随后不久，到了三国两晋南北朝时期，华夏大地再度陷入政权分立、南北对峙、战乱频仍的动荡格局，大一统王朝的规整邮驿体系被打破，中国古代邮递配送行业进入乱世重构、南北分治、军政优先、民间存续的特殊发展阶段。相较于秦汉统一、路网畅通的鼎盛格局，这一时期政权更迭频繁、疆域割裂、战火连绵，全国性统一邮路不复存在，但各国、南北政权为稳固统治、调度战事、维系疆域管控，依旧各自修缮驿路、存续邮制，在乱世中保留并细化了邮传体系的核心功能，同时民间市井邮递在动荡夹缝中顽强延续、悄然发展。
三国鼎立时期，魏、蜀、吴三国割据自立、战事常年不休，邮驿体系完全服务于军政作战需求，呈现军事化、区域化、应急化的鲜明特征。曹魏据中原腹地，承袭汉制、快速修复北方官道驿网，依托中原成熟的交通根基，重建郡县邮亭、烽燧传舍，重点保障北方边防军情、朝堂政令、屯田文书的快速传递。据《三国志?魏书》记载，曹魏特设驿马督官，严格管控驿马调配、驿路值守与文书时效，针对前线战事设立专属加急驿传，专门输送军机密信、调兵诏令、粮草调度文书。蜀汉偏居西南，蜀地山川阻隔、行路艰险，为维系北伐战事与巴蜀疆域治理，大力修整剑阁、汉中一线的山间驿道，搭建起巴蜀连通关中的军政递送通道，《三国志?蜀书》中多次记载蜀汉依托山道驿传输送军报、转运军需的史实。东吴盘踞江南水乡，依托长江水系、江南水网，开创水路驿传新模式，以舟船递送替代部分陆路马递，构建适配江南河湖地貌的水驿体系，兼顾沿江边防预警、江东政令通达与江海物资转运，填补了古代南方水乡邮递体系的发展空白。
乱世之中，三国官邮管控极为严苛，全面延续秦汉符节核验、文书加密、泄密追责制度，杜绝奸细窃信、文书外泄、私通敌营的乱象。由于官驿资源全部倾斜于军政用途，普通官吏私人通信、百姓物资寄送依旧无法占用官方驿路，民间递送完全依托商旅、旅人、同乡捎寄的传统模式存续。
短暂统一的西晋王朝，再度整合南北邮驿资源，全面承袭汉魏邮驿规制，尝试重建全国统一的邮传路网与管理制度。据《晋书?职官志》记载，西晋恢复中央统筹、郡县分级管控的邮驿体系，重置驿丞、督邮等专职官职，规整水陆驿路层级，短暂实现了南北政令互通、物资流转。西晋统一时期的邮传，兼顾军政治理与商贸流通，南北商旅往来增多，民间托寄书信、物产的流通频次大幅提升，乱世受阻的民间邮递生态短暂复苏。
及至东晋与南北朝对峙时期，中国形成长期南北割裂、政权对峙的格局，北方十六国纷争迭代、少数民族政权更迭频繁，南方东晋、宋齐梁陈相继立国，南北邮驿体系彻底分化为两套独立运行的系统。北方少数民族政权入主中原后，主动承袭华夏传统邮驿制度，结合游牧民族快速机动的传递优势，改良北方马递体系，依托北方平原开阔地势，打造高速骑兵驿传，适配边防巡查、政权管控的需求；南方政权依托江南密集水网、沿江驿路，持续优化水驿配送体系，形成北重陆驿、南重水驿的地域邮递格局。
这一时期的典籍文献，亦留存大量邮传发展的佐证。《宋书?百官志》《南齐书?州郡志》均记载南方政权修缮沿江驿舍、管控水路递运、规范文书传递的官制内容；北朝《魏书?官氏志》明确北魏设立驿传专职官吏、规整北方驿路、建立边塞烽燧递报体系的制度变革。南北政权虽对峙分立，但各自完善的邮传规制，有效维系了割据政权的疆域治理与军政运转。
在民间市井邮递层面，三国两晋南北朝虽战乱频发、民生动荡，但并未中断民间互通的需求，反而形成了官邮紧缩、民邮自持的发展特征。北方中原、江南富庶区域的市井商贸、士族游学、百姓迁徙从未彻底停滞，南北民间依旧依托行商队伍、漕运船家、游学士人、返乡流民，捎带家书、衣物、乡土特产与小额物资。魏晋士族文人异地为官、游学交友盛行，私人书信往来需求旺盛，大量文人尺牍、家书诗文依托民间渠道流转，成为乱世之中民间邮递存续的真实写照。同时，南北边境民间互市贸易零星存续，边境商旅的物资托寄、口信传递，维系着割裂疆域下微弱的民间互通，为隋唐大一统全民邮驿鼎盛时代的到来，保留了民间流通的基础生态。