此时宫内大局尽掌秦王之手，尉迟恭身披重甲、手持长矛立于御前，周身煞气凛然，看似请示圣裁，实则是以武力姿态震慑帝王、逼迫朝局。他当庭恳请李渊速降亲笔敕令，明令内外诸军尽数罢兵、全部接受秦王节制调遣。
局势至此，李渊已然全无掌控之力，深宫宿卫尽数被秦王势力钳制，自身安危全系秦王一念之间。万般无奈之下，只能悉数依从尉迟恭所请，提笔亲书敕令，宣告朝野内外，所有军兵、将吏一概听从秦王处置。
敕书拟定之后，天策府司马宇文士及即刻自东上阁门出宫，高声宣读高祖停战敕令。皇城外各方交战将士听闻圣诏已定、二王罪坐、秦王主政，持续整日的惨烈厮杀方才彻底停歇，各方兵马纷纷弃戈卸甲、停止对抗，长安城内的兵祸动乱瞬间平息。
为彻底瓦解东宫残余势力、安定京畿人心，李渊再下旨意，命黄门侍郎裴寂亲赴东宫，当面开导安抚李建成麾下残余将士，宣明朝廷政令、赦免胁从罪责、晓谕大势归流。东宫将士本是为主尽忠，如今主死势败、圣诏赦免，再无抗争意义，众人纷纷解印弃职、四散而去，东宫武装力量彻底土崩瓦解。
外朝局势既定，李渊即刻传召李世民入宫相见。历经一场骨肉喋血、朝堂剧变，李渊心力交瘁、满目怆然，望着眼前功成权定、掌控天下的次子，满含愧疚与唏嘘地抚慰道：“近日以来，父皇屡屡听信流言、受人蛊惑，对你心生猜忌、多有苛责，险些酿成大错，可谓投杼之惑，险些错害我儿！”
李世民闻言，当即跪伏在地，俯身埋首于李渊怀中，放声恸哭、久久不止。哭声悲切，一半是真情动容、感念父子天性，一半亦是刻意姿态、陈情自白。他反复哭诉申辩，言自身绝非蓄意骨肉相残、觊觎储位，实是李建成、李元吉包藏祸心、屡施毒计，不仅屡次构陷谋害，更悍然率兵围攻玄武门、意图弑君作乱，自己万般无奈、绝地求生，方才起兵靖乱、诛杀凶逆，实属逼不得已、自保安邦。
李渊身居深宫，并不知晓玄武门伏兵对决、两军死战的具体细节，心中唯有骤然痛失两子的无尽悲凉。他心知大势已去，大唐权柄已然彻底落入李世民之手，自己不过是徒有虚名的太上皇。黯然良久，只能疲惫地轻叹：“事已至此，多说无益。你便妥善料理你两位兄长的后事吧。朕已然年迈力衰，往后大唐万里江山、天下苍生社稷，便尽数托付于你了。你切记修身律己、勤政爱民，切莫重蹈隋炀帝荒暴亡国、暴虐失国的覆辙！”
父子温情落幕，铁血清算接踵而至。
为杜绝后患、根除东宫齐王府复辟隐患，李世民对二王直系子嗣绝不姑息、斩草除根。
太子李建成一脉：安陆王李承道、河东王李承德、武安王李承训、汝南王李承明、钜鹿王李承义，五位皇子尽数坐罪伏诛，悉数从皇室宗谱中除名，断绝东宫嫡系血脉。
齐王李元吉一脉：梁郡王李承业、渔阳王李承鸾、普安王李承奖、江夏王李承裕、义阳王李承度，五子全部诛杀、削除宗籍，齐王府嫡系子嗣彻底绝灭。
十名皇孙同日殒命，雷霆酷法，无情根除所有潜在的复辟隐患，彻底终结了储位争斗的血脉根源。
屠戮嫡系之后，秦王府一众将领因连日血战、积怨已久，纷纷力谏，恳请将李建成、李元吉麾下百余名亲信幕僚、心腹臣僚尽数诛杀，抄没全部家产，彻底肃清余党、斩尽杀绝。
满府武将皆欲除恶务尽、杀伐立威，唯独李世勣于心不忍、深谋远虑，挺身而出极力劝阻。他向李世民恳切进言：“昔日祸乱、储位之争，罪源全系建成、元吉两大元凶，如今首恶已然伏诛、身死名裂，罪责已然有归。
若是株连过广、大肆清算、穷究党羽，势必朝野震恐、人心惶惶，牵连无数文武人才、忠臣义士。大王日后君临天下、治理四海，需得包容万象、收拢人心、广纳贤才，岂能一味杀戮立威、自毁栋梁？宽赦胁从、安定人心，方是长治久安、治国安邦的正道！”
李世勣一番金玉良言，瞬间点醒被杀伐局势裹挟的李世民。他幡然醒悟，即刻下令制止诸将追杀清算，终止株连屠戮，一改铁血酷法，改行宽宥安抚之策。
当日，李渊顺应秦王意志，正式颁布大赦天下诏书，明文定案：玄武门之变罪责，唯归李建成、李元吉二人，定为谋逆首恶；其余所有东宫、齐王府党羽幕僚、将吏亲信，一律赦免罪责、既往不咎。天下僧尼、道士、女冠，依旧依照旧有诏令规制行事，不予追责扰动。朝堂内外大小一切军政事务，尽数交由秦王李世民全权裁决处置。
宽赦诏令下达后，昔日誓死为太子齐王报仇的忠义将领纷纷归朝请罪。
武德九年六月初五，冯立、谢叔方率先主动出首、负罪请降，坦然领罪、毫无逃避。此前兵败逃亡