护国军讨袁一役，完全可以证明胜利不是仅凭借兵力、财力和武器，只要正义在我，师直为壮，就会获得最后胜利。蔡锷的军队，食无隔宿之粮，衣不蔽体，唯赖蔡四处驰电告贷，向地方人民高息借贷，过一天算一天，这种战争照现代眼光来看根本就不能打，可是蔡等护国元勋却打得非常出色。
当袁军大举入川后，两军对峙，战线长达200里，护国军预备队可以调用的兵力有限，又不敷分配，蔡面对这种恶劣形势，只好退出泸州，在纳溪与袁军隔江相对。袁军熊祥生旅首先回到泸州，2月21日袁破格封熊为二等男爵以资鼓励。从2月下旬到3月初旬，护国军和袁军进行了29天的激烈战斗，袁军张敬尧的九千兵被护国军打得只剩了五千兵，吓得袁军躲在战壕里不敢出击。护国军因为饷械兵力都极有限，也不敢过分消耗，因此只能“多张疑兵，以分敌势。俟有隙可乘，然后分头击破之”（蔡给唐的电报所叙）。
护国军退出泸州后，军火更形缺乏，全军只剩下200发炮弹，蔡急电唐继尧，请速接济3000颗炮弹，每支枪加发300颗子弹，以应前线急需。可是云南方面无力接济。不久袁军的补充部队第八师王汝贤一旅开到，形势更见危急，蔡给唐的电报说：“敌能更番休息，我则夜以继日，敌能源源增加，我则后顾难继。”
3月7日，川军刘存厚首先不支溃退，护国军全线都受到影响，而蔡仍咬紧牙关主张坚守阵地，但是罗佩金、刘存厚等都认为兵士疲困，弹尽粮绝，无法坚守，终于只好挥泪退出纳溪。
袁军冯玉祥旅首先攻入纳溪。冯玉祥是个彻底的投机分子，他本想把他的部队撤到陕西去，可是还没有行动，恰遇熊祥生旅夺到了泸州，被封为二等男爵，他想乘机拣便宜，以遂升官发财之梦，于是他把他这旅由内江开到前线，正赶上护国军退出纳溪，他就乘机攻入。
3月7日袁又破格封冯玉祥为三等男爵，策令中称赞冯是：“忠勇奋发，极堪嘉奖。”同日，张敬尧得授勋三位加陆军上将衔，旅长熊祥生、吴佩孚、吴新田都晋级陆军中将，熊祥生部团长刘湘也得到勋五位和陆军少将。
这个时期可算是护国军最黯淡的一个时期，与袁军攻占纳溪的同时，护国军右翼军退出了綦江，广西方面龙觐光军攻占剥隘，湖南方面袁军周文炳师于3月13日攻占麻阳。
袁这时收到的尽是捷报，最使他兴奋的，是川军统领杨起元从宁远来电称：2月13日他率部偷渡金沙江，夜袭摩鱼鲊，已由江驿过江进抵芝麻口。袁发表命令盛赞他：“出奇制胜，深入滇境，占领要隘，骁勇绝伦。”授他勋五位。
这是洪宪称帝后，袁最得意时期，也可说是袁回光返照时期。
袁军捷报频传，袁皇帝的情绪为之一振，为了鼓励前方士气，袁政府采办了大批咸牛肉、咸猪肉、罐头食品、绍兴酒、彩缎、贡绸、金银用具、时钟、衣帽、刀剑、古玩字画、碑帖、相片、瓷器等运往前线，分别慰劳将士，对立功将领给以一等至五等荣光宝星勋章，得到勋章的人每年可以领到年俸3000元、2000元、1000元、500元、250元不等。同时发行洪宪元年六厘内国公债以充战费。
护国军退出纳溪后，袁军并没有勇气进行追击，因此护国军只经过了十天的整顿，又于3月17日开始反攻。只在几天以内，护国军便势如破竹地收复了江安、南川、纳溪、彭水、綦江等县。张敬尧抱头鼠窜地逃回泸州，张是袁称帝时代的死党，替袁最卖力气，而蹂躏人民最凶恶的正是他的第七师。蔡锷曾写信谴责张敬尧说：“帝制未成，先屠百姓，何以为国？足下媚兹一人，已属罪不容死，况复虐我同胞，人将不食尔肉！”
蔡锷还有公开通电，描绘袁军的种种暴行：
电一：（上略）逆军数千据油罗坪，经我军连日痛击，渐次溃散，余均伏匿不出。七号夜半，突有油罗坪多数百姓，纷纷渡河，团首保正亦在其中，据其口述：北军占油罗坪后