日野左京亮很早就与小野寺家开始暗中联繫，他可不认为清水家能与实力强劲的上杉家相抗衡，为了確保自己的家名存续以及本领安堵，便通过小野寺辉道向上杉家投降，並献出誓书以及庶男日野八郎作为人质。
可以说日野左京亮的倒戈对於清水家来说是个极为沉重的打击，这相当於清水城东北方的门户大开，位於清水领北面的上杉军可以轻而易举地经新庄沼田城而兵临清水城下。
眼见清水家中实力仅次於木户周防守的日野左京亮都倒向了上杉家一方，
清水家的其余重臣们纷纷开始为了自己寻找一条生路了。
就在上杉军正式攻入清水领之前，田泽城（藏冈城）城主矢口氏广、角泽城城主角泽伊势守、角川城城主角川与次郎、沼泽城城主沼泽新左卫门、樋渡城城主樋渡源左卫门、諏访城城主松坂三左卫门、片平城城主安喰丹波守等诸多清水家重臣们不战而降，使得清水家很快呈现出土崩瓦解之势。
曾经领有最上郡大半的清水家，现如今只剩下不到一千人的可战之兵，以及七座尚未倒向上杉家一方的城池（清水城、熊野城、长泽城、猿羽根城、赤松城、嘉门城、八向城）。
即便形势已经极为不利，木户周防守扔不打算就此认输，他深知自己就算主动降服，最后也会被上杉家追究杀害大宝寺家使者，以及暗中勾结伊达稙宗、南部晴政之事。
为了能让自己继续手握清水家大权，以及將来进而下克上成功，木户周防守便在上杉军兵临清水城之前，派出二十余名使者前往南部领求援，自己则是儘快收缩防线，主动放弃熊野城、赤松城、八向城、嘉门城四城，將自己的家眷尽数以及熊野城、赤松城、八向城、嘉门城四城的城兵、周边领民迁至清水城之中，加强防御。
宇佐美定胜见清水义氏、木户周防守二人就算在陷入绝境之后依旧没有降服之意，甚至还打算等待南部家的驰援。他也毫不客气，直接派遣使者前往小田原城，请求主君上杉清定诛杀清水家先前递交的人质清水於辰（清水义高之女）。
既然不愿降服，那就只能动用武力了。
在鸟越武种、日野左京亮、矢口氏广、角泽伊势守、角川与次郎、沼泽新左卫门、樋渡源左卫门等清水家重臣们的引导下，上杉军长驱直入，迅速攻入了清水领的腹地，並將尚未降服的清水城、长泽城、猿羽根城三城团团包围起来。
宇佐美定胜、藤目胜久、鯰贝宗信、白鸟义久、中条长昌、延泽满重、楯冈满英、中山朝政、鸟越武种等將围攻猿羽根城；大宝寺义增、北方满繁、仁贺保举久、玉米义满、赤尾津家保、矢岛义满、芹田伊予守、石泽作左卫门、岩屋朝盛、羽川义稙等將围攻清水城；小野寺辉道、细川直元、日野左京亮、角泽伊势守、角川与次郎、沼泽新左卫门等將围攻长泽城。
上杉军依靠著绝对的兵力优势，以及火器优势，向著清水城、长泽城、猿羽根城三城先后发起了猛攻。
由於清水家曾经与大宝寺家、小野寺家等接壤的大名交恶，使得清水家就算在前任家督清水义高臣从上杉家之后，也没能获得一挺铁炮。
面对上杉军铁炮齐发所发出的巨大响声，对於清水军士气和战意的打击是极大的。
儘管猿羽根高春、猿羽根义舜父子二人身先士卒，於猿羽根城的城头与如同潮水一般袭来的上杉军展开苦战，到最后依旧无法扭转不利的战局。
最后，仅仅不到一天的时间，自守將猿羽根高春、猿羽根义舜父子以下三百余人尽数被討取，无一倖免。
而长泽城与猿羽根城一样，也坚持了不到一天的时间就被攻落，自守將长泽监物以下两百余人尽数被討取，无一倖免。
不过，围攻清水城的大宝寺义增、北方满繁、仁贺保举久、玉米义满、赤尾津家保、矢岛义满、芹田伊予守、石泽作左卫门、岩屋朝盛、羽川义稙等將並不如友军那般顺利，反而在长泽城、猿羽根城两城陷落，以及清水领除清水城一隅之地外尽数压制后，也没有將清水城攻落。
清水城最早是清水家家祖清水满久於文明十年(1478年)修筑，是一座修筑於最上川、藤田泽川交匯处的丘陵之上。北方是最上川、西北方是藤田泽川、东南方是清水山，东面是曾经清水家的本据元馆，但现如今两城已被木户周防守为了增强防御而连接起来。
加上清水家於最上郡经营了近百年，清水城的城防较为坚固，且城中还屯有大量的粮草輜重，完全可以支撑两年以上。
不仅如此，清水城的地势是西高东低，北高南低，给清水军守城节约了不少兵力，使得围攻的上杉军无法利用兵力上的优势一举克城，只能硬著头皮从南、东两面攻打清水城。
因大宝寺家、由利十二头是上杉家的旗下大名、旗下国人领主，並没有被上杉清定配置任何的铁炮、大铁炮等火器，加上他们自身的財政状况並不富裕，哪里有足够的钱