王镇恶遣人送诏书和赦文以及刘裕的手书给刘毅，刘毅焚而不视，当时，金城中的士兵也不信刘裕亲自到来，一个叫王桓的人，家在江陵，以前因杀死桓谦，被刘裕所提拔，常在左右，这时率十余人帮助王镇恶作战。
下午五时三刻，王桓在金城东门北三十步地方凿开一个大洞，王桓率先钻进洞里，王镇恶紧随其后，后面士兵相继而入，与刘毅军短兵相接，王镇恶的士兵和刘毅从建康带来的士兵有的都是父兄子弟或表亲关系。
王镇恶令士兵边战边说，刘毅的士兵都得知是刘裕亲自率兵而来，于是刘毅军人心涣散，一更时，刘毅部署在官署大厅的军队散溃，刘毅的勇将赵蔡被斩杀，但刘毅左右士兵仍关闭东西阁抵抗。
王镇恶恐夜间作战，士兵们会互相杀伤，于是引军出围金城，留出南面的道路，刘毅恐南面有埋伏，于是三更时乘夜率三百余人由北门突围.
由于事出突然，当王镇恶率军攻城时，刘毅的马还在城外，仓促之间寻不着马，刘毅便去儿子刘肃民那里取马，刘肃民却不给，朱显之对刘肃民说：“别人要取你父亲的性命，而你却吝惜一匹马，你逃走想逃到什么地方去呢？”于是夺过马给刘毅。
刘邦皱起眉头，“这刘毅的儿子是怎么一回事？”
萧然说道：“按照朱显之的话来说，应该是他想要自己带着马逃跑？”
刘邦不解的摇头，“实在是奇怪至极。”
虽然刘邦觉得奇怪，不过那又不是他儿子，也不是刘裕的儿子，他并不关心。
“算了，你还是继续说这件事吧，我听着这王镇恶确实有些聪明才智，而且似乎也有些运道。”
毕竟这一路这么长时间都没有人怀疑他也太扯了，但凡有一个人去看看，动动脑子呢。
想着，刘邦又摇了摇头，“这刘毅输的不冤。”
也不知道他是不是太自信，还是单纯的想的少。
萧然说道：“刘毅自然是输了的，他虽然从他儿子那拿来了马匹，可还是没跑掉。”
因为刘毅刚一出来，便遇见王镇恶的军队了，他倒是想要突围，但是根本冲不出去。
没办法，刘毅又回冲蒯恩的军队以突围，由于蒯恩的士兵已作战一天，疲惫不堪，刘毅才得以从江陵城东门逃出，刘毅投奔到牛牧佛寺，当初桓蔚战败时，也投奔到牛牧佛寺，寺僧昌将桓蔚藏之，刘毅便将昌和尚杀死。
及至今日，刘毅也逃到此地，寺僧拒之说：“昔日亡师收容桓蔚，被刘卫军所杀，今日实在不敢收容外人。”刘毅慨叹道：“为法自弊，居然到了这个地步。”遂自缢而死。
第二天，百姓告诉王镇恶军，将刘毅斩首，其子侄也全部被杀。
此战，王镇恶身先士卒，身中五箭，手中所执的槊也被射中，在手中折断。直到江陵平定后二十天，大部队才到达，王镇恶署中兵，出为安远护军、武陵内史，而王镇恶又因平定刘毅之功，于十一月被封为汉寿县子，食邑五百户。
刘邦叹息一声，“多行不义必自毙啊....”
可能这就是回旋镖吧，刘裕杀了晋帝，所以他的后代也被新帝杀了，刘毅杀了收容桓蔚的寺庙里的和尚，所以等他求收留的时候，僧人拒绝了。
萧然说道：“可能这就是因果吧，种下什么因，就有什么果。”
刘邦感叹一声，随后又说道：“我看这王镇恶确实是有才，但是你刚才说收取贿赂，贪污的事情又是怎么回事？”
萧然说道：“王镇恶倒不是收取贿赂，他是掠夺，也不是抢百姓的，他就是单纯的贪。”
当时南地少数民族首领向博抵根占据阮头，常与晋王朝为敌，王镇恶便率军去讨伐，临走时，王镇恶告诉荆州刺史司马休之，请求司马休之派兵以为声援，司马休之派其将朱襄率军助王镇恶。
行军途中，却出现了意外，原因是刘裕厌恶司马休之子在京都建康惹事，遂逮捕司马休之次子司马文宝等，命其自杀，同时以纵子凶暴为名，发兵西上，征伐司马休之。
过了几日，刘裕兵出建康，司马休之上书陈述刘裕罪状，举兵迎战，此时，王镇恶对诸将领说：“百姓皆知官军已上，朱襄等复是一贼，表里受敌，吾事败矣”。王镇恶乃带兵连夜东下，时值江水迅急，转瞬间就行了数百里。
到达之后，以竹笼盛石，堵塞水道，朱襄军至，王镇恶率军夹岸击之，斩朱襄，杀千余人。
但王镇恶的缺点是贪，打败朱襄后，趁机停军抄掠诸蛮，未有及时返回。
等王镇恶返回江陵的时候，司马休之已被平定，刘裕很生气，没有按时召见王镇恶，但王镇恶却笑着说：“但令我一见公，无忧矣”。不久，刘裕登城唤王镇恶，王镇恶能言善辩，素有口才，便随机应答，刘裕才消怒。