信的内容主要有三个方面。
第一个方面和有沐天波有关。
沐天波同意在平定沙定洲之乱吼将被沙定洲洗劫的黔国公府财富用来犒赏有功将士，同时还自愿捐出黔国公府在云南各地所拥有的良田五十万亩，庄园八百六十处，以助朝廷。
信中盛赞沐天波为人忠义，识大体。
但同时，马士英又写了。
经他派人秘密探访，黔国公在云南，至少拥有土地一百八十万亩，约占整个云南可耕土地的一半以上。
而其所拥有庄田更是高达一千八百多处，遍布云南一百二十余个州府。
信中没有明说，但言明这些土地所产之粮足可供养数十万士卒。
朱由哲为此特意让户部查了文档，历代大明皇帝赏赐给黔国公府的土地加起来也就十三万五千亩，其他的如何而来不言自明。
第二方面内容是马士英平定沙定洲的计划。
马士英打算借用土司的力量平定沙定洲，从而尽量保全朝廷派入云南的大军，为此不惜用重金作为赏赐。
另外，马士英希望朝廷派出使者对石屏土司龙在田、姚安州土司高泰翟、丽江土司木懿进行封赏。
信中，马士英言明了自己的理由。
石屏土司龙在田有忠义之心，且主动出兵参与平叛，协助沐天泽稳住滇西局势，对朝廷有大功。
对其褒奖，重赏，彰其忠义，可树立典型，利于朝廷后续平叛及将来之大业。
姚安州土司高泰翟在族内推行汉化，是朝廷将来推动的方向，也是将云南彻底置于朝廷直接统治之下的必要一环。
丽江木懿是一个首鼠两端的小人，对朝廷毫无忠心可言。
但丽江木府是太祖时期便树立的忠义典型，轻易动他，不仅会使其他土司心寒，更损朝廷威仪。
马士英的建议是给其机会。
若在朝廷收复昆明后，木懿主动前来请罪，则对其既往不咎，并重新加以信用。
反之，则请求朝廷削其爵位，罢其官职，给予自己平叛之权。
马士英向朝廷保证，半年之内，必扫其穴，灭其族。
在信中，马士英还特意提到，朝廷短时间内不可能彻底解决云南土司问题。短时间内，可尽量扩大三人势力，对其着重栽培，将土司与朝廷之间的问题转化为土司之间的问题。
第三方面内容则比较杂。
马士英谈了云南各方面的势力，以及自己所面临的诸多困难。按他信中说法，他有平定沙定洲的信心，也有使云南变成大明西南稳定后方的决心。
但按照现有的条件，这些都可能耗费数年，甚至数十年之功。而目前张献忠攻势汹汹，四川前线以及广西的求援信一封接着一封，朝廷想要短期内看到成效，必须给予他全力支持。
在信中，马士英着重提了几个要求。
首先，马士英要云南财政的独立权。
十年之内，云南将不向朝廷交一分一毫的赋税，所得钱粮全部用来招募兵卒，犒赏有功将士，抚恤伤亡将士，以及收买各个土司。
其次，马士英想要云南的官员任免权。
马士英请求朝廷将云南官员的任免权交给他。武将，游击将军以下；文官，知州以下。他可随意任命和罢免。
而游击将军、知州以上，他具有推荐权。
再者，马士英还想要云南铜矿的开采权，茶、盐的专营权，以及与云南邻近国家的贸易权。
最后，马士英请求朝廷准许他对云南境内的二十个卫所，三个御所，十八个守御千户所，以及一百三十三个千户所内的卫所兵卒进行整编，并准许其利用黔国公府所捐献之土地，以及卫所现有土地实行军屯。
这些要求大胆而狂妄，等于要将云南彻底变成他的独立王国。
马士英也明显知道这点，所以他在信中补充。
他别无所想，一心只为朝廷。而信中所说，也只是他的奢望，希望朝廷从中选取一二采用。而这封信，也只呈给陛下。待到皇帝回信之后，他才会根据陛下回信内容以奏疏的形式上报朝廷。
待到看完，朱由哲沉默不语。
朱由检带着虚幻的影子冷声笑道：“这个马士英还真是个弄权的好手啊！知道四川战事紧急，而西南只能指望云南，故意提出这样你不可能答应的条件。如此，即使将来他做不成事，也只能怪你，而他却可以逃避责任。”
朱由哲抬头看向朱由检，“崇祯老哥，你干嘛把人想的那么坏，或许马士英真想做成事呢！”
朱由检冷声道：“昔日，朕也曾相信过袁崇焕五年平辽的大话，但结果呢！”