更棘手的是海关内部的包庇问题。在审讯周世昌时，他拒不交代同伙，只说一切都是自己一人所为，还试图用重金贿赂审讯人员。“你以为不交代，我们就查不到了？” 徐树铮早就料到他会顽抗，下令清特小组彻查周世昌的银行账户、房产登记和通讯记录。
很快，清特小组就有了重大发现。周世昌在厦门、广州的银行账户有多次大额转账记录，收款账户的户主正是广东海关副监督李培基的亲信；而且，周世昌与李培基往来密切，每月都会秘密会面数次，通讯记录显示，他们经常在深夜通话，内容隐晦，显然在密谋走私事宜。
当打击组前往广州抓捕李培基时，发现他已经销毁了部分证据，还串通手下作伪证，声称自己对周世昌的走私行为一无所知。“想要蒙混过关，没那么容易。” 清特小组队员在李培基的书房墙壁夹层中，搜出了一本秘密账本，上面详细记载了每次走私的货物名称、数量、金额，以及参与人员的名单和分赃比例，涉及二十余名海关官员，上至监督，下至查验员，脉络清晰。
在铁证面前，李培基的心理防线彻底崩溃，不得不低头，供出了所有同伙。他哭着说：“都是周世昌拉我下水，说走私利润丰厚，我一时糊涂，才犯了大错，求中枢给我一次改过自新的机会……”
但法律面前人人平等，犯错就要付出代价。短短一周内，二十余名涉案海关官员全部落网，整个海关系统震动不小，不少官员惶惶不可终日，主动向组织交代了自己的一些小问题。
司法部门随后对涉案人员进行审讯判决。周世昌、李培基因走私数额巨大、情节严重，且在走私过程中造成多人伤亡，被依法判处死刑，剥夺政治权利终身；十五名涉案海关官员因参与程度较深，被判处流放，终身不得返回内地；三十余名涉案商人及黑恶势力成员，根据情节轻重，分别被判处三年至十五年不等的监禁。判决结果通过报纸、广播向全国公布后，全国民众拍手称快，纷纷称赞中枢 “铁腕治腐”“为民除害”，不少民众还自发前往中枢府邸附近请愿，感谢袁克定的英明决策。
打击走私的同时，袁克定下令制定《海关管理暂行办法》，明确规定：海关查验实行 “双人查验、交叉复核” 制度，每一批货物都必须由两名以上查验员共同查验，且不能是同一部门，避免单人操作的漏洞；列出详细的违禁品名录，不仅包括鸦片、武器，还包括伪造货币、有毒化学品等，走私违禁品的，一律从重处罚，情节严重的可判处死刑；建立官员问责机制，凡参与走私、包庇走私的，永不录用，依法追究刑事责任，还要没收全部非法所得；设立海关廉政举报专线，鼓励民众举报海关官员的违法违规行为，举报属实的给予重奖，且严格保护举报人的个人信息。
为了彻底整顿海关队伍，袁克定还组织了为期一个月的海关人员培训。培训课堂设在北平的一所军政学校内，来自全国各海关的五百余名官员齐聚一堂。课堂上，教官详细讲解《海关管理暂行办法》的各项条款，结合此次查获的走私案例，分析海关腐败的危害和防范措施；还邀请了清特小组的人员讲解廉洁准则，分享审讯涉案官员的过程和心得，让参训官员深受触动。
“以前总觉得海关是肥差，能捞好处，现在才知道，这是高危岗位，一步踏错，就万劫不复。” 一名参加培训的年轻海关官员感慨道，“周世昌、李培基就是前车之鉴，我们一定要引以为戒，坚守底线。”
培训结束后，对所有海关人员进行严格考核，考核内容包括理论知识、查验技能和廉洁承诺，最终清退了三十余名不合格人员，其中包括两名有受贿嫌疑但证据不足的官员。同时，从各地选拔正直、有能力、无不良记录的官员补充进海关系统，还招募了一批年轻的大学生，为海关注入新鲜血液。
此外，袁克定还下令建立 “海关 + 边防 + 清特” 联动防控体系。海关负责货物查验和日常监管，边防负责监控港口、边境通道的人员和车辆流动，清特小组负责情报收集、打击走私团伙和腐败官员，三方建立实时沟通机制，每天互通信息，形成防控合力。在厦门港、汕头港等重点港口，增设了 X 光查验设备和金属探测器，加强对可疑商船和货物的抽检力度，让走私行为无处遁形。
《海关管理暂行办法》实施三个月后，海关走私现象得到有效遏制。福建、广东海关的报关效率显著提升，合法商人的通关时间从原来的两三天缩短到半天，而且流程规范透明，不需要再请客送礼、托关系走后门。“以前通关要请客送礼，还得看海关官员的脸色，有时候明明手续齐全，也得等好几天才能放行。现在好了，流程规范，不用找关系，半天就能办完所有手续，生意好做多了。” 一名广东商人拿着刚办好的通关单据，满意地说。
边境贸易秩序恢复正常，走私导致的治安案件大幅下降，福建、广东等地的鸦片成瘾人数也逐渐减少，社会风气明显好转。袁克定看着海关整顿的成效报告，终