与2号首长窑洞夜谈后不久，陈明远便接到了正式的命令。他被任命为中央军委直属“第五特别技术研究室”（对外保密代号“五源”）主任，授八路军中校军衔（考虑到其技术贡献的特殊性）。伊莎贝拉也被安排到研究室下属的资料编译科工作，既能发挥她的语言特长，也方便陈明远照顾。
“五源”研究室的地点，最终选定在距离延安近百公里外、一处人迹罕至的深山峡谷之中。这里原本有一个废弃的古道驿站和几个天然山洞，经过工兵部队的紧急扩建和改造，形成了一个极其隐蔽的科研基地。
转移的过程同样是高度保密的。在一个黎明前的黑暗时刻，陈明远和伊莎贝拉，连同首批抽调来的十几名年轻研究人员（都是从各高校和部队精挑细选出来的思想可靠、专业基础扎实的苗子），乘坐几辆覆盖着篷布的卡车，在少量精锐警卫的护送下，离开了延安，驶向了茫茫群山。
经过大半天颠簸崎岖的山路，车队终于抵达了目的地。映入眼帘的，是夹在两座陡峭黄土山之间的一条狭窄峡谷，谷底有一条已经近乎干涸的溪流。依着山势，可以看到几排新开挖的、洞口经过伪装的窑洞，以及一些利用原有山洞扩建的工作室。周围戒备森严，明哨暗哨林立，进出都需要经过严格检查。
条件比延安还要艰苦许多。窑洞里更加潮湿阴冷，饮用水需要从很远的地方用骡马驮运过来，粮食和物资补给也相当困难。但所有来到这里的人，无论是研究人员还是警卫战士，都毫无怨言，因为他们都知道自己肩负着何等重要的使命。
陈明远作为研究室主任，拥有一个相对独立的、兼作办公室和宿舍的窑洞。伊莎贝拉的孕期已近尾声，为了她的安全，组织上特意安排了一位有经验的妇产科医生和一名勤务员常住基地，随时待命。
安顿下来的第二天，陈明远就在最大的一个山洞工作室里，主持召开了“五源”研究室的第一次全体会议。
昏暗的汽灯下，十几张年轻而充满朝气的面孔围坐在用木板临时拼凑的长桌旁，目光齐刷刷地聚焦在陈明远身上。这些年轻人，有学物理的，有学化学的，有学机械的，甚至还有学地质和生物的，他们对于自己被抽调到这个神秘单位，既感到兴奋，又充满了好奇。
陈明远没有过多寒暄，直接进入了正题。他首先强调了研究室工作的极端重要性和高度保密性，要求所有人必须严守纪律，对研究内容要做到“上不告父母，下不告妻儿”。
然后，他开始了第一次“授课”。他没有直接提及“神骸”、“彼岸花”这些超自然的概念，而是从最基础的、这个时代能够理解的物理学和能量学原理讲起。他深入浅出地阐述了能量的不同形态、转换原理，以及某些特殊物质可能蕴含的超常能量特性。
他利用带来的部分资料和亲手绘制的图表，讲解了“彼岸花”能量回路的基本结构（经过大幅简化和伪装），将其描述为一种“高效但极不稳定的生物化学能转换装置”，并分析了其可能存在的设计缺陷和危险性。
他还展示了灵能结晶的样本（仅有一小块，且能量已近乎消散），引导大家思考这种高纯度能量载体的可能应用和潜在风险。
陈明远的讲解，思路清晰，逻辑严密，许多观点和理论都远远超出了这些年轻研究人员已有的知识范畴，让他们听得如痴如醉，又茅塞顿开。他们第一次意识到，原来在常规的物理化学之外，还存在着如此广阔而神秘的未知领域。
“我们的任务，不是去复制这种危险的技术，”陈明远总结道，“而是要彻底理解它，破解它，然后……走出一条属于我们自己的、安全可控的新路！”
他初步将研究室分成了几个小组：理论分析组，负责深入研究能量回路原理和结晶特性；材料组，负责寻找和制备可能的能量屏蔽和存储材料；应用组，负责基于现有条件，开发一些实用的、与能源和材料相关的技术。
研究工作在极其艰苦的条件下，艰难地起步了。没有先进的仪器设备，他们就土法上马，自己动手制作。计算靠算盘和手摇计算机，实验数据靠人工记录和反复验证。陈明远则凭借着远超时代的知识储备和【分子级模拟】能力的暗中辅助，总能在关键处给予精准的指引，避免大家走太多弯路。
他指导理论组建立更完善的能量模型；帮助材料组分析各种矿石和金属的特性，寻找可能的替代材料；带领应用组成功改进了根据地的电池技术，制造出了容量更大、寿命更长的干电池，并开始尝试设计小型的风力发电机和水利传动装置。