直隶：谷钟秀
奉天：吴景濂
河南：李 搫 陈景南 丁廷謇 张启与 李载赓
山东：史泽咸 于洪起 陈命官 彭占元 刘星楠
山西：李 素 刘懋赏
陕西：赵世钰
湖南：彭允彝 刘 彦 欧阳振声 覃 振
湖北：田 桐 刘道仁 胡秉柯 欧阳启勋
安徽：胡绍斌 常恒芳 凌 毅
江苏：杨廷栋 陈陶怡 凌文渊
江西：文 群 汤 漪 王有兰
浙江：王正廷 殷汝骊 黄 群
福建：林 森 潘祖彝
广东：钱树芬 金 章 赵士北
广西：邓家彦 曾 彦 刘 崛
四川：黄树中 李肇甫 熊成章
云南：张耀曾 席聘臣 段宇清
贵州：文崇高 平 刚
议长：林森；副议长：王正廷。审议长：李肇甫。外交审查长暂未举，审查员刘彦、钱树芬、刘星楠、吴景濂。请愿审查长暂未举，审查员李搫、刘懋赏、邓家彦、曾彦、刘崛。法律审查长王正廷，审查员王有兰、彭允彝、谷钟秀、赵士北、平刚、汤漪、熊成章、张耀曾。财政审查长潘祖彝，审查员李肇甫、欧阳振声、文群、殷汝骊、席聘臣、黄树中。再参议院法已由本院议决咨送，其第四章 第二十六条载任委员分设法制、财政、庶政、请愿、惩罚五部。各担任审查本部事件云云。此次所开尚系院法未经议决以前暂时规定，应俟本院移至北京后再行查照院法分部另举，合并声明。元年四月初六日等语。仪。虞。印。
袁不肯把陆军总长一职给黄兴，可是却又不能不予黄兴有一安顿，因为当时黄兴的声望，仅次于孙中山。袁遂于3月30日发布命令：“任命黄兴为参谋总长。此令。”当时的参谋总长既无人事权，又无指挥权，纯粹一个幕僚长，因此黄坚决请辞。其辞职电云：“袁大总统命以兴继任参谋总长，已复电力辞。至两江一带军队，维持整理，刻不容缓，兴纵怀归隐之志，断不敢置经手未完事宜于不顾，以负我军界同胞。已商请唐总理妥定办法，务使南方各军队，布置得宜，各安其所。俟布置大定，始行告退，以遂初志。”南方民军麇集，如果不妥为安插，确实很难善后，黄兴统筹负责，是最理想的人选。不过这个工作吃力不讨好，黄兴薄参谋总长而选择一个吃力不讨好的工作，这也可见革命党人勇于任事，不求名利的伟大襟怀。
袁世凯于3月31日任命黄兴为南京留守，仍总辖南方各军。留守府成立后，其组织和人事情况如下：
总参谋长：李书城；秘书长：陈凤光；军务处长：张孝准；参谋处长：欧觐文；政务处长：马良；副官处长：徐少秋；总务处长：何成浚；军械处长：曾昭文；军需处长：徐桂亭。
留守府统辖的各单位及其主管是：
军官学校校长：金永炎；入伍生总队长：沈靖；四路要塞司令官：官成鲲；宪兵司令：茅迺封；军需学校校长：刘文藻；测量局局长：章焕祺；金陵机器局局长：宾步程；巡警总监：吴忠信；南京府知府：方潜。
4月14日袁世凯颁布《南京留守条例》，留守府直隶大总统，有维持南方各军和南京方面的责任。成立留守府的主要目的，在于整编和裁撤南方各军，同时又须顾及和保全革命实力。当时南京驻军的番号，共有7个军，26个师、51个旅，号称30万人，但编制不一，名号各异，情形非常复杂。一个师的兵力有1000人的，有几百人的，师长们均自认对革命有功，日日奔走留守府，索饷索械，甚至使用手段勾引他师营连长来归，下级干部遂致朝秦暮楚，以士兵为个人资本。
黄兴在留守任内编组了一支模范军“第八师”，欲以这支部队为革命基干。第八师由赵恒惕所部和广西巡防军合并改组而成，本拟派赵恒惕为师长，因为需要敷衍北方，所以改派冯国璋的女婿陈之骥为第八师师长。
参谋总长一职黄兴既坚决不就，袁又欲以之予南京卫戍司令徐绍桢。徐是个好好先生，也表示不就。袁乃请副总统黎元洪兼任，黎虽答应，却不肯离开武昌，于是黎便在武昌遥领副总统和参谋总长。陈宧则以参谋次长职代行参谋总长职务。
5月1日，参议院改选议长，选吴景濂为正议长，汤化龙为副议长。2日，唐绍仪总理率领内阁各部总长列席参议院，报告自己的政见。
唐绍仪以阁揆身份首先致词，他说：内阁将遵照袁大总统的施政原则——建议从稳健入手，措置以实事为归。今后施政将分别缓急先后，第一是军民分治；第二是裁兵，简练精兵；第三清朝与各国所签订的条约，均将切实遵守；第四改良法律，建立独立的司法制度；第五普及教育；第六统一币制，整顿金融；第七振兴实业，发展交通。
海军总长刘冠雄第二个致词，他认为海军急务有四，均