现有人捕风捉影，凭空造谣，从古以来的陷害，没有比这更残酷的。我并不是爱惜自己的生命，只是受不了其中的冤枉。我扪心自问并无什么对不起皇上的事，但是抱着一肚子的冤屈无处申诉。所以带病投奔皇上，请您裁判。我希望皇上鉴定是非曲直，那么即使我死了，也如同活着一样。我现在整天担心害怕，以致老病发作，神情恍恍惚惚，不知怎样陈说。”
皇帝刘义隆看了谢灵运的表文，知道谢灵运是被冤枉的，所以没有判他有罪，只是不想让他回会稽，于是让他做了临川内史，且增加俸禄到两千石。谢灵运赴任后仍然如故，和在永嘉太守任上时没有两样，所以再次被有关人员弹劾。司徒派临川王的从事郑望生逮捕谢灵运，谢灵运反而抓住郑望生，起兵叛逃，从而有了叛逆的念头。
因此有司所纠劾，遣派使人逮捕治罪，偏他抗衡不服，竟而将来使执住，且作诗道：“韩亡子房奋，秦帝鲁连耻，本自江海人，忠义感君子。”
这诗一传，有司越加借口，称为逆迹昭着，兴兵捕住谢灵运，请旨正法。
还是宋主刘义隆特别垂怜，连刘义康面奏诸词，都未听从，才得免死流粤。也是谢灵运命运该绝，又有人奏了一本，说他私买兵器，纠结健儿，欲就三江口起事。
那时宋主刘义隆只好割爱，饬令在广州弃市。
谢灵运临刑前将胡子捐给了广州只洹寺，用于装饰维摩诘佛像，因笃信佛教且希望胡子与自己的诗文能够同传后世。僧人为此妥善保存。
谢灵运临死时写诗说：“龚胜无余生，李业有终尽。稽公理既迫，霍生命亦殒。凄凄凌霜叶，惘惘冲风菌。邂逅竟几何，修短非所悯。送心自觉前，斯痛久已忍。恨我君子志，不获岩上泯。”他诗中称述的龚胜、李业，好比前诗中说的子房、鲁连。
谢灵运被杀，时年四十九岁。
谢灵运是个文人，怎能造反？无非是文辞狂放，触怒当道，徒落得身首异处，贻恨千秋呢！实是一种文字狱。
未几又由刘湛主谋，要把那宋室长城，凭空毁坏。真个是谗人罔极，妨功害能，说将起来，可痛！可恨！
当时宋室良将，首推檀道济，自历城全师退归，进位司空，仍然还镇寻阳。即江州。左右心腹，并经百战，有子数人，如给事黄门侍郎檀植，司徒从事中郎檀粲，太子舍人檀隰，征北主簿檀承伯，秘书郎檀遵等，又皆秉受家传，才具卓荦。
功高未免震主，气盛益足陵人，朝廷已时加疑忌，留意豫防。会宋主刘义隆寝疾，历久不愈，刘湛密语刘义康说道：“宫车倘有不测，余无足忧，最可虑的是檀道济。”
刘义康说道：“君言甚是，应如何预先处置？”
刘湛答道：“莫如召他入朝，但托言索虏入寇，要他来都面议，如欲乘此除患，便容易下手了。”
刘义康点首称善，入宫对宋主刘义隆建议，请召檀道济入朝。宋主刘义隆神疲意懒，无暇问明底细，但是模糊答应了一声，刘义康遂飞诏驰召。
檀道济接到诏敕，即而整装起行，妻子向氏语檀道济道：“震世功名，必遭人忌，今无故相召，恐不免及祸哩！”这个妇人真是聪明，颇有见识，但奉召不入，亦属非是。
檀道济不听劝告，道：“诏敕中说有边患，我率师抵御外寇，镇守边境，不得不赴，谅来亦无甚妨碍，卿可放心！”言为心声，可见道济存心不二。随即启程入都。
檀道济及至建康，与刘义康等人会晤面谈，刘义康谓索虏已退，只是主疾可忧。
檀道济遂入宫问疾，见宋主刘义隆却是狼狈，略略慰问，便即趋出。嗣是宋主之病势，牵缠不退，檀道济只好在都问安，计自元嘉十二年冬季入都，直至次年春暮，始见宋主刘义隆少瘥，于是辞行还镇。方才下船，忽然有中使驰至，谓圣躬又复不安，仍然命他返回宫阙商议国事。
檀道济闻言，不敢不依，还入都城，甫至阙下，忽然由刘义康出来，指示禁军，拿下檀道济，且令他跪听宣敕
檀道济阶缘时幸，荷恩在昔，宠灵优渥，莫与为比，曾不感佩殊遇，思答万分，乃空怀疑贰，履霜日久。元嘉以来，猜阻滋结，不义不昵之心，附下罔上之事，固已暴之民听，彰于远迩。谢灵运志凶辞丑，不臣显着，纳受邪说，每相容隐，又潜散金货，招诱剽猾逋逃，必至实繁弥广，日夜伺隙，希冀非望。镇军将军王仲德，往年入朝，屡陈此迹，朕以其位居台铉，预班河岳，弥缝容养，庶或能革。而乃长恶不悛，凶慝遂遘，因朕寝疾，规肆祸心。前南蛮行参军庞延祖，具悉奸状，密以启闻。夫君亲无将，刑兹罔赦，况罪衅深重，若斯之甚，便可收付廷尉，肃正刑书，事止元恶，余无所向。