“方舟”小组在洛斯阿拉莫斯投下的“能量聚焦假说”这颗石子，确实在“曼哈顿计划”的深潭中激起了不小的涟漪，为他们赢得了宝贵的喘息空间。然而，这种基于误导和拖延的策略，终究无法从根本上解决信任危机。联邦调查局特工卡特并未放弃他的怀疑，反而因为“东风项目”突然展现出的、与核心计划潜在关联的“价值”，而加强了对苏沐清等人非技术层面的调查，试图从他们的生活习惯、过往经历中寻找破绽。
与此同时，外部世界的战争风暴正以前所未有的速度和烈度席卷全球，也深刻地影响着“方舟”小组的命运。
时间悄然滑入1945年。欧洲战场，盟军势如破竹，兵锋直指柏林；太平洋战场，美军历经惨烈的跳岛作战，日益逼近日本本土。战争的结局，在明眼人看来已无悬念。然而，越是接近胜利，利益的重新分配和战后秩序的争夺就越是暗流汹涌。
在“曼哈顿计划”内部，这种氛围尤为明显。随着原子弹研制进入最后冲刺阶段，其无可比拟的战略价值使得参与各方的心态发生了微妙变化。美国军方和情报机构对计划保密性的要求达到了偏执的程度，对所有非核心参与人员，尤其是像“方舟”小组这样的“外来者”，戒备心提升到了最高级别。
格罗夫斯将军承受着来自华盛顿的巨大压力，要求他确保美国对核武器的绝对垄断。他开始重新评估“东风项目”的价值与风险。苏沐清等人带来的技术启发固然重要，但随着原子弹即将成型，其相对价值在下降，而潜在的风险（技术泄露、政治麻烦）却在上升。
一场关于如何处理“东风项目”的内部争论在高层展开。强硬派主张在原子弹试验成功后，立即对“方舟”小组进行“彻底处理”（即秘密清除），以绝后患。较为温和的一派则认为，可以尝试将他们及其掌握的技术“吸收”进美国体系，但必须确保绝对控制和隔离。
这些暗流，通过一些隐晦的迹象传递到了“方舟”小组这里。他们察觉到监视变得更加严密，某些之前承诺的研究资源被以各种理由延迟或取消，与外界本就稀少的联系几乎被完全切断。一种山雨欲来的压抑感笼罩着他们。
“情况不对。”周大勇凭借其多年敌后斗争养成的直觉，在一次秘密碰头时低沉地说道，“鬼子……我是说美国人，看我们的眼神越来越冷。他们可能在准备卸磨杀驴。”
苏沐清等人也有同感。林婉君注意到，基地的网络安保等级再次提升，一些他们之前能够有限访问的数据库也被封锁。赵守诚则发现，美方对他提供的“源铁”工艺改进建议，态度从热情转为敷衍。
“我们必须做最坏的打算。”苏沐清推了推眼镜，镜片后的目光冷静而锐利，“‘幽灵’协议必须升级。所有核心记忆，进行二次加密和分散存储。准备启动‘归途’预案。”
“归途”预案，是陈明远在“方舟”启航前，与他们共同制定的、在遭遇极端情况时，设法返回祖国的应急计划。这是一个希望渺茫、九死一生的选项，但也是他们守护秘密和自身的最后手段。
预案的核心是两部分：第一，尽一切可能，将他们在美国期间吸收的先进知识、技术资料（尤其是关于核物理、材料科学和大型工程管理的）进行整理、浓缩和加密，制作成微缩胶片或特殊编码，设法送回国内。第二，寻找或创造机会，脱离美方控制，踏上九死一生的归国之路。
就在“方舟”小组紧锣密鼓地准备“归途”预案，如同困兽般寻找生机时，国际局势的巨变，为他们提供了一个意想不到的、同时也是极度危险的契机。
1945年7月16日，美国在新墨西哥州的阿拉莫戈多沙漠成功试爆了第一颗原子弹——“三位一体”。
巨大的蘑菇云腾空而起，释放出毁天灭地的能量。这一消息被严格封锁，但身处洛斯阿拉莫斯外围基地的“方舟”小组，还是通过一些异常的震动、加强的安保和研究人员之间难以抑制的兴奋低语，隐约猜到了发生了什么。
原子弹的成功，意味着“曼哈顿计划”达到了顶峰，也意味着“方舟”小组作为“技术启发源”的价值急剧贬值。
紧接着，8月6日和9日，美军先后在广岛和长崎投下原子弹。日本帝国在毁灭的闪光中迅速走向崩溃。8月15日，日本天皇发布终战诏书，宣布无条件投降。
第二次世界大战，以同盟国的彻底胜利而告终。
消息传来，举世欢腾。然而，在“东风项目”的隔离区内，苏沐清等人却感受不到丝毫