然而阿尔敏在佯攻过程中承受了大量高热蒸汽烧灼，全身高度烧伤而生命垂危；另一边的埃尔文团长亲率兵团做诱饵亦被野兽巨人打成重伤濒死。而利维士兵长身上的最后一管巨人化针剂则是决定谁可以活命的关键。失去理智艾伦拼尽全力请求利维救阿尔敏。利维经过一番内心挣扎后决定让埃尔文从这个世界解脱，给阿尔敏注射了针剂。
巨人化的阿尔敏吞食了贝尔托特变回人类并取得了超大型巨人之力。另一边被利维打败的野兽巨人的本体，吉克和莱纳一同被友方的巨人救走，临走前吉克特地与艾伦见面并告诉艾伦“我们都被你爸爸洗脑了”。虽然成功夺回了玛利亚之墙，但经此一役，调查兵团仅九人生还。
艾伦和兵团终于得以进入格里沙留下的地下室，得知了记载在里面的格里沙的过去和世界的真相。回归的艾伦，三笠和阿尔敏因违反军纪而被关了禁闭。禁闭期间艾伦唤醒了更多父亲的记忆，得知了诸多更加残酷的过去。并在授勋仪式上和希斯特利亚的接触时看到了未来的部分记忆，知晓了自己在未来开启了“天与地之战”发动地鸣屠杀了世上八成的生命，最终会被同伴们所阻止。
又一年后，墙内墙外的巨人终于被消灭殆尽。艾伦等人得以来到梦寐以求的海边，然而他们已经得知，战斗远未结束，海的对面尽是敌人，艾伦疑惑如果将敌人全部杀光是否就能得到自由。
在艾伦等人抵达海边后不久，马莱向帕拉迪岛派出了第一支调查舰队，被艾伦，阿尔敏两体巨人轻易击败。马莱海军中的以一名女军人叶莲娜为首
叶莲娜等人向岛内领导层提出吉克的合作意向时，艾伦确认，并向领导坦白了过去隐瞒的部分讯息：没有王族血统的他若能与王族血统的持有者变成的巨人发生接触，就能运用体内始祖巨人的力量，唤醒三道城墙墙体内部沉眠的大量超大型巨人作为武力，是为“地鸣”，有足以踏平世界的威力。这是科技落后世界数十至上百年的帕拉迪岛面对世界敌意的王牌。
然而，艾伦先前因不希望希斯特莉亚被迫成为巨人而隐瞒了这一消息。叶莲娜及其率领的“义勇军”为帕拉迪岛带来了外界先进技术，还协助帕拉迪岛建立起了火车，港口等与外界交流所需的现代化设施。港口建成后接待的第一位外宾则是来自过去与艾尔迪亚帝国世代交。清美提出可以帮助帕拉迪岛面对外部世界，而所求的也是帕拉迪岛上的冰爆石资源的开发资格，同时也在寻找着过去日出国将军血脉在岛上的传承者——三笠。
再三年之后，艾伦同调查兵团众人一道，在叶莲娜等人掩护和清美的资助下得以隐瞒身份渡海造访了马莱大陆。艾伦遇到了在即将被他救过一次但也会被他发动的地鸣所杀死的男孩拉姆吉，想要反抗未来记忆不去救他，但依然不由自主的救了他，从而明白自己看到的未来注定无法改变，半生追逐自由的艾伦陡然发现一切从最初就已经注定，自己生来就是自己一直最讨厌的不自由的家畜而崩溃痛哭。
兵团众人眼界大开的同时，一个残酷的现实也摆在了他们眼前：哪怕是愿意为保护岛外尤米尔子民的人权发声的人士,也将帕拉迪岛人指为除之后快的恶魔。世人对帕拉迪岛的仇恨已然无可消弭。
确定未来已然注定的艾伦独自离开了众人。
和调查兵团分离后，艾伦取 “克鲁格”为假名，扮作一个失去了记忆和一条小腿的艾尔迪亚伤兵潜入了马莱的雷贝里欧艾尔迪亚人收容区。。在此期间，他也巧遇了一位老医生-正是格里沙的父亲，也就是自己的亲祖父，仍以“克鲁格”的假名和他座谈，但最终祖孙并未相认。
之后，兄弟二人见面时，艾伦假意接受了吉克的“艾尔迪亚人安乐死计划”。在马莱国实际统治者，“战锤巨人”
长期被愧疚和压力折磨的莱纳跪倒在艾伦面前忏悔，请求艾伦杀掉他。艾。于是艾伦变身巨人，大闹演讲会场，杀死了威利及在场众多政要和平民。
此时戴巴家族真正的巨人之力持有者——威利之妹变身“战锤巨人”与艾伦交战。预先潜入的调查兵团，马莱方的野兽。阿尔敏在马莱港口变身超大型巨人的爆炸摧毁了马莱舰队，断了收容区内马莱军的后援。
激战后艾伦找出了战锤巨人的本体，但其被保护在和阿妮相同的高硬度水晶中无法吞噬。战斗中艾伦发现颚之巨人的牙和爪能够破坏水晶，在三笠的配合下用颚之巨人之牙作夹子咬碎了水晶，得以吞噬战锤巨人。另一边野兽，车力巨人也在兵团的围攻下败下阵来。
正在艾伦试图将颚之巨人一同吞噬时，原先丧失斗志的莱纳以未覆盖铠甲的不完全巨人化姿态现身，虽被艾伦一拳打倒但同时抢回了颚之巨人。此时艾伦也耗尽了力气，和三笠一同登上飞艇撤回帕拉