大蛇丸一度走近被打到城楼面上的第三代，称对其表示失望，第三代亦一度因为想起童年的大蛇丸而流泪起来。但不久日斩重拾战意，以敏捷的身手攻击大蛇丸，猿魔亦从如意棒中把手伸出、企图勒死大蛇丸。大蛇丸及时化为泥泞躲避猿魔的攻击，并向日斩展示自己脸皮底下的第二真面目--就是利用“不死转生”、而成功侵占肉体的年轻女忍者面孔。
大蛇丸表示这只是他第二次转生的容器，而下一个目标就是拥有写轮眼的宇智波佐助。 日斩引爆初代及第二代身上的引爆符，以顺利阻止两者的攻击，然而他们“秽土转生”的肉体可立即修补过来。
修复身躯后的两名火影，即对爱徒继续攻击。初代使用木遁术欲再抓击日斩，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。
日斩对大蛇丸痛斥道：“你沉溺于忍术，为忍术而自傲，这样的惩罚才最适合你，我要夺走你所有的术。”
决意使用禁术尸鬼封尽 因为日斩深信木叶“火之意志”一定会继承下去，所以在倒下时仍带着微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接着便一睡不起。
他的通灵兽猿魔因为失去召唤者亦瞬间消失了，大蛇丸也因失去战斗力、在音忍四人众保护下撤退。 当一众木叶忍者赶到时，他被发现躺在城楼上，带着安详的模样离世。
后来他的葬礼由自童年时一起的队友水户门炎及转寝小春所主持，而全村均进入一片哀悼中下忍们亦纷纷回想起曾跟第三代一起的有趣经历，但想想 更觉得悲伤，惟有在他陵前献上一朵鲜花，以代表对死者最后的祝福。
微笑离世 第四次忍界大战 在第四次忍界大战中，大蛇丸获取漩涡一族收纳堂的死神面具，切开腹部释放了被死神吞掉的灵魂，恢复了双手，利用佐助体内的四个白绝分身作为活体祭品，以秽土转生的形式复活了历代火影，期间日斩向佐助讲述了他所知道的有关宇智波鼬、宇智波一族和木叶村的一切，在讲述完一切之后，佐助决定守护木叶，于是日斩与其他三位火影一同赶赴前线战斗。
秽土转生 日斩奔赴战场后，与其他三位火影联合发动四赤阳阵封住十尾；而此时的十尾释放出一颗尾兽玉，企图破坏结界，三代火影已提高警惕做好准备，成功防御了十尾的尾兽玉攻击，使十尾自食苦果。 奔赴战场 随后日斩自豪的笑了，看到鸣人佐助小樱三人，让日斩想起了自己的弟子大蛇丸、自来也、纲手，因此，日斩宣称，新时代来临了，让鸣人佐助小樱尽管冲。
支援联合军 此时带土使用六道十尾柩印将十尾吸收在自己的体内，形成球体状，紧接着球体破碎。带土成功变成十尾人柱力，打破了柱间的明神门，利用背后红色的火焰形成的手扯碎了四赤阳阵。 大战十尾人柱力 随后日斩观赏了第二代火影大人发明的互乘起爆符，因为日斩清楚二代火影大人这招的威力，所以告诫水门快跑。
脱离战圈 为了分析带土的出招和能力，日斩使用大型手里剑影分身独自一人对抗十尾人柱力模式的宇智波带土，不幸被带土使用阴阳遁球体击碎上半身，后自行恢复。 巨型手里剑 巨型手里剑影分身 此时的带土已经发动无限月读，神树的根茎疯狂地生长乱窜，所到之处忍者联军的查克拉都被吸走，在千钧一发之际，日斩使用如意金箍棒打断神树分裂体的树根，救出险些被十尾吸尽查克拉的鸣人。
救出鸣人 随后日斩通过第二代火影的飞雷神术来到忍者联军的战场。 回到战场 日斩与大蛇丸联手对抗神树分裂体，师徒二人先利用大蛇丸潜影蛇手缠绕住神树分裂体，之后日斩使用金箍棒将神树打断。经过众人不懈的努力，十尾人柱力带土终于被击败了。
对抗神树 之后，日斩与忍者联军联手对抗使用木人之术的阿飞，在紧要关头，日斩使用五遁大连弹术抵消了阿飞的攻击，保护了忍者联军。 五遁大连弹术 在宇智波斑发动无限月读后，由于是秽土转生之躯的猿飞日斩和其他三位火影并没有受到影响。
日斩原本打算用手扯断包裹着中了无限月读人们的树藤，然而却没有一个人醒来，而且很快又有新的树藤缠了上来。
无限月读 随后日斩察觉到鸣人他们战斗的地方有异样决定与其他三位火影一同前往查看。 查看异样 为弄清斑的死因，第二代火影打算利用斑的下半身使用秽土转生，以此逼问斑当前的战况，但因活祭品的问题而被初代火影否定，随后四位火影尝试别的办法，当初代火影触摸到失败的斑的下半身时，六道仙人留下的查克拉出现，四位火影见到了六道仙人。
在大筒木辉夜被封印后，与六道仙人以及其他16位已逝去的五影们共同使出通灵之术，将第七班、九只尾兽以及濒死状态的宇智波斑从始球空间转移回忍者世界