，丁宝铨被赶走后的新任山西巡抚陆钟琦到任。原新军协统姚鸿