剧情开始：
从人类的起源开始吧。
地球很早之前出现过陨石碰撞。
碰撞在地球上的两枚陨石分别为白之月和黑之月。
白之月是先到来的那一枚
当然繁衍这个词不对，用分身，分裂，孕育之类的都可以，总之从它的身上出现了后续除却第二，第18使徒以外的所有使徒。
同时伴随着白之月的到来，还带来了死海文书和朗基努斯之枪
死海文书是记载了使徒出现的顺序、信息还有和亚当接触会引发进化这一关键要随
朗基努斯之枪是从白之月、黑之月的由来——卡巴拉生命之树枯萎后留下的树干部分构成
亚当到来后除却分布了使徒之外就被朗基努斯之枪钉在了南极，他孕育的其他使徒则分散进入了地球各处休眠
白之月撞击后不久
黑之月到来了
伴随着黑之月的撞击
第二使徒莉莉丝到达了地球
白之月和黑之月的碎片构成了当今的月亮
而莉莉丝作为吃下了智慧之果的使徒，虽然她也像是亚当一样被朗基努斯之枪贯穿，但她吃下的智慧之果导致她是所有智慧生物的来源
她体内流淌出的LCL液体流入大海，形成了生命形成的第一要素
所以LCL液体也可以称之为‘生命之汤‘
生命之汤中孕育生命，这也是——’第一次接触’
而后生命按照正常的进化
一直到了2007年。
在此之前，人类通过捡到的死海文书得知了使徒、亚当、莉莉丝等事
因为人类本身就是从第二使徒莉莉丝身体内诞生，是未现的第18使徒lilin
而得益于吃下了智慧之果的莉莉丝的缘故，人类天生具备智慧
但由于没有吃下生命之果的缘故，人类个体的at力场（心灵障壁）无法维持人类保持使徒的正常庞大体型
所以人类散落成数以亿技的个体
而在人类的这些个体中
有些人观看了死海文书之后觉得人与人之间无法相互理解，无法沟通的根本原因在于每个人都有自己的at力场，在拒绝对方的加入
所以他们就想了一个计划
想要让人类集体进化
进化到那个没有心灵障壁的程度
进化到没有死亡
人人相互理解的地步
也就是——’人类补全计划‘。
他们成立了一个组织——SEELE
目的在于确保智慧之果和生命之果的接触。
这两者的接触将会让第18使徒lilin融为一体，弥补生命上的缺陷，成为生命、智慧完全的’神‘
于是他们动手了
在2007年
他们前往了南极，解冻了沉睡在那里的第一使徒亚当，并拔出了他胸口的朗基努斯之枪
但伴随着朗基努斯之枪的拔出
亚当暴走了
亚当的暴走直接导致了地球磁场紊乱、天气大变
南极冰盖融化
半数人类全部在天气、自然中死亡了。
这也是——被称之为’第二次接触‘
第二次接触后
因为死海文书上的记载
人类知道了使徒将会逐渐苏醒，并渴求和第一使徒亚当的补全
所以他们采用在南极收集到的第一使徒亚当的身体克隆制作了人形机械兵器——EVA。
其中零号机、二号机及以后机体都是采用亚当的复制体制作。
同时他们捕获了因朗基努斯之枪的拔出而一同解封的第一使徒亚当的灵魂，将其附着在了一个人类男孩的身上。
名为诸熏
不过第一使徒亚当的苏醒也唤醒了沉睡在地球上的其他使徒
为了确保人类补全计划的进行，确保人类不在此之前被使徒毁灭，他们成立了对使徒专门机构——NERV
NERV掌握所有能够和使徒战斗的EVA
NERV的总部设立在当初黑之月和地球碰撞的地方——一个巨大的地下凹陷世界
在那个世界的最深处，沉睡着第二使徒莉莉丝
NERV截断了莉莉丝的下半身，制作了一号机（初号机）
但SEELE自以为是的人类补全计划并非所有人都肯定
主角真嗣的妈妈唯也是其中一员。
她认为人类的未来不应该交给一个组织来决定
但她又无法拒绝SEELE
所以她自愿