几天前他在多罗碧加游乐园时，无意中撞见黑衣人与走私枪械的公司老板暗中交易，结果被黑衣人偷袭打昏，并灌下了毒药，竟然就变成了小孩！
他醒来后，发现自己躺在林直人怀里，搞不清状况的他哪敢继续浪，便立刻逃回了家。
变小的事情他不敢乱说，父母又不在日本，无奈之下只能求助邻居阿笠博士，一位颇有些老顽童气质的天才发明家，希望他能帮自己制作出恢复身体的解药。
但阿笠博士只是天才，而不是天神，哪可能凭空造出解药。
所以柯南就只能想办法自己找到黑衣人，获取有关那种毒药的资料。
之后小兰找上门，询问失踪的工藤新一下落，这让柯南意识到，如果被黑衣人得知自己没死还变成小孩，恐怕不但自己会被抓回去研究，甚至连小兰、阿笠博士等亲朋好友都会受到牵连，统统灭口
于是柯南便灵机一动，不但改名为江户川柯南，还编造借口寄宿到毛利侦探事务所，既可以借助毛利小五郎的侦探身份与警察保持联系，还能暗中保护小兰，避免出现意外。
寄宿的当天晚上，他便帮毛利小五郎解决了一起绑架案，证明自己虽然身体变小，但仍旧保留了聪明的头脑！
他绝对可以找到那些黑衣人，并恢复原本的身体！
但……
要不要这么快呀？才几天竟然都找上门来了？
柯南几乎差点就拉着小兰夺门而逃，不过很快他就反应过来，忍住了。
因为他注意到，情况似乎有点不对劲。
毛利小五郎竟然与那家伙聊的很开心？
而且那人虽然穿着黑色衣服，但整个人的气质相当温和，脸上还带着笑，规规矩矩地坐在毛利小五郎对面，时不时点头应和两句……
怎么看都象是个刚从大学毕业没多久的青年人。
难道他跟另外两个黑衣人不是一伙儿的？
柯南想着，忽然脸色一变，糟糕！
那天自己服下毒药后身体缩小，这小子有没有看到过程？没看到还好，如果看到了……有没有说出去？！
这两天沉迷于小兰的温柔乡，竟然连这么重要的事都忘掉了！
岂可修！
这时毛利小五郎站起来，为双方介绍道：“这是我女儿小兰，这是借宿在我家的小鬼柯南。这位是我新招收的助手小林，林直人。”
小兰变成豆豆眼，一脸懵道：“助、助手？啊，你好……”自家老爹什么水平、什么收入她太清楚了，怎么会有人想不开跑来当助手？
该不会是付费上班吧？
林直人起身客套了两句，便准备告辞。
毛利小五郎还没聊够，有些遗撼道：“小林，要不要留下来吃个午饭？我女儿小兰的厨艺非常好。”
林直人摇头：“不必了毛利老师，这次冒昧上门打扰就已经很失礼了，下次我再带上礼物来拜访。”
“哈哈，好，好。”
林直人出门下楼，来到自己的车子前，忽然发现身后跟了个小尾巴。
柯南双手插兜，从阴影处走了出来，面容老成道：“你应该认识我吧？在多罗碧加乐园那次……你到底想要做什么？”
林直人一手搭在车门上，看着这个小矮子，忽然前世作为诈骗犯的记忆涌上心头，一股恶趣味难以抑制，忍不住冷笑道：“认识，当然认识，工藤……小弟弟。”
柯南没想到真能听到这一句，脸都吓白了，不过仍旧嘴硬道：“你、你在说什么？什么工藤……我叫柯南！”
林直人嘴角一咧，俯下身，压低声音道：“工藤小弟弟，你也不想……你变小这件事，被人知道吧？”
柯南只觉热血上头，脑海中只剩一个念头：他看到了！他真的看到了！
林直人白森森的牙齿仿佛是吃人的鬼怪，魔鬼般的声音继续道：“想要让我闭嘴，三天之内准备好十个亿！不然……呵呵呵……”
柯南猛地扬起头，悲愤道：“三天十个亿？！你在逗我玩？！”
抢银行也没这么快的！
林直人若无其事点点头，道：“恩，没错，我逗你玩的。”
“你……什么？！”柯南正要拼命，却突然听到这句话，顿时愣了，整个心都跟坐过山车一样，忽高忽低。
“三天十个亿，想必你这个小鬼头就算是抢银行也拿不出来，还是算了吧。不过我好歹也是救了你一命，你记得请我吃顿好的。”
林直人很不要脸的把那天的“抱出草地”升级到“救命之恩”，继续PUA柯南。
柯南此刻心情大起大落，脑子有些不灵光，但警戒性还有，咬牙问道：“你到底想要做什么？”
林直人重重一拍他