督、细川氏一门总领、管领等职以后,丹波国的有力国人领主波多野元秀便在自己的居城八上城举兵。
此外,摄津国的有力国人领主池田长正、芥川山城城主芥川孙十郎(三好家庶流)也因各种各样的原因先后举兵对抗三好长庆。
更为雪上加霜的是,就在三好长庆陷入丹波、摄津等近畿诸国的战事之际,三好家的一些家臣却与三好长庆之弟安宅冬康因为三好宗三的遗领起了衝突。
三好长庆的另一个弟弟十河一存在奉三好长庆之命镇守和泉一国后,依旧想著重返自己的旧领讃岐国,毕竟他在镇守和泉国之前就在讃岐扩大了自身的势力,大有分离三好家掌控的趋势在。
可以看出,此时的三好长庆,对近畿诸国、四国的掌控力还是不够强。对於足利將军家的掌控也是不够。
因许多足利將军家奉公眾的领地大都被六角家所占据,而足利义藤缺又无力討回,这就使得这些奉公眾为了能继续生存下去不得不选择出仕三好家。