然后，他笔锋一转，开始以一种“打破砂锅问到底”的考据精神，提出了一系列引人深思的“疑问”和“反思”：
“我们以往看待嘉靖皇帝长达数十年的‘炼丹’行为，往往简单粗暴地将其归结为‘封建帝王晚年追求长生不老的愚昧执念’，或者是‘受到身边奸佞方士蛊惑而做出的荒唐之举’。但是，如果我们结合之前在‘皖南秘档’中惊鸿一瞥的、关于朝廷内部可能存在一个专门研究和运用‘非凡力量’的秘密体系的线索，再将我们对‘丹药’的概念，从单纯的、在现代医学看来毫无科学依据的‘延年益寿之物’，拓展到更接近于古代传说中那些隐世‘修士’们用以提升自身修为、洗髓伐骨、突破生命极限的‘灵丹妙药’呢？那么，嘉靖皇帝那长达数十年的、近乎偏执的、不惜耗费国家巨额财力物力的‘炼丹’追求，其背后是否还隐藏着更深层次的、不为人知的、甚至可以说是‘与国同修’的宏大动机？”
“史书中记载，嘉靖皇帝虽然长期深居西苑，不临朝听政，但他对朝堂大权的掌控，却并未因此而旁落。他通过司礼监和内阁，依然能够有效地遥控和驾驭整个帝国的官僚体系。而且，他晚年虽然身体状态时好时坏，但其精神状态却在某些时候表现得异常亢奋，甚至做出一些在常人看来难以理解的、充满神秘色彩的决策。这究竟是那些所谓的‘仙丹’中所含的某些‘虎狼之药’（如铅、汞等重金属）对身体造成的副作用，还是他在追求某种‘超凡力量’、试图突破凡人极限的过程中，所必须付出的代价，或者说，是某种高深‘修炼法门’在冲击瓶颈时所产生的‘走火入魔’的危险体现？”
“更值得我们深思的是，在嘉靖皇帝‘潜心修道’的数十年间，虽然大明王朝的内部矛盾日益加剧，边患也时有发生，但国祚却并未立刻走向崩溃，反而出现了一些被后世史家称为‘嘉靖中兴’的相对稳定和发展的时期。这是否意味着，在那些看似荒唐的‘炼丹修道’的表象之下，嘉靖皇帝实际上通过某种不为人知的方式，依旧牢牢掌控着帝国的内核权力，甚至……从那些被他视为至宝的‘丹药’或他所修习的‘秘法’之中，获得了某种超越凡人的‘力量’，乃至足以震慑宵小、稳定朝局的‘力量’？”
李云鹏并没有在文章中直接给出任何肯定的、板上钉钉的答案，但他通过对史料的“选择性呈现”、“细节放大”和一系列极具煽动性和引导性的提问，巧妙地将嘉靖皇帝那看似荒唐的“炼丹”行为，与“修真”、“灵丹”、“提升修为”、“掌控力量”这些充满诱惑力的概念紧密地联系了起来。他在读者的心中，成功地埋下了一颗“嘉靖皇帝可能真的不是在瞎胡闹，而是在进行某种形式的、关乎国运的秘密修炼”的怀疑种子。
而另一篇文章，则更加天马行空，也更具传奇色彩，名为《神技还是天工玄机？——“木匠皇帝”天启的“鲁班再世”与失落的“机关炼器术”惊天初探》。
在这篇文章中，李云鹏将矛头对准了那位同样以“不务正业”而着称于史，甚至被许多后人视为“亡国之君”的“木匠皇帝”天启皇帝朱由校。
他先是详细地描述了《明熹宗实录》以及当时一些宫廷宦官、大臣的笔记中，关于天启皇帝对木工活计那种近乎痴迷的狂热爱好，以及其在各种木工制作上所展现出的、令人叹为观止的惊人天赋和远超专业工匠的高超技艺——例如，他曾亲手设计并制作出结构精巧无比、可以自行活动的机关人偶，能够模仿人的动作进行歌舞表演；他曾制作过一种可以依靠内部机巧在宫殿屋檐上长时间盘旋飞翔的木鸟；他还曾为自己宠爱的妃子设计并建造过一座可以折叠、能够随意搬运的微缩宫殿模型，其内部的亭台楼阁、假山流水无不精巧绝伦，巧夺天工。
然后，在充分展现了天启皇帝那“非凡”的木工技艺之后，李云鹏同样提出了一个足以颠复传统认知的“大胆假设”：
“我们以往看待天启皇帝的这种‘木匠爱好’，大多将其简单地归结为一种‘不爱江山爱木头’的‘玩物丧志’的表现，是其逃避现实、不理朝政的荒唐借口，甚至是他智力低下、不堪为君的佐证。但是，如果我们换一个角度，将他的这种超乎常理的‘爱好’和‘天赋’，与中国古代传说中那些失落已久的‘机关术’、‘傀儡术’，乃至更深层次的、只存在于神话志怪小说中的‘炼器之道’联系起来呢？”
“史书记载，天启皇帝所制作的某些木工作品，其内部结构的精巧程度、自动化水平和所能达成的效果，已经远远超出了当时普通工匠的普遍认知和技术水平，甚至带有一些令人匪夷所思的‘超自然’色彩。例如，他曾制作过一种可以自行活动、甚至能模仿人的动作进行歌舞表演的木人乐队，以及一种据说可以在宫殿屋檐上长时间盘旋飞翔而无需外力的木鸟。这些，仅仅依靠当时已知的普通木工技巧和简单的机械传动原理，真的能够完全实现吗？还是说，其背后运用了某种我们现代人也难以理