“波本……”他在心中默念这个名字，眼神凝重。
与此同时，阿笠博士家。灰原哀正坐在窗边看书，突然打了个冷颤，一种莫名的压迫感悄然爬上心头。
第二天，少年侦探团带着一年级A班的杉浦开人来到博士家。开人神情紧张地委托道：“我爸爸是木马庄公寓的所有人，最近有三个住户很可疑，我担心他们在策划坏事……”
当天下午，柯南、工藤夜一、灰原哀和侦探团赶到木马庄，却发现公寓已被大火烧成废墟。警方在现场找到了开人的日记，里面将三名可疑住户记为“红、白、黄”三种颜色的人，其中“黄色的人”有重大纵火嫌疑。
当三名房客出现在现场时，灰原哀突然感到一股强烈的压迫感，仿佛黑暗组织的气息就在附近。工藤夜一立刻将她护在身后，但那感觉又瞬间消失了。
三名房客中，最神秘的是东都大学研究生冲矢昴。他自称最喜欢和最讨厌的颜色都是黑色，并指出柯南的推理方式类似福尔摩斯的《铜山毛榉案件》，表明自己也是福尔摩斯迷。
通过分析，柯南和冲矢昴发现开人是按车辆颜色给房客命名的：冲矢昴的红色消防车对应“红色的人”；细井的白色救护车对应“白色的人”；真壁的黄色工程车对应“黄色的人”。
真相很快水落石出。真壁吟也因在家埋箱子被开人父亲发现，争吵中将其推下楼，误以为杀人，遂纵火掩盖罪行。所幸开人父亲只是重伤，并无生命危险。
案件结束后，冲矢昴请求住在阿笠博士家，被灰原哀拒绝。柯南征得工藤夜一同意后，让他住到了新一家。几天后，小兰和园子去新一家打扫，误将冲矢昴认作小偷，幸好夜一及时出现化解了误会。
而在城市的某个角落，一双冰冷的眼睛正注视着这一切。一个低沉的声音在黑暗中响起：“看来，游戏开始了。波本，祝你好运。”
冲矢昴住进新一家后，柯南和夜一对他保持着警惕。冲矢昴白天在附近的东都大学做研究，晚上则喜欢在新一家的书房看书，尤其是福尔摩斯探案集。
一天傍晚，柯南放学回家，发现冲矢昴正站在阳台，望着远处的天空出神。
柯南注意到他提到了伦敦，心中微微一动。这个冲矢昴，似乎对英国文化情有独钟。
柯南没有再追问，只是若有所思地点了点头。
与此同时，在东京的另一处地方，一辆黑色的轿车停在偏僻的巷子里。车内坐着两个男人，其中一人戴着墨镜，正通过耳机听着什么。
。值得注意的是，工藤新一的家最近住进了一个新的男人。
。表面上看只是个普通的学者，但我总觉得这个人不简单。
。看来我得亲自去会会这位冲矢昴先生了。
周末，小兰提议去新一家看看，顺便帮夜一和冲矢昴打扫卫生。
两人来到新一家门口，按了门铃，却没有人应答。
？门没锁。
两人走进客厅，发现里面空无一人。
没有回应。
突然，书房传来一阵轻微的声响。
两人小心翼翼地走向书房，推开门，只见冲矢昴正站在书架前，手里拿着一本书。
？怎么进来的？
。误会，都是误会！
？
夜一看着冲矢昴，眼中闪过一丝复杂的光芒。这个男人，绝对不简单。
晚上，夜一在毛利侦探事务所见到了柯南，夜一将白天的事情告诉了他。
。而且，灰原对他的反应也很奇怪。
。但我们现在没有任何证据。
。波本的目标是她，我们不能掉以轻心。
几天后，少年侦探团接到了一个新的委托。一个名叫江坂的中年男子找到他们，说自己的女儿江坂夏奈最近行为异常，总是神神秘秘的，还经常半夜外出。
侦探团欣然接受了委托。当天下午，他们便开始跟踪江坂夏奈。
夏奈放学后并没有回家，而是来到了一家咖啡馆。她在角落里坐下，不时地看手表，似乎在等人。
过了一会儿，一个戴着帽子和墨镜的男人走进了咖啡馆，径直向夏奈走去。
柯南仔细观察着那个男人，总觉得有些眼熟。
男人在夏奈对面坐下，两人低声交谈着什么。突然，夏奈站起身来，似乎和男人发生了争执。
柯南点点头，带着大家悄悄靠近。
男人。至于那件事……我真的无能为力。
夏奈接过信封，泪水滴落在桌面上。男人站起身来，匆匆离开了咖啡馆。
柯南立刻跟上，却发现男人已经消失在人群中。
柯南若有所思地看着手中的信封，里面除了钱，还有一张奇