当时晋军中大量配置万钧神弩，所到之处，“莫不摧陷”，因受到当日的风向影响，卢循的水师被迫停靠西岸，其舰船被刘裕预先派出的部队全部焚毁，火势蔓延之下，卢循、徐道覆力竭大败，晋军一直追击至夜间才回师，卢循等也逃回寻阳.
第1005章心悦诚服！
当初分派步军于西岸，诸将都深感不解，直到目睹卢循等在火攻下的溃败，这才心悦诚服。
雷池战后，刘裕召回王仲德担任先锋，留辅国将军孟怀玉守雷池，卢循试图撤退至豫章，于是在左里设栅防守，做出反击姿态，刘裕率军抵达左里，在战斗前，军中的麾竿突然折断，竿上之幡沉入水中，诸将认为这是不祥之兆，心怀忧惧.
但刘裕不以为意，反而欢笑说：“往年的覆舟山之战，幡竿也折断了；现在又出现了这种情况，贼人一定会被打败了。”当即下令攻栅，力战破敌，卢循乘船逃走，其部卒被杀及投水溺死者多至上万。
刘裕招抚降者，宽赦被逼迫跟随卢循的人，派刘藩、孟怀玉领轻兵继续追击，卢循在沿途聚集散溃卒，仍有数千人，一路回到番禺，徐道覆则退往始兴，刘裕凯旋而归。
萧然说的真起劲呢，却突然发现刘邦打了个哈欠。
“？你怎么还打了个哈欠，怎么，听困了？”萧然说道。
刘邦讪笑两声，毕竟人家正说话呢，你突然打了个哈欠，不礼貌。
于是刘邦连忙解释道：“没，这不是这几天事情有点多，所以没睡好么，你继续，你继续。”
萧然撇了撇嘴，“行吧，那我就等我一会再问你吧，而且我先给你打个防御针，等刘裕称帝可还早着呢。”
说完，萧然也没等刘邦再说什么，就直接说道：“刘裕顺利班师回朝，被改授为大将军、扬州牧，赐班剑二十人，但他极力推辞，而且他回朝之后，做的第一件事就是将南征北战中阵亡将士的名单列上，请朝廷为其安葬。”
“如果遗体尚未运回的，派主帅前往收敛，送回本土，甚至等卢循之乱基本平定后，刘裕就再次辞去大将军之职。”
不管刘裕的想法是什么，但就这个做法，谁不说一句好将领，为了他出生入死也甘愿啊。
二月，卢循试图攻取番禺，但被孙处击败，继续南逃，同月，刘、孟怀玉在始兴杀死徐道覆，随后，卢循在龙编被交州刺史杜慧度击败，投水自尽，至此，震动一时的卢循之乱彻底平息。
萧然说道：“当时朝中有个人叫做刘毅，虽然名字很像，和刘裕非常不对付。”
刘邦说道：“所以下一个讨伐的对象，应该就是他这个刘毅了吧？”
萧然点了点头，“没错。”
当时朝廷以刘毅为荆州刺史，此时，刘毅还割据着豫州、江州，其弟刘藩占据兖州，势力范围包括长江中上游的大部分地区，而刘毅不服刘裕，表面拥戴，内心却极度妒恨，刘裕虽每每以宽柔随顺，但刘毅越加骄纵跋扈。
甚至多次阻扰刘裕推行政令和布置人事，并打算扩充自己势力，伺机打垮刘裕，他亦得朝中有名望人士归心交结，故此迁镇荆州时就将大部分豫州府属及江州的军队都带去荆州，到任后又重新调度荆州郡县首长，更以患病为由请堂弟刘藩去做他副手。
刘裕知其有异心，于是假意答允其请求，乘同年九月刘藩自兖州治所广陵入朝时就指称他与谢混图谋不轨，便奏报朝廷，将二人赐死。
随后，刘裕亲自率军讨伐刘毅，他命王弘、王镇恶、蒯恩等率兵进至豫章口，包抄江陵，切断刘毅援兵的进军之路，并在江津烧毁舟船而向前挺进，王镇恶等攻克江陵外城，刘毅固守内城，精锐士卒尚有数千人，两军一直战至太阳西斜。
王镇恶将刘裕招抚城内士兵和百姓的书信送进城内，众军知道刘裕已到，无不失去斗志，天色已暮，刘裕命王镇恶焚烧四周城门，齐力攻打，刘毅部众便纷纷逃散，刘毅从北门出城单骑而逃，自缢身亡。
刘裕随后率军攻克江陵，逐步消灭了刘毅的残余势力，吞并豫、江二州，刘裕到江陵后，鉴于江州、荆州凋敝残破，法令残缺不全，百姓疲惫匮乏，为赋税劳役所困，难以为生。
下令减免税役，并推广到全国，同时对未作军用的州郡县的屯田、池塘、边塞之税，一律免除，对于那些原来因战争需要被征发的奴隶也一律放还。
萧然说道：“刘裕这些政策对当地的百姓来说，哪是什么敌军，这根本就是救苦救难的活菩萨。”
刘毅败亡后，以监太尉留府事驻守建康、多行不法之事的诸葛长民惴惴不安，深恐步刘毅后尘，故而有反叛之意，而刘裕也猜出来了。
所以等刘裕班师返回建康，就以计诱诸葛长民到东府，在二人谈笑之间，命壮士丁从后用杖将其击杀，之后命人诛灭诸葛氏。