直至1921年广州正式设市，广州城一城两县之格局方宣告终结。
广州贡院位于内城（主城）东南角，在番禺县境内，番禺县衙署、番禺学宫就位于贡院西北的广州城东西中轴线的惠爱大街（即后世之中山四路、中山五路、中山六路）北侧。
明清广州贡院不在同一处，明广州贡院位于城北，于明宣德元年（1426年）开建，明末清初毁于战火。清广州贡院于清康熙二十三年（1684年）正式兴建，历经多次扩建，于咸同年间面积达到顶峰。。此时东墙缺口以西的贡院局域是广州清军在城东的重要据点。
贡院的大门紧闭，院墙上有原本驻守于此的广东巡抚右营、以及退守至此的广东巡抚左营、左翼镇新会营等营的仅两千清军兵勇防守。
三营的北殿将士们推着盾车，逼近贡院东墙时，墙后的清军以劈山炮、抬枪、兵丁鸟铳、少量的洋枪还击，试图迟滞北殿将士攻占广州贡院的步伐，等待附近的援军来援。
三营的北殿将士则以带入城内的过山炮、劈山炮、抬枪以及启明铳对准院墙上的清军猛烈射击。北殿将士所装备的火器精度要比清军高得多，操持火器的士兵也更训练有素，很快就撂倒了一大片试图凭恃广州贡院院墙负隅顽抗的清军。
广州贡院内的清军被北殿三营将士密集精准的火力压得抬不起头，只能躲在墙后胡乱放枪。三营长周大卯见压制住了清军，将携行而至的八门过山炮、四门劈山炮集中起来使用，集中瞄准院墙的一处打实心弹。
过山炮的三磅炮弹虽小，可广州贡院的院墙也不是城墙，墙体单薄，岂能扛得住过山炮、劈山炮的连续轰击？
八门过山炮和四门劈山炮很快就将广州贡院的院墙撕开一道丈馀宽的缺口，露出内里的沙土包、石木平台、木凳、木桌。
“冲！”
眼见贡院院墙已破，三营的将士们端着剌刀，嗷嗷叫地冲杀进贡院。
院内的清军兵勇直接懵了，他们本指望缩进广州贡院还能喘口气，坚守待援，岂料广州贡院转瞬即失。广州贡院内的清军兵勇不是抱头鼠窜，便是原地投降。
三营的将士和会同三营杀入广州贡院的瑶民民兵逐屋清剿清军残兵，每个角落都不放过，以确保没有漏网之鱼。
占领贡院后，三营营长周大卯和四营长王孝先不敢懈迨，带领麾下将士迅速在贡院周围创建防御工事，就着清军遗留下来的物资架枪炮、重新布置火力点。
三营的士兵把过山炮，连同自己带来的以及缴获的劈山炮架在贡院的围墙上，炮口对准城内的方向，以迎潜在的反攻之敌。
四营的士兵在贡院大门外挖战壕，用碎砖和沙袋垒起胸墙。
瑶民民兵们忙着搬运弹药和物资，把缴获的清军武器堆在一起，等着后续部队来接收。
东郊的东校场上，后续入城的部队已经开始蠕动。
六旅一团一营、二营的将士们推着盾车，扛着板条箱，排成长长的队伍，向东城墙的缺口涌去。几门六磅拿破仑炮被骡马拖着碾过地面，炮手们跟在后面。
随着后续的部队源源不断地从广州城内城东南角的缺口入城，进入广州贡院，北殿大军终于彻底地掌控了广州贡院，在广州内城站稳了脚跟。
从贡院溃退下来的广东巡抚左右二营、新会营等部清军兵勇很快沿惠爱大街逃散到内城中央的以广州府署为中心的街区。
即便未有快马来报，惠爱大街北侧的番禺县衙门、广东布政使衙门、广州府衙门等衙署内的满清官员也能猜测出如此之多的兵勇从东墙附近溃逃，东墙那边的情况定是凶多吉少，没准现在短毛已经杀入广州城内了也说不定。
内城中央的广州府衙，大堂内乱成一团。
叶名琛刚从江忠溶等人从外城被抬到广州府衙没多久，椅子还没坐热乎，茶盏里的水还没沾唇，广东绿营左翼镇新会营游击馀庆庚就连滚带爬地冲了进来。
馀庆庚浑身灰土，脸被硝烟熏得跋黑，跑得连靴子都只剩下一只，极是狼狈，左脚光着脚板子踩在冰凉的青砖地板上，单膝跪地，向叶名琛汇报了东墙的情况：“制台大人！制台大人！大事不好！短毛攻破了东城墙，一举占了贡院！”
叶名琛手里的茶盏“啪”地摔在地上，茶水溅在他袍角上，泅出一片深色的水渍，他浑然不觉。此刻的叶名琛脑子嗡嗡的，象有一群马蜂在他脑子里乱撞。
自降服了陈开、何贱苟部天地会会匪，短毛继承了天地会会匪在广州城附近最后的军事遗产，接管了四方炮台。
短毛据有四方炮台，对广州城有高屋建瓴之势，短毛重炮素来犀利无比，自北墙攻打广州城颇为便利，陈开等部天地会会匪又有从城北攻打广州城的经验。
故叶名琛在战前判断北墙会是短