准备对其动手
明日香被其影响精神变成了植物人
零号机出手了
再度自爆
满门忠烈
seele见状派出了最后一个使徒
第一使徒亚当的灵魂体
第十七使徒、自由天使——诸熏
seele哄骗诸熏NERV的总部地下是他的身体
实际上亚当的身体早已被seele回归成了胎状，封存在树脂中。
又因为碇源堂的间谍的缘故
从seele中盗走落在了碇源堂的手中——他将其移植在了自己的掌心
自由天使循着使徒追寻第一使徒亚当的本能前来NERV
顺利通过了NERV后，他来到了NERV的最底层
但没有发现自己的身体
只发现了没有灵魂的第二使徒莉莉丝的身体
他意识到了seele在骗他
意识到了seele想要人类补全成神
作为自由的天使
他选择将未来交给人类
在后续赶来的真嗣驾驶的补全后的初号机的袭击下——他自杀了
至此
除却第2、第18使徒全灭
seele立即翻脸
派遣部队想要在NERV跳反之前将其控制起来
但明日香突然苏醒
因为二号机是她母亲制作，在制作的时候混入了部分她母亲的灵魂，所以她驾驶二号机直接启动
打退了袭击的部队
seele见状派遣出十架装配了s2机关，复制品朗基努斯之枪的量产机出动
将二号机分尸击杀
真嗣见状由于愤怒、恐惧等因素开始补全
同时在地下
碇源堂带着莉莉丝的灵魂体——凌波丽。
来到了莉莉丝的身体前
用移植了亚当的手突破了凌波丽的身体——象征亚当和莉莉丝的结合
他本想以此为根据让自己来主导人类补全计划
但之前的凌波丽虽死
却因为其中唯的缘故，即便对于真嗣的记忆消除，好感却得以保留
所以在这最后的关头
她毫不犹豫地拒绝了丈夫
选择了儿子
由于还需要莉莉丝和亚当的合为一体
就意味着逆卡巴拉开始了
初号机直接发动
被插在月球上的朗基努斯之枪也就是卡巴拉生命之树的残躯回归
十架量产机作为分支
卡巴拉生命之树逆转
神诞生了
所有人类失去AT力场，回归莉莉丝的身体，回归LCL之海
但seele还是失败了
因为真嗣驾驶的主导下
人类补全是以他为主导
而非seele的无主导
所有人类消失
仅有真嗣因强大的at力场从LCL之海中脱离
他带着已经完全失去了意识，由于链接着二号机而神经而完全体验了一遍‘被分尸’而无比痛苦失去了意识的明日香回到了岸上。
剧情结束。
剧场版剧情（序破急终）：
剧情版和正片大差不差
不过在人类补全计划上有一点分歧
正文是需要亚当和莉莉丝的结合
而剧场版则是只要任何一台EVA吞噬了使徒的s2机关就会引发第三次冲击
也就是人类补全计划
以下是剧场版序破急终的剧情：
大概分歧点还是在力天使
不同于原著中初号机吃掉了力天使的S2机关之后无事发生
剧场版中初号机吃掉了S2机关后立即完成了补全
引发了第三次冲击
幸存的人们在地球的废墟上重建家园
初号机由于第三次冲击升入太空
在十年后被美里带领的幸存者机关WILLE重新打捞回来
初号机作为WILLE飞船的核心被拿走
真嗣从中脱离
但因为引发第三次冲击的缘故
被所有幸存的人类敌视
就在这时，凌波丽突然袭击了WILLE的飞船，呼唤了他的存在
他本来以为呼唤自己的是自己在力天使口中撕裂出来的那个最初的凌波丽
但实际上那个凌波丽并未被拯救，或者说没有在现实中被拯救
这个凌波丽是被碇源堂重新制作出来的复制体
制作她的关键在于救回真嗣