在进入战国时代以前，室町幕府为了防止这些领有数国守护职役的大名在地方做大，因此命令大多数守护留在京都，参与幕政，称为“守护在京制”。那么，守护如果留在京都的话，地方自然不能没有人管理，於是，守护的家臣们便代替自己的主公管理起了领国，这些代理者就被称为“守护代”。诸如三管领之一的斯波氏，在越前国的守护代便是重臣甲斐氏，在尾张国的守护代便是重臣织田氏，四职之一的赤松氏在备前国的守护代是浦上氏，京极氏在出云国的守护代是尼子氏等等。不过，在应仁之乱时期，因为守护们长期领兵在京作战，使得在地的守护代势力极度膨胀，许多守护代在地方的势力都超过了守护。不过虽然战国时代被称为是一个“下克上”的时代，大家依旧是做了婊子还要立牌坊，放逐守护的例子其实並不多，更多的是守护代从守护家独立，从守护的家臣变为独立的大名。
小守护代
顾名思义，小守护代就是守护代的副官，在一些特殊情况下，守护代也会同守护一同在京，例如斯波氏的重臣织田氏与甲斐氏就经常在京奉公。於是，守护与守护代都不在领国的时候，就会从守护代的一族或者守护代的家臣中挑选一人来出任“小守护代”，作为代理人的代理人，统治领国。
守护使
当守护在京之时，有时候领国內发生大事传到了守护的耳中，或者守护代没有及时將地租与税赋上缴到京都的守护家里，在这个时候，守护就会派出使节回到领国，处理政务或者催债，这种临时的职役便是“守护使”，其实就与我们的钦差大臣有些类似。
奉公眾
在室町幕府建立初期，室町幕府的军事实力是由足利氏一门以及幕府重臣们的兵力组成的，包括护卫平安京、幕府以及各个行政机关都是如此。等到京都的战事逐渐趋於平静以后，各守护在京的军队大为减少，大多回到了领国专注於经营领地了。在这样的背景之下，室町幕府急需建立起一股属於自己的军事力量，於是，在三代幕府將军足利义满时期，直属於幕府將军的军事组织“奉公眾”就这样诞生了。在室町幕府时期，幕府將军的直属家臣分別有五番眾、詰眾、节朔眾、部屋眾、申次眾、供眾、走眾等等。其中，申次眾负责幕府將军与诸大名的联络，北条早云他们家就是幕府申次眾出身，也正是因为这层关係，他的姐姐（旧说妹妹）才会嫁入今川家，五番眾则是组成將军直辖军队的主要力量。幕府將军的直辖武装共总数约有两千余人左右，由幕府將军的直属家臣以及各地守护大名的庶流出身的武士组成，平常轮流执勤，常备维持在四、五百人左右，负责护卫將军的安全。这些直辖武装的指挥官级別的武士，便被称为“奉公眾”（御番眾），相当於江户幕府时期的旗本武士。在应仁之乱时期，奉公眾坚定地站在了幕府將军一方，很大一部分保持事实中立，因此並没有遭受损失，直到足利义材被废时的“明应政变”导致奉公眾分裂为止，都是象徵幕府將军权威的武装力量。
段钱
段钱原本是修筑神社等等特殊时期徵收的赋税，在室町幕府时期，段钱由各国守护负责徵收，隨后再上交给幕府。不过，段钱的实际徵收都由守护操作，因此守护徵收的钱財数量以及上缴数量究竟有没有不同，其实室町幕府並不了解。
酒屋·土仓役
按照室町幕府的规定，以卖酒的酒屋中酒壶的数量为基准，规定每家酒屋需要缴纳的赋税。但是在进入战国时代以后，室町幕府能够掌握的酒屋数目並不多，实际上有许多新建的酒屋，或者旧酒屋又新增了酒壶，並不为幕府所知，依旧是按照之前规定的数额缴纳。土仓是室町幕府时期相当於我国的当铺以及钱庄的存在，可以以物换钱或者借高利贷，室町幕府会定期对土仓徵税，通常酒屋都会兼营此项业务，正是因此酒屋役与土仓役通常都被並称为“酒屋·土仓役”。在室町幕府中后期，幕府的財政缩紧，为了保护“酒屋·土仓役”的徵收，室町幕府限制各国生產的酒进入京都。同时，因为一揆要求德政的缘故，室町幕府颁布的“分一德政令”，最终导致財政陷入恶性循环，酒屋·土仓役的数额急剧减少。
五山官钱
室町幕府时期，设立了五山、十剎等等官方认可的寺院，当这些寺院更换住持之时，需要室町幕府发行“住持职补任状”，才能够走马上任。当然，作为感谢，这些新上任的住持便得向幕府缴纳一些金钱作为答谢，此即五山官钱。五山管钱缴纳的数目不等，没有规定，通常只有数十贯钱到百余贯钱。
五山献物与献钱
幕府將军在出游之时，经常会拜访“五山”的寺院，有时候一天就会。在这个时候，寺院就必须向幕府將军献上一些特產以及钱粮，通常都分別是价值二、三十贯钱的不定数量的衣服、笔、纸等等物品，再加上数额不等的现钱。在室町幕府中期，有时候一年的五山献物与金钱甚至会达到八千贯，比对明的勘合贸易还要多数倍。足以见得，这些垄断技术又占有大量庄园的寺院经济实力有